病毒抑制了胃肠液中酶的活性，酶不能分解淀粉里的糖，糖在肠道里就形成高浓度的糜汁，这会产生渗透压，吸引肠壁外面的水分进入肠道内，粪便因此变稀。所以病毒性腹泻仿佛消化不良，因为食物没有被分解。
细菌导致肠壁表面的黏膜发炎、溃疡，渗出血水、脓水，形成血便、脓便，这也可称为细菌性痢疾。肠黏膜上的细菌分泌的毒素，参与一系列生化反应后最终导致肠黏膜分泌大量液体，形成泔水般或稀米汤般大便，这是常见的细菌性腹泻。
大肠杆菌是常见的导致腹泻的细菌。在正常情况下，肠道内微生态是平衡的，大肠杆菌被限制在一定的数量以内，这时候它是不致病的。一旦平衡被打破，量变引起质变，它就变成了释放毒素的致病菌。
真菌性腹泻主要是霉菌，导致肠炎，形成腹泻，大便像水一样稀，散发出发酵的霉味或酸味。
小编提醒：
以上三种腹泻，破坏肠道微生态，如水土流失那样破坏植被，甚至如泥石流那样破坏植被。腹泻导致有益菌下降，而有益菌关系着免疫力，那么免疫力就下降，那么腹泻就加重。
所以，具有微生态理念的消化内科医生，在腹泻初期就给患者补充益生菌制剂，而双歧杆菌是益生菌制剂的主要品种。然后再选择对病原物敏感而又不太伤害益生菌的抗生素。同时还要补充水分和电解质，常用的电解质就是盐，吊盐水就是这个意思。
这种腹泻与抗生素密切相关。导致这种腹泻的抗生素一般是广谱抗生素，广谱抗生素大量使用、经常使用，这也就是滥用，在大量杀灭有害菌的同时，也大量杀灭有益菌。好菌坏菌一视同仁，同升同降，同进同退，同生同灭，不亦可乎？回答是NO。
好菌本来是占优势的，现在不占优势，受损相对更大；好菌抗药性差，更易受损。于是，坏菌占了上风。这时，就不应再以药治菌，而应以菌治菌，通过补充双歧杆菌，让双歧杆菌占上风。双歧杆菌是肠道里本来就有的，也叫原籍菌，它的原籍就是肠道，因而可以在肠道壁定植、繁殖，重新成为优势菌群，这时候导致腹泻的坏菌就被抑制，腹泻就可治愈。
