雪莲果在大田生长期间，病害种类很少，基本无危害。主要是在收获后，块茎的贮运过程中易发生细菌性软腐导致腐烂。细菌性软腐病主要在块茎表面受到创伤时感染。
雪莲果细菌性软腐病的症状是初期外表块点状变褐，颜色渐次加深。随着病菌的不断侵入向健处繁殖，病斑扩大，并向块茎内部深入，但表皮很少腐烂，略呈干缩下陷，手按有湿软感，有臭味。病部肉初棕褐色，后颜色加深呈褐色。在通气不良、湿度又很大时，块茎6-10d可整个腐烂。表皮破裂时，露出黑色腐汁。横切块茎时，健肉与病肉有明显区别：病肉棕褐、黑褐或黑色，而健肉则呈鲜亮的黄白、浅橙等色泽。块茎发病后，还可招致灰霉、青霉等杂菌的滋生，加剧腐烂。细菌性软腐病不仅危害块茎，还危害冬贮的种球，引起种球和芽及芽眼腐烂。染病的块茎湿度大时，呈软腐状腐烂;干燥时，块茎内水分散失，瘪缩成拇指粗细的干腐块茎。
细菌性软腐病的防治主要是在田间管理等农事操作上及贮运中避免形成伤口。具体措施如下：
(1)采收时工具要避免碰到块茎并轻拿轻放;装箱运输要用纸箱，不可用竹篓及木箱，雪莲果的块茎表皮很薄，很易划破。收获初期，堆积贮藏时要注意通风散湿。大量的长期贮存，宜用地窖，并以含水量在60%~65%的细砂覆盖和充实堆间缝隙。
(2)雪莲果分株种植时，分株切口沾涂新鲜草木灰。
(3)为保证雪莲果的高产优质，减少块茎生理性开裂，应选用肥力高、排灌方便的沙壤土种植。根据其怕旱忌渍及喜半阴、畏强光的生长习性，生长期要注意水分的均衡供应。勤细松土，长期保持土壤的湿润。雨季排干田间积水;天旱及时灌水。通常稻田比旱土种植的块茎要匀称光滑。
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