8月底，加兰德将军正式提交了Me 262的训练计划报告，该报告提出在菜西菲尔德、莱西林一拉茨和艾尔福特-丙德斯勒本(Erfurt-Bingdesleben)这3个基地将分别组建1个中队级别的Me262特殊指挥部，具体任务包括发现并且解决Me262的技战术问题、训练以及编队战术发展（双机、4机、中队直至大队作战）等等。因此，除了此前一直负责训练和试验的Me 262试验指挥部之外，另一个重要的特殊指挥部—诺沃特尼特殊指挥部（按照德军惯例这些指挥部一般都用指挥官名字命名）也将开始正式负责执行空战试验任务。这和前面提到的主要负责某一型号飞机测试的试验指挥部(Erprobungskommando)不同之处在于，特殊指挥部(Kommando)主要负责实战测试。第三个特殊指挥部则要到9月22日才正式在艾尔福特一丙德斯勒本建立，指挥官是维格曼(Wegmann)中尉。
在此期间，依然属于试验性质的Me 262部队继续获得一些新的战绩，9月5日，施莱博少尉再次击落1架美军第7航拍侦察大队的喷火I型，这架侦察机在斯图加特上空被Me 262的30毫米机炮“撕碎”，飞行员西尔伯（Hilborn)少尉幸免于难，跳伞逃生后被俘。第二天，戈培尔（Goebel)军士长宣称击落了1架英军第540中队的蚊式，飞行员弗莱明（Fleming)少校失踪。9月11日，美军重型轰炸机群第一次正式记录了和Me262的空战，担任护航的第339战斗机大队1架由琼斯（Jones)少尉驾驶的P一51被鲍达赫军士长击落。9月13日，美军第8航空队记录了击落第二架Me 262的战果，这个战绩属于第364战斗机大队的瓦尔科（Walker)少尉。这架Me262很可能属于莱西林基地的试验指挥部，该基地的威伯（Weber)少尉随后在9月14日和18日分别宣称击落了1架蚊式，这2架蚊式很可能属于英军第540和544中队。
9月23日原Me 262试验指探部的实际作战力量为12架Me 262和17名飞行员，根据加兰德将军的回忆录，由于希特勒的严令限制，直到此刻Me262战斗机部队依然还不具备“合法”的外衣。因此对于喷气式战斗机部队而言极其重要的一个日子是9月26日，戈林终于同意原在莱西菲尔德基地和菜西林基地的2个Me262特殊试验指挥部合并组建第一个喷气式战斗机部队。这天战斗机总监正式下达了关于重组喷气式战斗机部队的补充命令，最早接受喷气机训练的Ⅲ./ZG26改编为Ⅲ./JG6，以这个大队为基础，同时补充Me262试验指挥部部分力量以及其他相应的一些指挥通讯单位，正式组建大队级别的特殊指挥部，即著名的诺沃特尼大队，基地设在奥斯纳布吕克附近的阿赫玛（Achmer)。该大队此时的首要任务是进行对抗美军重轰机群的各项准备和实战试验，根据纸面编制，这个大队下属3个中队（每个中队16架Me262)，大队指挥部4架，共计52架Me262，这个大队将是今后第一个喷气式战斗机联队JG7的核心种子力量(Ⅲ./JG7)。27日，原Me 262试验指挥部和原Ⅲ/ZG26的剩余部分改编为第2补充战斗机联队10中队(即10./EJG2，也有资料表明是第10补充战斗机大队10中队——10./EJG10），这个中队依然负责飞行员的训练任务。诺沃特尼大队在10月初的实际作战力量大约为30架Me262，而这种飞机存在的各种技术问题此刻依然是部队损失的一个重要原因，例如在10月4日，2中队长陶姆上尉的Me262在着陆时由于1台发动机发生故障导致机毁人亡，随后将要接任中队长职务的沙尔(Schall)少尉也在这天遇到了机械故障，不过他幸运地迫降成功。值得一提的是，在1944年10月刚刚获得骑士勋章的沙尔少尉来自于I./JG52，此后先后担任诺沃特尼大队和JG7的中队长，成为德军驾驶Me262的第二王牌，获得14个击落记录，其个人总战绩达到了123个。10月6日，乔治一皮特·埃德上尉驾驶Me262可能击落了美军第9航拍侦察大队的1架P一38F一5，当天美军第353战斗机大队的Me 262击落记录则没有得到官方确认。
