此轮机构改革后，部门职责分工有了很大调整。2019年12月，农业农村部、自然资源部联合下发《关于规范农村宅基地审批管理的通知》，明确了两部门在农村宅基地审批管理方面各自应承担的职责，并明确农业农村部负责宅基地违法用地查处工作。但在实践中，职责界限不清、处罚主体模糊的现象依然大量存在。
一是非法占用一般耕地建造农民住宅的查处主体问题。宅基地既是集体建设用地的一种，又在用地规模和布局上受国土空间规划的限制，使宅基地审批管理客观上形成农业农村部门、自然资源部门分管的体制。其中，占用一般耕地具体哪些行为属于自然资源主管部门负责处理，哪些行为属于农业农村主管部门负责处理，目前尚无明确的法律法规规定，客观上造成农村住宅非法占用耕地的查处主体存有争议。尤其当前涉及占用一般耕地等违法用地（包括农村住宅）是部级卫片执法的主要类型，如何查处才符合职责范围，须进一步明确。
二是非法占用未利用地建造农民住宅的查处主体问题。法律规定农村村民建造住宅必须符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划，尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。这里所说村内“空闲地”是指村庄规划区内的空闲地。但现实中，在乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划区外未利用地上建造住宅，也是农村村民利用空闲地建造住宅的类型之一，一些地方甚至出台文件鼓励农村利用规划区外的未利用地建造住房。此类用地违法行为同自然资源部门、农业农村部门监管职责都有一定的关联度，但尚无法律法规明确查处主体。另外，法律只规定擅自将农用地改为建设用地的处罚标准，没有规定未利用地改为建设用地的处罚标准，即使明确了非法占用未利用地建造农民住宅的查处主体，也无法进行处罚。
三是非法占用国有土地建造农民住宅的查处主体问题。现实中，农村村民占用国有建设用地建造住宅的情况比较复杂，同样存在需要明确查处主体的问题，如在城市规划区内存量国有建设用地上非法建造或非法翻建、改建、扩建农民住宅的问题；在集镇、村庄规划区内的存量国有建设用地上非法建造或非法翻建、改建、扩建农民住宅的执法主体问题；在村庄规划区范围外非法占用国有农用地上建造农民住宅的执法主体等。上述国有建设土地处在城市规划区、集镇、村庄规划区等不同的规划范围内，且大部分国有建设用地都是从土地二级市场取得，存在原出让合同约定用途、规划设计条件等规定难以约束等问题，自然资源部门按批后监管方式行使职责也缺乏依据。同时，国有农用地使用权还存在法律地位不明、权属不清等问题。不同类型、规划的宅基地违法用地，因法定职责交叉造成查处主体难以确定。
一是在卫片执法中细化宅基地违法用地查处职责。新《土地管理法》实施后，自然资源部门负责国土空间规划、土地利用计划和规划许可，依法办理农用地转用和规划许可等相关工作；农业农村部门负责宅基地分配、使用、流转、完善用地标准、违法用地查处等工作。但对宅基地违法用地查处职责是否限定在村庄规划区内未做规定。随着2019年度部级卫片执法工作的开展，两部门的查处职责分工逐渐提上议事日程。目前，有效的途径是通过政府行政执法的层面先行一步，细化两部门在具体查处时的职责分工。建议自然资源部门会同农业农村部门在部级卫片执法检查中制定宅基地违法用地查处的规范性文件，明确两部门卫片执法中涉及宅基地图斑下发、内业比对、外业调查、宅基地合法性判定及判定依据、宅基地违法用地查处的相关职责。
二是配合乡镇政府对宅基地进行规范和监管。中央农村工作领导小组办公室、农业农村部《关于进一步加强农村宅基地管理的通知》，提出了乡（镇）人民政府要探索建立宅基地统一管理机制，负责对宅基地申请、审批、使用的全程监管，开展农村宅基地动态巡查，及时发现和处置涉及宅基地的各类违法行为，防止产生新的违法违规占用现象等工作。文件要求自然资源部门根据法律赋予土地管理的职责，配合农业农村部门、乡（镇）人民政府做好工作，包括负责对用地建造住宅是否符合国土空间规划、用途管制要求以及核发乡村建设规划许可证进行审查；配合落实宅基地申请审查到场、批准后丈量批放到场、住宅建成后核查到场等“三到场”工作；配合开展宅基地用地动态巡查，及时发现和处置涉及宅基地使用和建房规划的各类违法违规行为。
三是推动宅基地违法用地查处制度的改革。新《土地管理法》已对宅基地制度改革留出了空间，即新法明确宅基地制度改革职责交给农业农村部，说明宅基地制度改革有了新的方向和部署。鉴于此，笔者认为，宅基地违法用地查处工作的改革方向是统一由一个部门行使，农业农村部门承担的宅基地管理法定职责决定了其是宅基地违法用地的查处主体。
