全面预算管理需要一些专业技能和计算方法。例如，从基于成本中心核算的传统预算，到项目和资本预算技术，以及作业预算法;从“固定预算”到“弹性预算”、“滚动预算”、“零基预算”;从“销售导向预算”到“利润导向预算”等等。这些对于非财务职能部门或者业务单元的管理者来说都是眼花缭乱的。
另外，非财务职能部门或业务单位的管理者，自然将全面预算工作视为财务部门单独承担的专业工作，对分配的预算工作有很大的逆反心理。
全面预算管理不是财务部门的业务，而是公司各级领导和管理者的共同工作。
全面预算管理是一种非常重要的管理工具，它已经超越了“成本费用控制”的本来含义，但从企业系统的角度来看，它纳入了企业的战略管理体系，预算过程被视为一个计划过程。而不仅仅是作为一个纯粹的性能测量和控制工具。
企业高层领导制定发展战略后，需要向全体员工传达企业的使命、战略目标、战略类型、政策、行动计划、预算、程序、绩效之间的互动关系，使各级管理者明确全面预算管理的重要地位。鼓励各级管理者对各自负责的业务活动的资源进行分析和计算，明确必要的业务数据和信息，这些数据和信息必须充分流通，纵向和横向共享。各级管理者会觉得自己在做的是自己分配的工作，而不是上级分配的工作，从而增强了预算与业务计划的匹配度和数据信息的可靠性。
在全面预算管理的方法选择上，要有各级管理者的参与，重点关注经营环境、成本结构、组织结构等影响因素。
企业的规模和行业各不相同，经营环境对企业的影响也千差万别。因此，企业应根据环境的特点选择合适的预算方法。比如生产过程系统对企业产品成本结构的影响。不同的企业有不同的生产流程和系统，技术水平不同，所以生产成本结构也不同。在生产过程和系统技术含量低的情况下，直接人工等可变成本是产品成本的主要组成部分，固定制造成本所占的比重很小。变动成本法已经成为短期预算和决策的有效工具。
在高科技制造环境下，变动成本的比重越来越小，变动成本法将逐渐失去意义。有必要将“作业基础”成本计算与预算法相结合。作业成本法主要采用多种标准来分摊制造成本。根据不同作业的成本动因来归集和分配制造费用，能够真实地反映高技术生产条件下企业的生产成本结构，同时有利于对企业的增值活动和非增值活动进行分类管理。
简化复杂度，建立通用图表工作表，提高效率。
为了最大限度地减少全面预算管理复杂的专业知识和计算方法对非财务专业管理人员的负面影响，除了必要的基础知识培训之外，应用友好、易于理解和使用的图表或专业软件非常重要。在图表中列出编号、表格名称、填写部门、提交部门、汇总部门、名词解释、规格、计量和定价单位。
