有机棉花的前期管理可结合绿豆进行，以保全苗管理为主，进人中期以后有旺长趋势的要及时喷洒缩节胺，亩用量2-3克，兑水15-20公斤，喷洒在植株顶部。棉花的其他管理同一般大田。
1.出苗后，及时查苗、补苗、间苗，去除病苗弱苗。第二片复叶展开后定苗。穴播每穴留苗1-2株。条播一般株距12-15厘米，单株留苗。
2.中耕除草与培土。从出苗到花期进行1～2次中耕除草，头遍浅耕或锄地，结合间苗定苗进行，破除板结，铲除杂草，增强根瘤菌活力;第二遍在开花前结合中耕进行培土，以防倒伏。
3.灌水。在足墒播种的情况下，绿豆苗期至开花期一般不需浇水，开花后到结荚期是绿豆需水高峰期，在有条件的地方，在田间干旱的情况下灌溉一次，可明显增产。
绿豆病虫害防治。
绿豆常见的病害有叶斑病、枯萎病、锈病、病毒病等。常见虫害有蚜虫、豆荚螟、红蜘蛛、食心虫等。
绿豆收获期的确定应以“荚黑不等时、时到不等荚”为原则，当70%的荚变黑时，一次收获完毕。若绿豆成熟较晚，在有机棉花进入开花期时，也要将其一次拔掉，以免影响棉花生长。如有的品种成熟期拉的过长，为防早熟炸荚，可分批收摘成熟荚。
收绿豆后的棉田管理：
一是豆秧拔下后可结合培土就地翻压，棉花培土前亩追农家肥10公斤左右。二是重施花铃肥，肥与水结合，一般亩施有机肥10～15公斤，开沟深施。三是适时打顶，一般在7月15日打完顶。
