由于战争原因，对建国初的地方军政机构设置，中共中央不能不在一定程度上迁就于各大根据地和各大野战军，亦即各大山头客观存在的现实状况。正是在这一基础上，开始时实行了东北、华北、华东、中南、西北、西南六大行政区的管理体制。但基于党高于一切的原则，各大区实行的是党政军一体化的领导体制。
当然，对军事行动及其建政需要的这种迁就，不可能长期持续下去。事实上，熟读古书的毛泽东深知新国初立削藩之必要。而一些权倾一方的中共高级将领，也一样深谙新政初行需要中央集权的道理。故国内战争结束不久，一方面毛泽东巧施谋略，另一方面各将领知趣而退，很快就再现了一场现代版的“杯酒释兵权”。
彭德怀受命担任中国人民志愿军司令员，离开了西北地区;刘伯承则主动要求去筹建陆军大学(即后来的军事学院)，离开了西南地区。林彪将原四野主力交给彭德怀带去了朝鲜，自己以治病为理由去了苏联;聂荣臻被任命为代总参谋长，入住中南海，协助军委处理全军军事作战事务，无暇多顾华北军区的工作。于是，建国不过一年时间，六大军区司令员中，三位最具军事才能的将领均脱离了自己的军队和地盘。聂荣臻虽仍兼任华北军区司令员职务，其实也离开军区的具体工作了。另外两位，高岗不懂军事，只有陈毅有指挥能力，但毛与陈合作多年，了解甚深，再加上陈与华东局第一书记饶漱石长期不和，处处受到掣肘，也不存在闹独立性的可能。
将各大区主要军事将领调开，还不足以从根本上解决问题。1950年饶漱石抗拒毛泽东的提议，阻挠陈毅担任华东军政委员会主席一事，让毛泽东清楚地感觉到，长期在各大区担任书记的地方领导人，同样有可能发展到与中央分庭抗礼。同时，鉴于建国以来，中央机构设置，刘少奇掌管了组织人事和财经事务，周恩来统管了外事、统战和经济工作，党中央最高领导中枢“颐年堂(毛泽东办公地点)门可罗雀”的情况，让毛泽东于1952年开始，陆续通过各种办法，如改各大区人民政府及军政委员会为行政委员会，成立与政务院平行的中央人民政府计划委员会，把各大区书记，包括邓小平、饶漱石和高岗，以及在地方上有较大影响的叶剑英等，都先后调到北京来，让他们担任中央一级的领导工作。1954年，又进一步把大区仅剩的负责的军事将领陈毅、贺龙等，也都调到中央来了。
按时任高岗秘书的赵家梁所说，毛此举实为“一石三鸟”。第一，各路“诸侯”进京，群英聚集，加强了中央的领导力量。第二，计划委员会成立，在职能方面平分了中央政府的“半边天下”,改变了周总理掌管一切国家事务的局面，同时也分担了刘少奇主管的财经委员会的工作，“形成刘(党务)、高(经济)、周(外事与统战)三足鼎立的新格局”。第三，把各大区首领调到自己身边来，这是砍“山头”、削弱“诸侯”大权的重要一步，“不失为调虎离山，防患未然之举”。
赵之说法，不无道理。就砍“山头”一点而言，大行政区的制度容易造成中央与地方权利切割，便利于各大区之间在利益上相互依托，进而向中央闹独立性的问题，在1953年的“高饶事件”中充分暴露了出来。高岗和饶漱石当时刚到中央工作不久，就很快利用其所占两大“地方诸侯”的身份，在中央和地方四处串联。高岗以“没有人民的军队就没有人民的一切”为由，强调“夺取革命的胜利的，还是要依靠人民解放军”,联络各大区“诸侯”,试图扳倒身为“白区”斗争代表的中共中央第二号人物刘少奇。此举虽因多数领导人反对而未能成功，但由此也促使毛泽东和中共中央下决心迅速取消存在极大隐患的大区制。
1954年4月27日，“高饶事件”刚一定性，中共中央就通过政治局扩大会议决议撤销大区一级党政机关，各大区行政委员会随同各中央局、分局一并撤销。新中国从此走上了中央高度集权的时代。
当时南方和西北多数省市任用的多是军事干部，且是苏区干部，而华北、东北多用的是党政干部，且是白区干部，两部分干部不仅有苏区、白区之分，在文化程度上还相差甚多。这种分别不可避免地在中共干部当中造成某些隔阂与矛盾。这种隔阂与矛盾最突出地反映在了中央各部委一级干部的任用问题上面。这是因为，与过去农村苏维埃政权时期的情况非常不同的是，新的全国性的中央政府的建立，不仅要考虑到绝大多数部委带有很强的专业性质和文化水平的要求，而且还要考虑到当时因联合政府的关系，一些重要部委的负责人，包括政府各部委成员中有相当数量文化知识程度很高的专家学者和社会名流，中央部委负责干部的任用难免也要考虑到文化水平的问题。