10月7日，诺沃特尼大队第一次成规模正式出击，目标是分别飞往马格德堡、卡塞尔、卢朗德(Ruhland)和普里茨(Poelitz)空域的4个美军轰炸机群。2中队长沙尔少尉和莱纳兹军士从海斯普基地起飞后各自击伤1架B一24，而1中队的运气就没有这么好。美国人在此期间也已经确信德军的新式喷气战斗机正式加入作战，随着遭遇战次数的增加，他们很快找到了Me262的弱点。例如它的转弯缠斗性能（俗称“狗斗”）很差，而且Me262在起降阶段更是弱不禁风，于是掌握着空中优势的美军开始派遣战斗机游弋在德军基地附近攻击Me262。这种游猎战术在这天获得了第一次成功。1中队的3架Me262—布雷中尉、考伯特（Korbert）少尉和卢塞尔(Russel)军士，刚开始滑跑准备起飞的时候就被第361战斗机大队的德雷（Drew)少尉发现，他立刻驾驶P一51从5000米高空高速俯冲下来，攻击了还在滑跑中的卢塞尔军士。这架Me262的起落架被命中，机体倾斜，发动机和地面发生了剧烈的摩擦，不过卢塞尔军士及时跳了出来，毫发未伤。之前已经升空的布雷中尉和考伯特少尉就没有这么好的运气了，此刻这2架Me 262如同待宰的羔羊，几乎没有作战能力，他们在大约300米高度被德雷少尉一顿痛打，其中1架Me262很快变成了一团火球，另一架的方向舵被命中后也很快坠毁，布雷中尉幸运地在低空跳伞获救，考伯特少尉阵亡。
德雷少尉后来回忆说：“这架Me262此刻大约爬升到1000英尺，速度大约只有200英里/小时，而我的速度则达到了450英里/小时，我在距离大约400码时以30度修正角开火。随着我越来越接近这架Me262，我可以看到它的机翼机身都被命中，当我飞越它的时候，我能看到它的右翼根部开始起火，随后我回头再看的时候，这架Me 262已经在天空中炸成一团火球……”德雷少尉由此成为第一位在1天之内击落2架Me262的盟军飞行员，他的战绩随后得到了德军喷气机王牌乔治-皮特·埃德上尉的证实，他在地面亲眼看到了这次成功的猎杀，德雷少尉因此获颁优异飞行十字勋章。
面对盟军新创的这种猎杀攻击，诺沃特尼向上级提出：Me 262在起飞和着陆时必须得到Fw190和强有力的高炮的掩护。于是罗伯特怀斯（Robert Weiss)上尉的Ⅲ./JG54下属第9和12两个中队就被部署到诺沃特尼大队基地附近，这个德军中第一个装备“长鼻子多拉”Fw190D-9的优秀战斗机大队将担负起保卫起降阶段极其脆弱的Me 262的任务。2个中队分别进驻相距仅10公里的阿赫玛基地和海斯普基地，有意思的是，诺沃特尼本人就是在JG54“绿心”联队完成了从补充大队的一名普通少时到1大队指挥官的成长历程，并且在这个联队取得了255个空战胜利。虽然Ⅲ.JG54已经是德军目前最好的常规昼间战斗机部队之一，
也是前段时间诺曼底战区表现最为突出的大队，但是面对铺天盖地前来猎杀的美军战斗机群，他们不得不一次又一次付出惨重的代价来掩护珍贵的Me262们。10月15日，负责海斯普基地的海尔曼（Heilmann)中尉的9中队就在掩护空战中损失了6架Fw190D-9，
其中4名飞行员阵亡。对于这些长鼻子多拉而言，危险不仅仅是成批的野马或者P一47，己方机场炙热的高炮火力也是不可忽视的威胁，毕竟炮弹是不长眼睛的。多特曼中尉指挥的驻扎阿赫玛基地的12中队就曾在2天之内被自己的高炮打下了3架飞机！这段时间里德国空军陆续出现的Me262以及Me163高速战斗机引起了盟军的高度重视，开始寻求应对之策，除了上述的战斗机猎杀战术以外，他们也开始训练轰炸机组如何应付这些高速杀手，10月10日～17日，由英国皇家空军战斗机司令部和美军第65战斗机联队联合负责进行一系列模拟对抗喷气式战斗机的战术训练，英军第616中队的麦克多维尔（McDowell)中校负责指挥4加“慧星”喷气式战斗机扮诚德军的进攻。10月27日，OKL(德国空军最高司令部）下达命令：出于“安全”考虑，一系列新式战机将采用新的伪装代号：Me 262银；Ar234一锌；Me 163铅，DO335—铜。