关于巫蛊之祸，按照史家的约定俗成的表述，就是汉武帝末年皇室内部发生的重大政治事件。说得正式点就是封建统治集团内部各派系，围绕皇权归属而发生的严重的政治危机。在此次空前的政治巨变中，既有汉武帝疑神疑鬼的性格悲剧使然，也因为某些想染指高层权力及籍此打击政敌的野心家和阴谋家的推波助澜，不受约束的斗红眼的结果，几使国破，汉武帝也白白失去了很多亲人，颇有一种家破人亡的况味。
这个问题，就得从汉武帝的多疑性格说起(好像还是很多有为皇帝的通病也)。
众所周知，汉武帝是一个举世公认的伟大皇帝，是能与首统中国的秦始皇比肩的一代雄主(有人还把他与秦始皇、唐太宗、宋太祖誉为中国皇帝的“四大天王”)。正因为他的雄才大略以及勃勃雄心，中国得以开疆拓土，傲立当世，大汉帝国也由此登上了强盛的巅峰，这也养成了汉武帝后期刚愎自用、十分自负的多疑，冷酷性格，甚至于是一个只能远观而不能近亵的人主，不然受伤的还是你自己，这个不仅他的大臣感受到了，甚至于他自己非常喜欢的家人如废太子刘据(汉武帝29岁才得皇长子刘据，故喜欢得很，刚出生便命人为其做《皇太子赋》，这个等于是正式确立了刘据的太子身份)，也是十分清楚的，故此经常劝谏父皇，也从此埋下被疏远猜忌的祸根。
总之，当汉武帝认为皇权受到了威胁的时候，他的多疑性格就会使其六亲不认进而杀人如麻。其实巫蛊之祸也包含了汉武帝为了“巩固”皇权，而对威胁到他的终极权威的卫系政治集团的不遗余力的大清算、大洗牌，正所谓的“官场无父子”的真实写照。
大家也知道，卫太子刘据是卫皇后所生，他宽厚仁爱，颇有汉高祖遗风，而且也有相当的政治才能，在朝中口碑甚佳，颇有影响。最重要的是他背靠着一个西汉的著名家族，也就是以其的功名赫赫的舅舅卫青为核心的卫系政治集团。卫青不仅手握兵权，还是皇帝内朝的领袖人物，在武帝一朝权倾一时。所以，性格多疑的汉武帝当然不想让卫系独大，于是为了分权又让卫青的外甥霍去病与卫青并列大司马、大将军，目的也就是限制卫青的权力过分膨胀，进而有与自己叫板夺自己权的实力。
后来卫青、霍去病都相继为革命鞠躬尽瘁，不过卫系将领们的能量还很大，也自然而然成为了卫太子的势力范围，政治力量没有明显减弱。到了“巫蛊之祸”之前，由于汉武帝好大喜功而穷兵黩武，因此让国家陷入了困境，“天下户口减半”，社会危机于是急速加剧。
而在这种情况下，以生性仁厚、体恤民苦的卫太子，以及团结在他周围的也逐渐厌倦连年征战的卫系将领们，就根据政治情势的急转直下，勇敢提出与皇帝好战政策相左的休养生息政策，主张罢战，与匈奴和解。这一主张，也终于让恋权又多疑的汉武帝“幡然醒悟”，原来自己曾经非常爱护和信任的宝贝儿子，居然走向了自己的反面，而且政治理念是如此的“针锋相对”，简直是让他大吃一惊，甚至于是惊出一身冷汗的那种，所以为了保卫皇权的需要，“觉悟”之后 ，好斗的汉武帝也开始了对卫系太子的防范和猜忌，进而发生了给西汉政权付出惨重政治代价的巫蛊之祸。
事实上，也正是由于汉武帝与自己的宝贝接班人政治理念和治国方略的分歧越来越大，甚至错误地认为这种施政分歧是儿子有意要造自己的反夺自己的权，所以性格中刻薄寡恩居多的汉武帝，晚年才为了政治需要明显疏远了卫皇后和卫氏集团，大有一种势不两立的况味。
于是，根据此种政治表象，也有很多历史分析家认为，汉武帝之所以抛弃了曾给他很多生活帮助和政治支持的卫皇后(以及她背后的卫系政治集团)，转而因为政治原因被迫移情于其他宠妃如王夫人、李夫人、钩弋夫人等，这又显然不仅仅是因为好色，而是为了保卫皇权而进行的无奈政治切割。基于此，此后虽然卫子夫的皇后名分一直留着，不过事实上她早就被打入了政治冷宫，因为此后她想见皇帝夫君一面都是一种奢望。
尽管众所周知汉武帝是出名喜欢刘据这个太子的，几乎可以说是要星星摘星星要月亮摘月亮，宠爱有加。据史载，太子刘据在汉武帝元封元年(公元前110年)加冠，而元封年间也是汉武帝“周游列国” 出巡考察最频繁的年份。换句话说，皇帝频频出外进行国事活动，而让太子留守长安做代理皇帝监国主持政事，在政治上此时他还是十分信任这个接班人的。只是因为后来的政争，终于让此种鱼水情深走到了它的尽头，利益确实是人们轻易绕不过去的行为指挥棒。
