在西罗马帝国灭亡之后，欧洲就进入了长达数千年之久的最黑暗的中世纪时期。而“猎杀女巫”的风暴也就是在这一期间所发生的。在300年的时间里，大约有十万的女性因为被指控是女巫而被处死。英国的一个郡在百年间就处死了近三百名行巫者，瑞士的一个州则处死了三千多名女巫。
昏暗的欧洲中世纪，饥荒、战乱、传染病及各种天灾人祸的出现，使得处在崩溃边缘的人们将其原因归咎于拥有超自然力的女巫，一时间告密之风肆起，将所有女性逼向了极度恐慌之地。甚至有人在被捕前能供出三十万个女巫。
猎杀女巫一度还成为了教士阶层发泄私欲的外衣，他们会随随便便将不听从命令的女性污蔑成女巫而处死。严刑拷打之风更是盛行，文献中记载了一名女性的供词：“我从不记事的时候就做了妓女，我折磨死一百个孩子，一部分被煮着吃了，还有一部分加工成用于妖术的药剂。”
还有几个女巫，在严刑拷打之后，她们竟然承认和撒旦缔约，在晚宴上与冥王淫乱，吃幼儿的肉等等，之后她们都被活活的烧死。有一位六十七岁的德国寡妇，她被人诬告为曾和三个魔鬼姘居并犯有其他罪行。
这位女性一开始便矢口否认对她的指控，审判者对她施用了铁钳箝脚趾的酷刑，但她仍不承认，最后审判者只能说“魔鬼使她顽抗的坚持了下来”。然后捏造了一份极为荒唐的供词，将这位女性斩首后焚烧。
猎杀女巫的行动在欧洲大约持续了近三百年，被诬陷、虐杀的良家妇女不计其数，据专家保守的估计其数量从十万到几百万不等。欧洲人认为自己是在按上帝的意志为世界清洗邪恶，但令人啼笑皆非的是他们竟然能用极度下流的手段。
教会认为女巫是把自己的灵魂卖给了魔鬼的人，或者是魔鬼的后裔。魔鬼通常能化为男人与女性耦合，目的就是为了使真正的男人一蹶不振。因此女巫的活动被视为是对抗上帝的异端，于是猎杀女巫就成了神圣使命。
女巫被审判时，往往会被剥得一丝不挂，还要把除头发外的其它毛发全部剔除，据说是为了寻找有妖魔附身过的斑点。然后用铁丝把女巫绑在拷问台上，由拷问者用铁针刺其全身，以寻找恶魔附体的痕迹。
他们在审判中通常会对女巫施用“以巫治巫”的手段，在审判前他们会先祈祷，然后向女巫的肚子里灌入圣水，目的是在用刑时魔鬼不会禁锢住她们的舌头，用带子粘满女巫的全身，为的是让魔鬼不能打开她们的镣铐。
他们通常使用的审判刑罚是火刑、穿刺、锯刑等残酷的死刑。还有一种把女子投入河中用来识别其是否为女巫，首先女子会被拖到桥上，然后剥光她的衣服，行刑者将她弯曲后把手足捆在一起装入筐子放到水面上，供人参观。
中世纪的猎巫风潮是灭绝人性的，卫道士们把女巫说成是邪恶、淫乱的人，喜欢赤身裸体地聚会、骑着扫帚飞来飞去、和魔鬼交媾等等。“魔女之楔”就是他们的杰作，将女巫跨骑于楔形物的尖端，两脚绑铁球，在重力作用下最终将其劈开。
还有一种刑罚是带有表演性质的，女巫会被绑在行刑台上，先用烧红的铁钳撕开他的胸部和四肢上的肉，然后用硫磺烧焦她的四肢，再将熔化的铅汁、松香、硫磺浇入撕裂开的伤口，最后被焚尸扬灰。这是为了警告庇护女巫的人们。
中世纪猎杀女巫的酷刑有上百种，如“异教尖叉”的酷刑，它是一个两头带尖叉的金属棒，由一条皮带固定在颈部，一头插入下颚，另一头指向胸骨。只有伸长脖子，才会减少疼痛，这种刑具会给人造成巨大的痛苦。
还有酷刑木靴子，女巫的腿会被置于两块厚木板之间再用绳子绑住。行刑者在绳子间用锤子将楔子猛烈地向下打入，每次击打，楔尖部位的胫骨就被粉碎。这种刑罚至少要在腿上打入十二根楔子。刑具拆除后，骨头就像装在袋子里的碎片。
还有一种被称为中世纪最残忍的酷刑，那就是轮刑。首先将全身赤裸的女巫四肢分开绑在地上，木制辐条分别对应各主要关节，行刑者用轮子打断其四肢。等四肢的骨骼打碎成血肉混合的状态后，四肢被绑到轮子的辐条上，女巫会这样持续数日，最后会变成各种乌虫的大餐。
除了上述酷刑外，针对女巫的刑罚还有，锯刑、刺刑、刀凳、碎头机等等，可谓是无所不用其极。女巫在中世纪所遭受的暴行是前所未有的，她们所受的酷刑不但会被详细的记录，还要供民众观看，众多的女性都是被诬陷而死的。
