很多人都以为，二战之后英国军情六处很快就将矛头重新对准了苏联。事实上，军情六处遇到的第一个问题是如何让自己存活下来。英国历史学家吉斯·杰弗瑞在新书《英国军情六处秘史1909-1949》中，讲述了军情六处在冷战初期的那段秘闻。
与军情五处起萧墙之争
1945年夏天，英国保守党在大选中落败，政权回到工党手中。新任首相艾德礼对军情六处没有多少感情，认为在二战结束之后这样一个部门只会是“鸡肋”。当时英国朝野不断有动议提出让军情六处和军情五处合并。
后来，英国议会安全委员会主席史蒂沃特在有关职责分工的草案中写道：“事关海外谍报的工作还是应当归属军情六处。”最终，艾德礼认同了这一看法。不过，此后一年，各方一直在权责问题上讨价还价，最后达成协议：军情六处负责西欧、伊比利亚半岛、北欧、南非以及中东欧、苏联还有巴尔干半岛等区域的情报收集。
然而，这一权责划分惹恼了军情五处。刚刚被艾德礼委任为军情五处主管的珀西·希尔斯通写信给首相称，治下的中东安全处不能因为军情六处的权责范围而被取消，因为国内很多安全事务都与中东有藕断丝连的关系。
为了平息这场争执，军情五处被安排“仍对巴勒斯坦地区的情报负责”，其余部分留给军情六处。但军情六处主管门则思认为这是希尔斯通的个人野心在作怪，于是去信史蒂沃特表达不满。两大情报机构的矛盾之后一直在延续，互相拆台的风波也闹得沸沸扬扬，直到门则思和希尔斯通在1948年冰释前嫌，达成情报共享的协议。
遭遇情报史上最大笑柄
在冷战初期的军情六处历史中，值得一提的是一起名叫“科比事件”的间谍战。之所以取名“科比”立案，是因为当时参与调查的军情六处人员都爱喝一种产自加拿大的威士忌“科比”。那是1945年9月9日，军情六处发现在苏联驻渥太华大使馆工作的英格·考尔岑克其实是一名密码破译人员。情报人员随后发现，考尔岑克背后是苏联驻加拿大军事情报处主管扎博庭。
扎博庭手中握有一张愿为苏联效力的欧洲精英名单。名单上有在加拿大工作的英国核专家阿伦·囊梅，而这位专家早前已经将重要的铀-235样本交了出去。军情六处随后挖出的情报更令他们吃惊，因为他们发现在军情六处效力多年的金·菲尔比早就为苏联传递情报了。
