（1）一级整理成本能否作为开发成本在土增税税前扣除？所得税以企业法人作为纳税主体，在公司真实发生的成本费用且取得合法票据都可以税前扣除，而土增税的判断相对复杂。
（2）政府返还土地款应该如何处理，是作为营业外收入还是作为土地成本扣除？下面用几个操作案例来分别说明。
案例一[土地整理模式]
某村委会提供城中村改造合作项目用地，政府在拆迁阶段通过招标方式引入企业A作为一级土地开发整理主体，整个拆迁费用由A承担，共发生成本900万元/亩（不含税），拆迁完毕后，村委和政府协调与土地储备中心将项目合作地块确权给村委公司。完成土地确权和登记后向政府申请委托国土局进行项目地块公开出让，房地产开发公司B按1200万元/亩的价格获取项目地块的国有土地使用权。目标地块成交后，政府相关部门从土地出让价款中返还75%给一级主体A。
该案例中，四大核心主体完全独立，虽然一二级主体可能存在关联关系或者其他利益往来（比如有些地方只要一二级主体是相同股东就能保证二级主体摘牌），但从法律身份来讲是各自独立的法人实体，其税务处理相对明晰：A公司发生的改造成本只能在A列支，无法在开发主体B公司计入开发成本；A公司取得的财政返还属于一级整理成本的收回和合理利润，应该由A公司计入收入缴纳所得税。但是实务中存在返还路径调整到B公司的情况，这个时候处理就变得复杂，是作为补贴的营业外收入还是冲减土地成本直接影响土增税351万元/亩（按照30%税档计算）。为了避免后期清算的争议，建议一二级主体分离的改造模式下，返还款路径一定明确到一级主体A公司。
案例二[一二级联动下的毛地出让]
承接上例的城中村改造合作项目用地，政府将拆迁及拟改造土地的使用权一并通过招标等公开方式确定给房地产开发企业C，由C承担具体拆迁工作，垫付征地拆迁补偿款900万元/亩（假定为不含税），拆迁完毕，补缴土地出让金300万元/亩后取得开发用地土地使用权。
该案例中，一级改造主体和二级开发主体重合，即“一二级联动”，企业C取得的目标地块状态为毛地出让，取得目标地块以后发生的拆迁补偿款计入开发成本在土增税前扣除合理合法，基本没有争议。
案例三 [一二级联动下的净地出让]
上例的城中村改造合作项目用地，房开企业D作为该城中村改造项目的一级土地开发整理及二级开发建设主体单位，完成项目的详细规划并投入资金进行合作项目建设，政府负责协助办理相关手续。D企业承担拆迁安置成本900万元/亩（不含税）。拆迁完毕后村委和政府协调与土地储备中心将项目合作地块确权给村委公司。完成土地确权和登记后向政府申请委托国土局进行项目地块公开出让，并协助房开企业D按1200万元/亩的价格获取项目地块的国有土地使用权，目标地块成交后，政府相关部门向D公司返还土地出让金的75%。
这个案例相对复杂，我们暂且将其定义为“伪一二级联动模式”。因为该案例中一二级主体虽然属于同一法人实体，但是二级主体是从公开市场上摘得的净地，其一二级业务可完全分割。这种模式下一级整理成本900万元/亩是否能在土增税前扣除，无法在现有税法条文中找到明确的答案，回归到土增税的基本征税原理，其征税范围是转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物并取得收入的行为，征税对象是转让行为取得的增值额。因此能在土增税税前扣除的成本必须是取得目标国有土地使用权过程中及取得后发生的成本。D公司取得目标地块的时点是公开招投标出让国有土地使用权时，状态是净地，这一时点开始发生的成本才能进行税前扣除。而针对净地出让的土地，在土增税中列支大额出让前发生的拆迁补偿成本是不符合常规的。如果认可了拆迁成本的性质，D公司取得的土地出让金返还就理应作为一级整理收入，不能冲减土地成本。
（商淌笔记：这种方式下，土地出让金返还与安置成本相对应，不直接冲减土地款。就是说土地票还是1200万/亩，返还的出让金其实就是安置成本的回购款，成本收入在安置部分相对冲了，900万/亩入不了账，75%返还也冲减不了土地款）
讨论
对比上述三个案例，案例一和案例三中，开发主体取得的是净地，不管一二级主体是否同一法人，可扣税土地成本就是公开招标价格1200万元/亩，土地返还款作为一级整理的成本收回和合理利润。而案例二属于毛地出让，其取得土地使用权后的一二级成本都可以在税前扣除。上述三个案例的数据总结如下表，同一标的地块，不管什么模式，开发企业付出的总成本都是1200万元/亩。
但当返还款与一级成本金额不一致，开发企业总支出不变的情况下，不同模式下的可扣税土地成本会发生转变，假设案例一将返还比例提高至85%，而案例三将返还比例降低至70%，同样支付1200万/亩的成本，案例一将800万/亩的收益转移在一级整理，可扣税土地成本增加为2000万/亩，而案例三将200万/亩的成本留在一级整理阶段，可扣税成本降低为1000万/亩。
实务中的旧改情况更为复杂，甚至出现过一级成本列支在一个法人实体，而返还款全部返还至二级开发主体，被税务要求冲减土地成本，出现土地成本为零的怪象，为了保证企业利益最大化，需要清晰交易流程、规范协议内容，从源头上减少税收上的争议。
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