增值税审计一般应遵循增值税的计税规律确定审查环节，重点审查征税范围、销售额与销项税额、进项税额的结转与进项税额转出、应纳税额与出口货物退（免）税。下面仅对增值税中的销售额与销项税额、进项税额抵扣时限与进项税额结转、转出的审计重点加以阐述。
一、销售额审查
根据现行增值税法的有关规定，销项税额的计算要素有二：销售额与适用税率。销售额的审查是增值税审查的首要环节，应重点审查以下几方面内容：
（一）销售货物或应税劳务收取价外费用是否并入应税销售额。按规定只要是跟销售有关的收费如：卖方提供装卸所得收入等都应并入应税销售额。企业在销售货物或收取购货方的价外收入时存在不开发票，或将已收取的价外收入通过往来账款处理，或直接抵账，冲销各自的往来账，或长期挂在往来账上，到一定时间就以清理“呆滞账”的方式，将其列入往来账的货物销售收入或价外收入，直接转入当期损益。
（二）将自产、委托加工或购买的货物对外投资、分配给投资者、无偿赠送他人，是否按规定视同销售将其金额并入应税销售额。自产、委托加工的货物只有分配给股东时才可按成本转销售收入。
（三）销售残次品（废品）、半残品、副产品和下脚料等取得的收入是否并入销售额。审计时发现多数企业把此项收入进入小金库，或直接冲减成本或费用。
（四）将自产或委托加工的货物用于非应税项目以及集体福利、个人消费的，是否视同销售将其金额并入应税销售额。一些企业没有并入应税销售额，直接计入福利费用或企业管理费。
（五）采取以旧换新方式销售货物，是否按新货物的同期销售价格确认应税销售额。如：企业促销零售价1 107元，收回旧物作价100元实收1 070元，企业按实收价计收入就会少计销项税。
（六）以物易物或应税货物低偿债物，是否并入应税销售额。实际上企业很少有并入应税销售额，多数直接转往来账或不入账。
（七）移送货物用于销售是否按规定视同销售将金额并入应税销售额。设有两个以上机构实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，视同销售货物，但相关机构在同一县（市）的除外。
（八）采取还本销售方式销售货物，是否从应税销售额中减除了还本支出，造成少计应税销售额。这种销售方式是纳税人为了加速资金周转而取得一种促销手段。其还本支出可作为产品销售费用处理。
（九）混合销售行为和兼营的非应税劳务，按规定应当征收增值税的，其应税销售额的确认是否正确。混合销售行为如征增值税，应以纳税申报表为依据，结合“主营业务收入”明细账，查明申报的销售额是否正确。
（十）纳税人发生销售退回或销售折让，是否依据退回的增值税专用发票或购货主管税务机关开具的“企业进货退回及索取折让证明单”，按退货或折让金额冲减原销售额。
（十一）销售自己使用过的固定资产，属于应征消费税的机动车、摩托车、游艇，售价超过原值的，按照4%的征收率减半征收增值税；售价未超过原值的免征增值税。
（十二）为销售货物而出租、出借包装物收取押金，因逾期而不再退还的，是否已并入应税销售额并按所包装货物适用税率计算纳税。同时应注意审查有关特殊的纳税规定，如对销售酒类产品（除适用啤酒、黄酒外）收取的包装物押金的规定。
（十三）采取折扣方式销售货物，将折扣额另开发票的，是否从应税销售额中减除了折扣额，造成少计应税销售额。
1、自2003年3月1日起，增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。
2、对纳入防伪税控管理的企业，取得防伪税控系统开具的增值税专用发票，属于扣税范围的，应于纳税申报前到税务机关申报认证，在取得税务机关开具的《认证结果通知书》和加盖“认证相符”戳记的专用发票抵扣联后，申报抵扣税款，凡认证不符的，不得作为扣税凭证。
3、增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应当在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项税额。
审查纳税人是否存在多计进项税额的问题，不仅要从计算进项税额的凭证上进行审查，而且还要审查有无扩大结转、计提进项税额范围的问题。
1、免征增值税项目的购进货物和应税劳务，是否结转进项税。2、购进固定资产是否结转了进项税额。3、非增值税劳务项目购进货物和劳务，是否结转了进项税额。4、用于集体福利或个人消费的购进货物或劳务，是否结转了进项税额。5、在建工程项目所用的购进货物和应税劳务是否结转了进项税额。6、购进货物发生的非正常损失，是否结转了进项税额。1—5购买时就知道与生产产品无关，不应抵扣进项税，应价税一并计入购买货物成本中。
当纳税人购进的原材料、商品改变用途时，应将其负担的进项税额由“应交税金—应交增值税”账户的贷方“进项税额转出”科目转入相应的账户中去。因此，对纳税人发生的下列业务，应审查在结转材料和商品销售成本的同时，是否作了转出进项税额的账目处理。
1、将生产用原材料用于职工福利已结转进项税额的材料物资；2、非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务。但是清产核资价值损耗不做进项税额转出；3、在建工程项目领用购进的已结转进项税额的材料物资；4、增值税免税项目使用购进的已结转进项税额的材料物资；5、非增值税应税项目使用购进的已结转进项税额的材料物资；6、将购买的固定资产作为低值易耗品入账，生产时以低值易耗品领出已结转进项税额的固定资产。
对上述项目除了注意审查计算方法是否正确外，还要注意审查企业进项税额转出的金额计算依据是否正确，进项税额转出的时间与增值税会计处理的规定是否一致。
