融资的利率按证券公司与投资者签订的融资融券合同中规定的利率乘以实际发生融资金额、占用天数计算，融资利息在投资者偿还融资时由证券公司一并从投资者信用资金账户中收取或按照合同约定的方式收取。
融券的费用按证券公司与投资者签订的融资融券合同中规定的融券品种费率乘以融券发生当日融券市值、占用天数计算，融券费用在投资者偿还融券时由证券公司一并从投资者信用资金账户中收取或按照合同约定的方式收取。
根据《证券公司融资融券业务试点管理办法》规定，融资利率不得低于中国人民银行规定的同期金融机构贷款基准利率。
值得注意的是，证券公司也可根据实际情况制定不同的收费方式，具体的收费标准依从《融资融券业务合同》中的约定。
从融资融券业务收入结构中不难看出，融资利息、融券费用和交易佣金是该业务的三项收入来源。
由于我国投资者不习惯融券卖出，因此券商两融业务收入基本上由融资利息和交易佣金构成，而这些均来自投资者的股票杠杆交易。
就定价机制而言，根据相关规定，融资融券业务的融资利率不得低于中国人民银行规定的同期金融机构贷款基准利率，目前六个月以内(含六个月)贷款的基准利率为5.6%，而券商目前执行的融资利率标准，即在同期贷款利率基础上上浮3个百分点，而美国、日本和韩国则完全由证券公司和客户自主商定。
由于我国贷款基准利率显着高于美国、日本等国家，我国投资者为此付出的成本明显高于国外投资者。
值得一提的是，由于国内券商无一例外地采用这一定价方式，这带有联盟性质的定价方式使得投资者难有议价空间。一个不争的事实是，自融资融券推出至今，许多融资者亏损在30%以上，超过同期大盘的跌幅，而在股市持续低迷的情况下，券商却没有采取更加灵活的定价方式，诸如未能适度下调融
2010年3月，我国首批入围融资融券试点名单的各家券商，目前正陆续公布投资融资融券的业务成本，融资利率初定为7.86%，融券费率则在9%-10%之间。
国信证券目前将融资利率定为7.86%，融券费率定为9.86%。
业内人士介绍，按照国际惯例，融资利率一般较同期贷款基准利率高3个百分点。
目前，央行六个月以内（含六个月）的短期贷款利率为4.86%，上浮三个百分点后7.86%的水平与国际惯例接轨。其余几家入围首批融资融券试点名单的券商也对上述标准表示认可。上海几大券商均表示尚未最终敲定，试点期间，融券费率有望在9%-10%之间。
国信证券公布的维持担保比例显示，该公司将预警线定为150%，警戒线定为140%，平仓线定为130%。可充抵保证金证券与标的证券及折算率方面，沪深两市的融资标的证券折算率在0.3至0.6之间。沪市六只可交易融券标的证券（招商银行、中国联通、中国神华、中国平安、工商银行、建设银行）折算率为0.6，深市四只可交易股票
融资利息：融资利息=融资金额×（融资利息/360）×实际使用天数（融资金额=融资买入成交价格*成交股数+交易费用）；
融券费用：融券费用=融券金额×（融券费率/360）×实际使用天数；
逾期利息：逾期利息=融资金额或融券金额×（逾期利息率/360）×实际逾期天数