关于Me262的代号也是一个很有意思的故事，最早它有2个官方正式代号，一个是“雨燕”(Schwalbe)，而希特勒建议称呼它“暴风鸟”(Sturmvogel),到了6月17日，它又被改名为“闪电轰炸机”(Blitzbomber),直到11月26日，Me 262才真正确定它的名字，就是最初的“雨燕”(Schwalbe)。再回到诺沃特尼大队，这个试验部队并没有因为第一次正式出击遭到的惨重损失就止步不前，他们很快就继续升空作战。10月10日，之前侥幸逃生的布雷中尉宣称击落1架P一51，不过他本人也在2天后再一次驾驶Me 262紧急迫降，同一天，大队指挥部的莱纳兹军士在宣称击落1架P一51后也被迫紧急迫降。10月13日，诺沃特尼大队再次出现非战斗损失—1架Me262在起飞时坠毁，飞行员鲁特(Luether)军士阵亡，另一架Me262在紧急迫降时严重受损。此后直到10月28日，恶劣的天气使得大队无法连续出击当天气好转之后，数架Me262起飞后直扑美军轰炸机群，布雷中尉时的Me262在起飞时发生事故，这次他再没有好运气逃生了，威伯中尉随即接替布雷中尉指挥1中队。攻击轰炸机的德军喷气机遭到美军护航机的拦截，沙尔少时和施菜博少尉分别宜称击落1架P-51和P-38。不过沙尔少尉在降落时候遇到严重麻烦，他本人幸运地没有受伤。施莱博少尉在10月29日再次宜称击落1架美军第7航拍侦察大队的P-38，随后这位经验丰富的喷气机飞行员经历了一次鬼门关：他的座机和1架喷火相撞！而他竟然成功脱离座舱，毫发无伤地跳伞降落，那架喷火属于英军第4中队，飞行员是威尔金（Wilkin)少尉。大队指挥部的布特纳(Buettner)技术军士和戈培尔军士长也在这天各自宜称击落1架P-47。诺沃特尼的喷气机试验大队在最初使用Me262期间遇到了很多技术问题，例如过高的降落速度引发的事故危险（轮胎材质和起落架的强度不够，很容易爆胎和折断)，机炮弹链强度不足导致在高机动下脱落使得武器失效等等，即便地勤人员尽了最大努力，但是一次能出动的Me262很少能超过3架，到10月底，真正能出击的Me262依然只有3架！而在此期间该大队宣称取得的战绩为22个击落记录。显然此刻尚不成熟的Me262存在很多技术缺陷，尤其是发动机和起落架问题凸现，但是这些是否就是造成如此众多意外事故并且影响实战出击的主要原因呢?当时在阿赫玛基地负责领导梅塞斯密特一个技术支持组的万德尔在他的一份报告中还提出了另一个重要原因—飞行员训练不足。
德国空军在1944年11月初真正具备实战能力的Me 262大队有2个，除了作为战斗机部队的诺沃特尼大队，另一个就是前文已经具体介绍的执行轰炸任务的1KG51，此外在莱西菲尔德基地还有一个Me262试验指挥部进行拦截盟军侦察机的作战尝试。11月1日，诺沃特尼大队再次出击，4架Me262攻击了美军第20和352战斗机大队的P-51，3中队的邦茨哈夫(Banzhaff)候补军士在荷兰兹沃勒(Zwolle)空域击落了美军第20战斗机大队77中队的1架P-51，飞行员丹尼斯·J·阿里森（DennisJAlison)少尉。就在邦茨哈夫准备继续攻击其他美军战斗机时，第352大队的1架P-51（飞行员威廉姆·T·葛布少尉）和第56大队的1架P一47（飞行员瓦尔特·R·克罗斯少尉）向处于爬升状态的Me262一起开火，将其击落，不过邦茨哈夫还是跳伞逃生，而且侥幸没有受伤。葛布少尉日后回忆说：“这架Me 262突然转向我飞来，我跟着急速转向并且内切转到它的后面，大约接近到200码距离我开火命中它的尾部，当这架Me262试图垂直爬升的时候我在150码距离再次命中它的右侧发动机..…”而同样参与这次攻击并且从下方射击的克罗斯少尉的照相枪也记录下了准确的命中图像，因此他也获得了1/2战果。诺沃特尼大队在第二天宣称击落了3架美机—布特纳技术军士击落1架P-51和1架P一47，鲍达赫军士长击落1架P一47，自己损失了1架Me262——曹纳（Zollner)候补军士驾驶的飞机在从阿赫玛起飞的时候1台发动机突然停车，机毁人亡，此外还有1架着陆时受损，不过飞行员戈培尔军士长没有受伤。