何况中央主管干部难免会找自己熟悉和用起来顺手的干部来负责手下的部门，结果，在新成立的政务院部委，包括组织部和财经委员会等机构的负责人当中，除了李维汉、谢觉哉、滕代远、李富春、王诤等少数人因长期在中央工作，或文化程度相对较好，或过去就有相当的专业工作经历，故得以分任中央统战部、内政部、铁道部、重工业部、邮电部的部长、副部长外，其他多数部委的负责干部都选用了非军队系统的干部，且多用的是白区干部。这种情况不可避免地引起了相当一批军队干部和苏区干部的不满。
在这种情况下，作为白区正确路线代表的刘少奇，大力提携重用经他营救出狱并曾长期在他手下工作的一些干部，如彭真、薄一波、安子文、刘澜涛、廖鲁言、胡锡奎等人，自然就成了众矢之的。有“谭大炮”之称的谭震林就曾直截了当地向毛泽东表示过对这种情况的强烈不满。林彪也在背后有所谓“现在白区党控制着中央的权力，很危险”的说法。不难了解，“高饶事件”的发生，正是这样一种背景下促成的。
毛泽东作为苏区正确路线的代表，自然也不能不受到此种情绪的影响。他在高岗到京后的言谈话语间所透露出来的对刘少奇的不满，在相当程度上就反映出他这时也并非不受影响。但作为党的最高领导人，他不能不公开表现出中立的态度。在接见各大区负责人时，他一方面告诉大家：“谭震林对我说，中央有两个司令部，白区党的人掌握着党权(组织、人事部门)、政权(政法部门)和财权(财经部门);另一个是以我为首的司令部，大权旁落，这很危险，应该把权夺回来。”一方面解释说：“这种说法是错误的，我已经批评了谭震林，不能说什么‘白区党’、‘苏区党’。只有一个中国共产党，一个司令部，就是党中央。”而事实上，从他这时采取各种措施分散政府部门的权力，强化党中央的核心领导地位，接连发布《关于加强人民政府系统各部门向中央请示报告制度及加强对政府工作领导的决定》等文件，规定政府各部门党组直接受中共中央领导，以及通过财经会议及组织会议批评薄一波及安子文等等的做法，都可以清楚地看出他并非对此毫无戒心与防范。当然，他这时尚不认为事情已经到了谭震林、林彪等人所说的那种地步。
战争条件下被无限放大的敌情意识，建国初期在各地反映出来的针对地下党及本地干部缺乏信任的态度，严格说来应当是解放军大举渡江南下之后才突显出来的。
据身为南京地下党干部的穆广仁回忆，1949年5月，南京刚刚占领不久，新成立的南京市委就得到了关于南京地下党组织严重不纯的情报。据此，南京市委上报中共华东局，一方面提出应马上进行组织整顿，一方面请示对这些在解放南京过程中起过重要作用，同时政治背景又极为复杂的南京地下党干部应如何安排适当工作。中共华东局不能自作主张，故经曾作过中央社会部部长的第二副书记康生上报中共中央。中共中央随即下达指示，除同意马上进行整党以外，并提出具体办法为：“降级安排，控制使用，就地消化，逐步淘汰。”
由于南下干部对地下党人员不习惯、不信任，南京地下党人员亦发生对南下干部“不满不受领导等等”情况。针对这种情况，二野政委邓小平于9月17日在南京市党的支部书记和排以上党员大会上专门做了题为《忠诚与老实》的报告，一方面动员整党，一方面对地下党人员加强教育和引导。
各新区整党开始后，大批地下党组织被解散，党员被停止党籍。南京100多名地下党员受到“停止党籍”的处分。地下党出身的团市委的书记、副书记均被撤换、调离。
广东随后所以会发生“反地方主义”的斗争，说起来也是由广东党组织“严重不纯”这一理由所引发的。外来干部和本地干部在出身、学历等方面的差距以及语言习俗的隔阂，明显地使身为解放者的外来干部和大军干部对广东主要依靠本地干部的做法十分不满。土改运动中出现的一些现象进一步印证了外来干部对本地干部队伍素质的看法。这种问题不可避免地直接触动了中南局，特别是中共中央的政治神经。结果，广东的问题就被认定为：“广东党内有相当一大批坏分子(其中包括贪污腐化分子、阶级异己分子、恶霸分子和与敌人始终保持联系的内奸分子)占据着重要工作岗位。因此，广东党的现状，不仅是基层组织有问题，而且地专一级、县一级、区一级均有问题，尤以县、区两级问题最为严重。”就连“广东现有的几万个土改队员，(也)大半为县委、区委经封建关系拉入的，其中亦有大批坏分子”。
结果，中共各大区对几乎所有新占领区中的地下党及其相关武装力量，如广东党组织、云南地下党、湖南地下党、福建地下党、南昌地下党、滇桂黔边纵队、海南岛琼崖纵队以及地下隐蔽人员等等，不论就个人事实上有无问题，几乎都被认定为组织“严重不纯”,有的不被承认。一些发生问题或被怀疑有问题的地下党组织的骨干，干脆被打为“匪特分子”或“恶霸地主”集团，惨遭判刑或枪毙。建国初中共党内第一大特嫌案，即上海市委第三书记潘汉年、公安局局长扬帆为首的“反革命案件”的发生，亦是在此种情况下造成的一起重大冤案。
