胎儿消化系统疾病的并发症、后遗症并不复杂，除了复杂型食道闭锁、高位肛门闭锁和胆总管囊肿的复杂型外，其他消化系统疾病的临床治疗远期效果一般都较理想，治疗预后也较好。
有关胎儿食道闭锁的表述见《胎儿膈疝和食道闭锁释疑》。对于胎儿高位肛门闭锁，医学界已经认识到耻骨直肠肌环的作用和处理要点，若直肠未在耻骨直肠肌环的中心点通过，则术后的肛门控便效果将受到影响，而且反复的手术和炎症刺激将使肛门的括约肌肉损伤和瘢痕化，最终导致肛门控便功能不全或丧失，影响患者终生的生活质量。因此，产前即可通过超声或MRI影像对肛门闭锁的程度和控便效果进行初步的评价，对预后做出判断。单纯胎儿胆总管囊肿的预后通常良好，但若病理改变出现较多的肝内囊性结构或肝内囊性扩张(Caroli病)等则可能影响肝脏的正常功能和患儿的生活质量，如慢性胆管炎、肝硬化等。胎儿腹部囊性占位一般都预后良好，但若囊肿巨大，一般囊肿超过5cm则有可能出现扭转或压迫，导致梗阻或坏死，或危及胎儿生命，或可导致局部肠坏死等一系列的并发症，如肠囊肿或卵巢囊肿蒂扭转。对于胎儿胎粪性腹膜炎，大多预后良好，但有30%将会因为肠粘连梗阻或闭锁，需要做新生儿外科手术，且多需要进行肠造瘘等待第二期的根治手术。所需的造口管理及护理会短期增加医疗成本和家庭负担，而且需要通过营养管理保证新生儿到婴幼儿的过渡，为二期手术提供必要的保障。但当肠管切除达到小肠剩余不足70cm时，则极有可能导致短肠综合征，即肠管的营养吸收障碍，使新生儿的生长发育受限，医疗成本增加。
胎儿消化系统疾病预后大多良好，预后不良的主要疾病是胎儿胆道闭锁，但目前临床上尚无法做到明确诊断和排除，这也是医学的高峰之一。正因为产前难以诊断，且有部分证据认为胆道闭锁是一个后天性的炎症性疾病，有可能是在孕后期及生后的新生儿期因感染特别是病毒感染导致胆道炎症反应，所以不应看成是胎儿疾病，而更应该是新生儿疾病。但临床上我们也观察到产前超声检查发现胎儿胆囊缺如、胆管呈强回声的线形改变与胆道闭锁相关，目前尚需要更多的证据进行鉴别。
