在公司总部需要具备管控能力且阿米巴具有独立的经营能力的情况下，企业可以按照实际情况，循序渐进地划分阿米巴。在阿米巴推行的过程中，一定会出现各种各样的问题，要解决这些问题，需在“集中决策，分散经营”这一核心原则下处理好以下三大问题：
一、公司总部和阿米巴的关系
这是最重要的一环。总部和阿米巴需要明确各自的价值定位，清晰界定各自的职责和权限，划分责权利，并通过一定的形式固定下来。一旦确定，就要严格按照职权划分原则，公司总部不该管的地方坚决不管，阿米巴该管的事情要放手去管。总部既要放得下，也要管得住。
二、职能部门与阿米巴的关系
如何建立科学的内部结算机制，协调职能部门与阿米巴之间的利益关系，是确保阿米巴经营模式成功的关键之一。只有对职能部门和区域总部协调和服务工作进行合理定价，建立补偿机制，才能提高职能部门的积极性。
三、阿米巴之间的关系
不同阿米巴之间由于业务的交叉和某些资源在总部平台下集中共享等情况，例如人力资源等，有可能会出现利益冲突，造成内部恶性竞争。总部需要根据业务发展情况，合理调整组织结构，划分业务范围，建立相应的制度和流程，平衡好各阿米巴之间的关系。
要使阿米巴经营理念深入人心，要做到以下四个方面：导入阿米巴经营的理念要坚定；领导人要具有管理革新的勇气；企业管理层要积极行动，各施所长；经营要从实际出发，稳步推进。
阿米巴经营成功推行的三大前提：不断优化资源配置，实现专业化运营；公司总部建立完善的内部控制体系，保障和引领阿米巴的业务发展；阿米巴组织必须具有独立的经营能力。
阿米巴经营模式作为创造高收益的管理模式，已经在很多企业中得到验证，但企业在导入阿米巴经营模式的过程中应循序渐进，学习好每一部分，才能顺利落地。
阿米巴目标设定的五大原则：明确性原则；衡量性原则；实现性原则；关联性原则；期限性原则。
阿米巴经营模式的实施流程：划分阿米巴组织；科学分摊公共费用；阿米巴内部定价；确定阿米巴结算方式；收入与绩效挂钩到位。
阿米巴经营模式正式推行，要通过培训让广大管理者与普通员工理解、认同阿米巴经营的意义，初步了解阿米巴经营的内涵及阿米巴经营落地的方法等。
在阿米巴推行的过程中，一定会出现各种各样的问题，要解决这些问题，需在“集中决策，分散经营”这一核心原则下处理好以下三大关系：总部和阿米巴的关系；职能部门和阿米巴的关系；阿米巴之间的关系。
