亚麻具有对氮、钾需要量大，对磷肥需要量较少的营养生理特点，施肥是调节营养生理过程以致影响亚麻产量和质量的一项灵活有效措施。
亚麻各生育期对不同肥料的吸收不均等，生育初期对氮素要求高，丛型期需氮较多，快速生长期和开花期需钾较多，开花期需磷较多。氮肥施用过量会导致贫青倒伏，感染病害，降低出麻率。磷肥过多，会导致植株矮小，早衰。
亚麻是一种根系发育较弱，吸肥能力不强的作物。因此，施肥应以基肥为主，追肥为辅，做到氮、磷、钾与微量元素配合。要求每亩施用腐熟有机肥500—1000公斤，亚麻专用复合肥30—40公斤，缺锌的地块增放1—2公斤硫酸锌。
为防止倒伏可增施草木灰，追肥视亚麻长势情况酌情追施，长势较差的麻地，在株高10厘米时每亩追施尿素5—10公斤，追肥过晚或过早多，亚麻贫青晚熟，生长期延长，容易引起倒伏和返青，给收获和保管带来很大困难。