11月4日，戈培尔军士长在杜梅尔（Duhmer）湖上空击落美军第365战斗机大队维拉德·W·罗耶(Willard W Royer)中尉驾驶的P一51，但是他此后不得不迫降到鲍穆特（Bohmte)地区，飞机毁损，当天美军第359战斗机中队的兰恩(Rann)上尉宣称命中1架喷气式战斗机，很可能就是戈培尔军士长的这架Me262。诺沃特尼大队当天还损失了2架Me262，1架属于之前曾幸运逃生的邦茨哈夫候补军士他的Me262由于不明原因在昌内空城失踪，赞德军士长驾驶的另架Me262在试图用1台发动机紧急着陆时撞毁，但是赞德被甩出座舱幸免于难，毫发无伤。
2天后，诺沃特尼大队又损失了4架Me 262，德国当时宣称其中3架都是由于油料耗尽而在紧急迫降时被毁，3名飞行员分别是施邦博格（Spangenburg)少尉、克劳策（Kreutzer)军士长和莱纳兹军士长，他们全都侥幸生还。不过根据美军方面的报告，施邦博格少尉的Me262是被第357战斗机大队耶格尔（Yeager)上尉（这位传奇飞行员将于1947年10月14日驾驶贝尔X一1首次突破音障）驾驶的P-51击落的。当时耶格尔上尉发现了这架准备着陆的Me262，他即刻俯冲下来，速度超过了800公里/小时，他不顾地面上猛烈的高炮火力，6挺机枪同时开火，击毁了Me 262的机翼，随后驾机漂亮地爬升脱离，并且确认这架Me262坠落到机场附近的树林中。当时德国威瑟飞机制造厂(Weserflug-Flugzeugwerks)的一份报告却和耶格尔上尉的描述则有点出入，报告中写道当天1125观测到施邦博格少尉的Me 262在工厂机场(Lemwerder)上空800~1000米高度盘旋，突然间地而警报骤响，高炮部队即刻开火。由于他们将施邦博格少时的Me262以及他身后的那架P一51都误认为敌机，施邦博格少时随后以高速试图迫降，2分钟后坠落在机场西南部。这架Me262由于巨大的惯性先蹦了几下然后一直滑出树林，直到最后撞上一处粮仓和停在边上的1辆马车才停下来，2匹马不幸在这次意外
中丧生，1辆农用车辆被毁。此时飞机已经燃起熊熊大火，飞行员掀开舱盖跳了出来。随后当地人和机场地勤一同扑灭了大火，施邦博格少尉也被及时送往医院，他的脸部被烧伤，头部也受到创伤，几天后德军还专门派来了9人救援组回收Me262残骸。至于莱纳兹军士长也
可能是被美军第361战斗机大队的威廉姆·J·奎恩(WilliamJQuinn)少尉击落的。当天诺沃特尼大队损失的第四架Me 262则是在返回海斯普基地着陆时由于起落架问题而被毁，6日全天这个Me262大队总共获的战绩却只有1个—沙尔少尉击落1架P-47。
11月7日，凯勒（Keller)将军和加兰德将军前往诺沃特尼大队视察，但是他们最终将要看到的却不是什么胜利，而是这个Me262战斗机大队诞生以来最惨痛的损失。11月8日早晨，基地警报突然响起—美军轰炸机群到来的消息得到确认，于是诺沃特尼少校和维格曼中尉驾驶2架Me262从阿赫玛基地起飞，骑士勋章获得者沙尔少尉和布特纳技术军士则从海斯普基地起飞，但是2架Me262在起飞时就发生事故：诺沃特尼少校的Me 262出现发动机故障，而布特纳技术军士则在滑跑加速时轮胎爆裂，只有沙尔少尉和维格曼中尉两人升空前往攻击美军机群并安全返航，他们分别击落了1架P一51和P一47。中午刚过不久，返航中的美军机群再次接近基地，诺沃特尼少校和沙尔少尉再次驾机起飞，沙尔少尉很快报告击落2架P一51，根据美军记录，实际上他击落的是第357战斗机大队的2架P一47，飞行员分别是查尔斯·C·麦克莱威(Charles CMcKelvey)少尉和威廉姆·L·霍福特（William LHoffert)少尉，其中麦克莱威少尉的P-47并没有直接坠落，就在他挣扎着想控制住飞机时遭到了1架Bf109的攻击，最后他迫降被俘。
