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1911年10月10日武昌起义,辛亥革命爆发,南方各省纷纷宣布独立。北洋新军成为清室唯一可以抵抗革命的力量,于是再用袁世凯,先任其为湖广总督,旋任其为内阁总理大臣。
袁世凯一面以武力压迫南方革命,另一方面却暗中与革命党人谈判。而革命党人亦认为袁世凯是能领导中国的政治领袖。12月29日,南方十七省选出孙文担任中华民国第一任临时大总统,1912年1月1日在南京宣布民国成立,孙文就任。1月16日,袁世凯回家路上,在东华门丁字街,遭到同盟会京津分会组织的炸弹暗杀,炸死袁卫队长等十人,袁世凯幸免于难。1月25日,袁世凯及各北洋将领通电支持共和。2月12日,隆裕太后接受优待条件,清帝逊位,清朝对中国的统治宣告终止。
2月15日,南京参议院正式选举袁世凯为临时大总统。依据中华民国临时约法,改总统制为内阁制,大大削减袁世凯的权利,袁却于3月10日于北京就职。袁就职之后,坚持一个强有力的中央政府,同时积极与列强交涉,维持了中国对蒙古和西藏的主权。
1913年2月,依据临时约法,举行了中国历史上第一次国会选举。国民党所得议席最多,按约法精神应由该党理事长宋教仁出任内阁总理。3月20日,宋教仁却在上海遇刺身亡,全国大哗。革命元勋孙文、黄兴等均指袁氏授意暗杀,袁世凯则予否认;当时之证据指向时任国务总理赵秉钧涉嫌教唆杀人,并无袁世凯本人授意之直接证据。7月,孙文组织中华革命党,发动二次革命,武力讨伐袁世凯,但遭到失败。
10月6日,国会在军警压力下,选举袁世凯为第一任大总统,袁世凯随即于北京故宫太和殿就职。11月4日,袁世凯下令解散中国国民党,并收缴国民党议员证书。国会因人数不足而无法开会。1914年1月,袁世凯下令解散国会。之后袁认为“人民滥用民主自由、人民政治认识尚在幼稚时代”,废止中华民国临时约法,于5月推出新的《中华民国约法》,改内阁制为总统制。之后再修改总统选举法,使总统可无限期连任,新任总统亦由在任总统指派。