胎儿消化系统疾病一旦诊断，需要对孕妇是否继续妊娠和孕期进行风险评估和管理，需要综合胎儿腹部的异常和胎儿整体发育进行衡量。单纯的胎儿腹部异常很少会有宫内的风险，但当羊水过多或胎儿腹水增加到一定程度时，需要考虑胎儿宫内治疗，否则将有可能导致胎儿宫内窘迫或死胎。羊水过多可导致早产。此外，羊水过多可导致临产时的新生儿羊水吸入或胎粪吸入综合征，需要产科、儿科协调和无缝衔接。
因为胎儿腹部的容量较大，所以在整个妊娠期间，所有胎儿腹部或消化道疾病特别是腹部占位性疾病对胎儿的影响不大。除疾病本身的不良结局外，都是一个发生、发展和自然结局，预后良好。
如胎粪性腹膜炎，出现胎儿肠穿孔后，可出现局部无菌性炎症渗出、包裹或积液，最后肠管修复和钙化，大部分患儿预后良好，小部分出现肠粘连，则需要出生后的外科治疗。对于消化道完全闭锁的患儿则需要新生儿外科治疗，及时手术可有效减少并发症，提高治愈率。由于腹部疾病的影响，少部分胎儿可出现宫内发育迟缓。有报道称消化道异常的胎儿较正常的胎儿生长慢，消化道梗阻部位越高则胎儿生长受限程度越明显，羊水过多可影响脐带或中心血管，导致不良结局。
如脐膨出，小型的脐膨出对整体胎儿影响较小，而大型脐膨出，对脐带构成影响，导致早产的概率增加，并增加不良预后。而胎儿腹裂，尽管在宫内没有太大影响，但由于肠管等裸露在羊膜腔中，羊水会增多，可能导致早产。
通常消化道异常的胎儿与正常胎儿相比，孕龄偏小、体重偏低、出生后死亡率增加，有研究发现正常胎儿的消化道长度与合并有脐膨出、先天性心脏病及染色体异常胎儿的消化道长度有明显差异，异常胎儿的消化道较短。