不久沙尔少尉的发动机出现暂时性故障，就在此时他遭到了第357战斗机大队詹姆斯·W·肯尼(James W Kenny)少尉的攻击。肯尼少尉在报告中这样写道：“科温（Corwin)少尉和我正在返航途中，他的发动机不太正常，我们离开攻击目标大约已经有1个小时的航程。此刻我们发现1个B一17机群没有战斗机掩护，科温少尉建议我们过去保护他们，当我们爬升飞往B-17机群上空的时候突然发现奥斯纳布吕克空域附近有1架敌机快速接近，我们向它飞近后确认这是1架Me262。这架敌机开始爬升、转弯，随后从5点钟方向攻击轰炸机群，我飞到了它的背后，科温少尉紧跟着我，我在接近到大约400码距离时开始开火，但是并没有命中。随后我看到这架Me262冒出浓烟，我再次转到它的背后，德军飞行员试图溜走，但我2次高速飞越它，第一次它继续直直向前飞，第二次它向右转向，我切入内圈再次从后面咬住它。随后德国佬突然开始加速并且爬升到4000英尺脱离，我可以看到它的右侧发动机也开始冒烟，我想它可能已经没有油料了，但是没有高度优势的我已经无法再追上它了。”
沙尔少尉在眼看就要被击落的时候及时爬升脱离，显然他还是幸运的，但是诺沃特尼少校却没有这么好的运气了。诺沃特尼在击落1架B-24和1架P-51后被一群P-51追逐，在他躲进云层之前必须尝试摆脱追兵，当诺沃特尼驾机180度急转后却靠近了第364战斗机大队的理查德·W·史蒂文斯(Richard W Stevens)少尉的P-51，史蒂文斯自然不会放过这个机会，他切入并且从后方咬住诺沃特尼，在450米距离上连续开火约2秒钟。这架Me262的速度越来越慢，史蒂文斯少尉继续补了它一梭子并且一直紧跟不放，随着这架Me262飞往一个机场。不久后Me262突然猛烈向左急转，随后消失在云层中。德军地面无线电员听到的诺沃特尼最后的声音是：“击落3架……左侧发动机停车！……继续遭到攻击……被命中了…”随后这架Me 262就坠毁在布朗姆舍（Bramsche)，诺沃特尼没有能够跳伞，这位骑士勋章上获得过镶钻荣誉的王牌飞行就随着他的Me262一同坠毁，最后个人战绩停留在258架这个数字上，他真正的坠机原因至今依然是个谜。而史蒂文斯少尉自己关于这段经历的回忆更是有意思，当时他还是一名飞行新手，只想着能完成自己的任务，当队友告诉他击落了德军的超级王牌诺沃特尼后，他还惊讶地问到：
“他究竟是谁?”
诺沃特尼阵亡后他的Me262大队暂时撤出战斗进行休整，乔治-皮特·埃德上尉暂时接任大队指挥官，他们在此前大约5周的作战中已经损失了26架Me262，其中大部分是由于机械故障和操作失误坠毁，获得的战绩可以确认的有18个。这个大队试验性质的作战就此结束，很快他们就被调回。诺沃特尼大队回到莱西非尔德基地后暂时并入那里的Me 262试验指挥部（即Ekdo262，这个指挥部另一个名字是Ⅲ/EJG2第2补充战斗机联队Ⅲ大队)。11月16
日，ⅢEJG2的11中队中队长格罗布（Glomb）中尉驾驶Me 262A-2a在文特劳巴赫(Unterlauerbach)地区坠机身亡。此时Ⅲ./EJG2的实际力量为18架Me262和12名飞行员，还有69名学员，很多已经解散的空军单位的飞行员陆续加入这个由盖耶上尉负责的Me262试验指挥部接受改飞训练。在这段时间内美军和Me262几乎没有发生过接触，即便有一些击落记录也无法得到双方共同证实。11月26日这天对于Ⅲ./EJG2而言是一个重要的日子，3名在该大队受训的飞行员驾驶Me262取得了这段时间喷气机部队难得的战果，这3人是辛讷(Sinner)少校（原I./JG27指挥官）、穆勒少尉和布赫讷(Buechuer)军土长，他们驾机成功拦截了盟军的侦察机。布赫的军土长击落1架美军第7航拍侦察机大队的P一38F一5，飞行员埃文·小·李奇(IrvinJRickey)少尉直到自己被布赫讷军士长命中之前都没有发现这架偷袭的Me262，李奇成功跳伞后被俘。
辛讷少校则拦截了一个由1架P一38F-5和3架P-38战斗机组成的话侦察机群，经过一番格斗，辛讷少校最后驾机从下方攻击了这组P一38，击落了其中1架由尤里斯·R·托马斯（Julius R Thomas)少尉驾驶的P一38，托马斯少尉最后跳伞被俘。穆勒少尉则宣称严重击伤了1架南非皇家空军第60中队的蚊式。
纳粹距离灭亡的日子已经不远了，但Me262仍然要作为做后的勇士保卫帝国的天空。等待他们的结局又将是什么呢？
