回答一
先声明一下这个理由只适用于一部分软件，不适用所有软件。
这是因为他们的 KPI 考核中有「日活跃度」「月活跃度」「日在线时长」等指标，而这种指标靠软件开机自启然后连接服务器最容易实现，比方说某个用户今天有若干次或者若干时间连接过服务器，表示今天是活跃的了，软件在后台偷偷多登录几次服务器，日活跃度就上去了，有了后台常驻，即便用户今天根本没打开这个软件的界面，他也被计算为活跃的。有了后台常驻，用户的日在线时长等于手机在网的时间，等于PC开机的时间，多爽。
也许你会说，有考核难道就唯考核论了么？问题在于，无视这个考核的后果很严重，如果他们的日活数据达不到指标，这个项目组可能会被砍掉，开发团队可能面临失业，换岗位，合并到其他开发组，或者重新找工作的后果。运气最好的情况是给机会重新开发一个新项目，而这个时候，他们终于学乖了，自信满满的让程序开机自启，令日活达到理想值了。没人愿意生活在恐惧中，对不？
所以，这个现象转回来还是一点：KPI 是万恶之源。为什么软件都要开机自启，你得怪制定这个 KPI 的老大们。能制定出这种 KPI，开发者只好用坑顾客作为对策。
回答二
抛开为了KPI因素影响，其实最为重要的原因其实是大安卓的开放性质所造成（PC也差不多，基本雷同，此处只说安卓平台。）
开机自启：顾名思义就是伴随着安卓手机开机的时候就启动了，跑在了后台上。这种情况基本上都是耍流氓行为，给手机ram带来负担不说，还极大的影响开机速度。一些开发者说开机自启后可以提高点击软件时启动速度，其实也是不负责的说法。
发展至今后台启动与初次启动速度的速度其实已经微乎其微了。除非开发者的程序实在 太烂。
所以一切开机自启动的程序其实都可以定性为耍流氓。当然闹钟程序防盗程序除外。
后台自启：通过手机环境变化启动程序的行为。
之所以说一切开机自启动都是耍流氓是因为大安卓实在太开放了。以至于其实你不需要开机自启动一样能到完成你的功能设计。
大家都知道安卓没有ios一般的集中信息push机制。所以只能每个软件自己push信息 了。所以软件需要无时无刻不后台着，但是没关系呀，你不需要开机自启，你只要在开 发过程中，设计成联网后启动程序即可。反正没网的时候你也push任何东西。
还有最牛的在于你还可以设计成亮屏启动程序，这样一些隐私软件就可以完美工作了。
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但是本来是好事的，到了我国就完全变了样了。不该启动的都启动了。你能告诉我一个手电筒软件需要联网唤醒干毛用吗？还有现在更厉害的是，妈蛋一个应用启动都能唤醒另一个应用。
打开微博，来往也被唤醒了。真是基情四射啊！
所以其实一切的源头其实都是为了用户体验。只是在我朝被跑偏了而已。自启严重影响手机运行速度，更加耗电。这也是安全软件所解决的问题之一：禁止自启动。
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