就目前来说，尽管我国对科研项目的研究和管理已经有了较长的发展历史，并且也取得一定的成效，但是与其它的资助项目相比较，由于科研项目在管理的过程中，不确定的影响因素较多，使得人们对它的管理有着未知性、困难性及特殊性的特点。因此，我国的科研项目中还存在着一些普遍的问题，具体表现在以下几个方面。
1.科研人员存在着申请、承担科研项目过多的现象
在我国部分科研机构调查和研究的数据显示，组成一个科研项目团队的人数大约是五到六人，而平均每年申请和承担的科研项目数量则高达十项以上，其中研究团队每年为了获取新的科研项目资源，平均需要申请六个到八个左右的申请书，经过计算，在团队中负责申请的科研人员需要用较大的工作时间来完成申请工作，虽然申请科研项目工作属于科研人员工作份内的事情，也并没有脱离工作的范围之内，但是这种过多的申请和承担科研项目不仅严重影响到了科研人员正常的科研项目工作时间，导致其它科研项目无法进行，还严重影响到了科研人员在科研工作中的专一性，导致科研人员没有较多的时间对科研项目成本的管理和其它项目的工作，不利于科研人员对已经申请过来的科研项目的研究和发展，对科研项目成本的管理也存在着许多的忽视和不足之处。
在我国，早期对科研项目成本的管理中，尚未形成科学的、专业的成本核算方式，在核算中，对于间接成本的概念也没有作出具体的、清晰的认识，直到二十一世纪初期阶段，我国才首次在科研项目成本管理中把间接成本的概念具体化和明确化。然而，随着项目投资的不断加大和科研项目数量的不多增加，科研项目的成本管理就需要利用间接成本来补偿，由于目前我国对间接成本的概念和意义认识不足，忽略了科研项目成本管理中对间接成本的重视，导致了科研项目间接费用不足以充足的补偿科研项目所使用科研机构公共资源时而产生费用的情况，这严重影响到了科研机构的可持续发展，阻碍了科研机构的科研项目的进行。而在科研项目成本的核算方法中，直到今天，我国还没有提出最为科学的方法和手段来解决科研项目成本问题的管理，具体的核算方法仍然延用传统的管理费分段超额累退比例来计算，目前来说，还没有形成专业的、科学的、统一的核算方法。
3.在科研项目的成本管理中，对科研项目成本补偿的工作人员工资不够明确和规范
一般来说，我国的科研工作人员的工作薪酬大体上分为两个部分，一部分是与其职位相对应的固定性的工作薪酬，这种工作薪酬由财政资金支持，水平较低，而另一部分则是科研人员与其从事和承担的科研项目等活动的绩效工资薪酬，虽然这里设立了绩效形式的工作薪酬，然而，大多数情况下，科研机构的科研工作人员都会自行的筹集资金。对于我国来说，一般情况，科研人员的总工作薪酬是在绩效工作的工资基础之上加上科研人员承担和完成的科研项目任务所用的经费，而在科研人员的工作薪酬中，项目经费就成为了科研工作人员绩效工资的主要来源，这就导致了有些科研人员会以提高工作薪酬为目的，盲目的、片面的追求申请和承担过多的科研项目，出现了科研人员实际的工作薪酬远远高于国家的统一的标准的现象，这种现象不仅对科研机构中的科研项目的研究是十分不利和危险的，并且对科研机构的科研项目进程的发展产生不利的影响。
二、针对我国科研项目成本管理中出现的"问题提出一些政策性建议
就目前来说，针对我国科研项目成本管理中出现的问题提出以下三条政策性的建议。首先来说，要加强政府和各个资助方在科研项目中的交流和协作，针对每个科研机构的现实情况，建立有效的、明确的、有针对性的资助机制，以达到公平、公正、透明的资助目的，让科研机构在科研项目成本管理中在资金的使用情况上有理可依，有理可查。其次，要采取正确、科学的科研项目成本管理方法，改革原有的科研项目成本管理的方式和手段，转变定额补助加比例限定相结合的科研项目成本管理的方式，根据实际的科研活动需求，灵活的调整成本结构的比例，从而达到科研机构在每个科研项目中都能充分利用内部现有资源的情况，让每个项目都能得到充分的研究和发展。最后，在科研人员的工作薪酬上，要研究并提出合理的科研工作人员工作薪酬的上下限度，科研机构通过设置工作薪酬的最高限额，来规范科研工作人员在科研项目中的成本补偿，让科研工作人员的工作薪酬与其所付出的劳动力成正比。同时，鼓励科研工作人员在研究科研项目的前提下，注重社会效应，将研究所取得的知识成果应用到社会经济的发展中去，积极的用自己的力量去服务于社会，让科研机构在发展科学技术的基础上产生更高的经济和社会效应。
三、总结
项目资助是目前各国广泛采取的资助方式，近年来，各国的科研项目的资助额度和总量都在快速的增加，因其科研项目自身的复杂性和不确定性，导致了在科研项目的成本管理过程中，不可避免的产生这样或那样的问题，而对我国来说，在科研项目成本管理中也是普遍存在着许多的问题，这需要我们不断的去探索和发展，降低和避免我国在科研项目中存在的问题，推动我国科研项目事业的发展和进步。
