国内许多企业在进行管理模式变革或实施新政策之初，员工的抗拒感比较大，推行有较多阻力。企业在导入阿米巴经营模式时，需要建立阿米巴经营的激励体系。
阿米巴经营模式的重要目标是“人人成为经营者”，企业在追求利益的同时重视员工的幸福感和培养有经营意识的人才，调动员工的积极性。阿米巴是全员参与的经营，它离不开相应激励体系的建立。而阿米巴组织划分就是为员工提供机会，让员工能站在经营者的立场去出发，为经营好阿米巴组织而谋划。这需要企业给予一定的支持和权力，才能让员工感到重视，与企业站在同一阵线一起成长，从而在阿米巴之间的形成良性竞争。
阿米巴经营激励体系是根据现有人力成本来进行核算的，奖金是按收入总额阶段进行核算的，在不同的阶段对高、中、基层的主要决定作用按比例进行分配。可以看出：
第一，在只完成了目标任务的时候，基层员工获得奖金最多，说明企业高层领导的决策对增加收入没起任何作用，此时是基层员工的作用最大，因此这个阶段应该给基层员工分配较多奖金；
第二，当实际完成任务超出目标任务一点点的时候，企业高层领导和中层管理者获得的奖金有所提高，说明在此阶段，企业中高层领导人的决策对增加收入起了一定的作用，但还是基层员工起主导作用。
第三，当实际收入大大超出目标收入的时候，企业高层决策者获得最高的奖金分配，说明在此阶段，起决定作用的是企业高层了，因此企业高层应获得更多的奖金。
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