恐怖主义不同于一般性质的刑事犯罪，与纳粹暴行和种族主义暴行一样，它是有思想根源的。相对于直接的反恐怖国际联合行动，针对恐怖主义思想基础的跨文化抵制也许更为重要。
对异己的不宽容
当前的国际恐怖主义与所谓原教旨主义(fundamentalism)的联系是显而易见的。像塔利班那样的恐怖组织，它对外的恐怖行为与对内的恐怖统治完全是一致的。从它凶残暴戾的神权政治、压迫妇女、宗教裁判、屠杀异己，直到巴米扬毁佛对阿富汗自身古老文化遗产的疯狂破坏，都体现着这种恐怖的内外一致性。完全可以说，受其害最深的并不是美国人，而是阿富汗人，而施害的也不仅是奥马尔这样的阿富汗统治者，更有本·拉丹这样外来的“国际原教旨主义者”。
从历史上看，原教旨主义并不仅仅存在于伊斯兰世界，至少fundamentalism这一概念和名词，就首先是来自基督教世界的。19世纪末至20世纪初，美国新教界一批自命为保守派的人士出来反对“现代主义”、“自由主义神学”，并强烈斥责当时在现代科学思想影响下大有发展的实证性圣经考据学。1895年这些人在美国尼亚加拉城召开神学研讨会，提出五项神圣不可侵犯的信条：圣经全文神圣，字句永无谬误；耶稣是童贞女圣母所生；耶稣为人类代死赎罪；基督复活并将以肉身再度降临；基督为神，能行神迹。1909年起，这些保守派神学家连续出版了12本小册子宣扬上述信条，统称为《基本教义》(The Fundamentals，又译《原教旨》)，于是便有了“原教旨主义”(宗教界以前曾译为“基要主义”、“基本教义主义”)这个名词。
从字面上看，“原教旨”似乎只是对教义的一种保守的(“原初的”或“基本的”)信仰。然而与一般所谓保守主义不同的是：原教旨主义者认为必须强制禁止别的信仰，用暴力推行自己的“教旨”。“原教旨主义”真正与众不同并且始终不渝之处，不在于它有什么独特的“教旨”，而就在于它对异己的不宽容。尽管由于美国的原教旨主义从来没有掌权，也没有成为宗教思想的主流，在美国的民主制度与宗教宽容传统制约下，它的不宽容没有造成严重的实际后果，但仍然导致了若干宗教强制事件。著名的如1925年的斯科普斯案：田纳西州戴顿城中学教师斯科普斯在课堂上讲授达尔文进化论，竟被该州原教旨主义者以违反《圣经》中“上帝造人”教旨的罪名告上法庭，并以强大的宣传压力迫使法庭判处斯科普斯违犯该州法律而有罪。
当然，在信仰自由的美国，斯科普斯案这样的原教旨主义恶行毕竟不得人心，“原教旨主义”一词因而也成了贬义词。以至于20世纪50年代后，仍然坚持尼亚加拉诸信条的那些人也不愿被称为原教旨主义者，而坚持自称为福音派(Evangelicals)。今天这一教派依然存在，他们的“教旨”也并没有改变。他们依然尊崇The Fundamentals诸信条，依然在其内部自愿遵守禁烟酒、禁歌舞、不看电影电视和戏剧等戒律。但他们不再能够、或者不再愿意强制别人，因而这个教派作为严于自律的志愿信仰者群体倒是得到了人们更多的尊敬，也不再被视为原教旨主义者了。如今据说福音派已成为美国新教最大的教派之一，信众占全部新教徒的1/3，远比“自由主义教会”的信众多。
可见，原教旨主义不是宗教，不是一种“保守”的或者“激进”的“教旨”，它就是一种崇尚暴力的思想，它鼓吹一些人可以以“信仰”为理由不择手段地强制另一些人，直至鼓吹为了“信仰”而杀人放火、爆炸投毒，实行不受任何道义约束的“超限”恐怖。
无疑，暴力与恐怖行为并非只有原教旨主义者才干得出来，但是一般人要杀人放火，尤其是不分青红皂白地屠杀无辜者，除了面临法律的压力外，首先难以逾越的就是道德与良心的谴责。而原教旨主义却以所谓“信仰”的理由摧毁了良知的堤防，要人相信为“信仰”而杀人不是作恶而是行善；同时又用原教旨主义组织内部对其成员的严酷“纪律”强制来抵消法律的威胁。贼船好上不好下，遂使上了贼船的人不能不铤而走险。无怪乎他们什么“超限”的恶行都干得出来了。
文化的反省之责
原教旨主义不仅不是宗教，而且它本身违背任何宗教精神，最终也损害任何真正的信仰。任何奉行强制原则的“信仰”都会面临如下悖论：如果信仰能够成为强制的理由，则被强制者不仅无从判断强制者的“信仰”是合理的还是荒唐的，是可实现的还是“空想”的，甚至也将无从判断强制者是否真有信仰，从而为全无信仰只为一己之私滥行强制者去迫害虔诚信仰者创造了最佳条件。我们在中世纪的神权专制下看到了虔诚者莫尔们的蒙难与厚黑学家托尔克维马达们的得势，而在今天的阿富汗，塔利班头头奥马尔的奢华宫殿与他强制人民过的苦行生活也形成了鲜明对比。
今天阿富汗的原教旨主义灾难之深重当然是上个世纪初美国的斯科普斯案那样偶发的原教旨主义恶行所无法相比的。但应当看到，这是民主与极权的制度之差异，而不是基督教比伊斯兰教更能避免原教旨主义祸害。在没有民主的基督教世界，如中世纪的欧洲，托尔克维马达式的宗教极权主义灾难并不下于今天的阿富汗——那时虽然还没有原教旨主义这个名词，但中世纪的异端审判与神权专制实质上不就是原教旨主义灾难吗？反过来说，现代发达的基督教国家虽然远不能说根除了原教旨主义——当年的斯科普斯案与这次“9·11”之后美国少数人的反穆斯林情绪都提示了这一点——但毕竟中世纪式的基督教原教旨主义狂潮已无踪影，而基督教文化并不因此衰落，反而达到了空前繁荣，甚至自愿信仰“原教旨”(但不强制别人)的人也比以前更多。基督教文化能够做到的，其它文化当然也可以做到。
不仅伊斯兰教与基督教，作为一种人类之恶的原教旨主义在其它宗教和文化中也存在。在以色列，几年前暗杀拉宾的恐怖事件就是犹太教原教旨主义的罪行。在南亚，连续暗杀了非暴力主义者圣雄甘地和英迪拉·甘地、拉吉夫·甘地母子两代总理的印度教、锡克教极端分子和斯里兰卡血腥的泰米尔伊拉姆猛虎组织也是为“信仰”而杀人的原教旨主义者。不仅宗教文化中有，甚至无神论中也有原教旨主义灾难的问题。我国“文革”时期也是个盛行为“信仰”而施暴，对“异端”实行“专政”，动辄“砸烂狗头”的时代，那时的流行语，诸如“谁要敢说×不对，马上叫他见阎王”等等无疑是典型的原教旨主义话语，而类似今天阿富汗发生的炸毁大佛这样毁灭文化的恶行，在中国那时的“破四旧”狂潮中不知发生过多少！
总之，在反对原教旨主义问题上，任何文化不能只谴责别人，包括基督教文化与无神论文化在内，都有自我反思的责任。
当今世界要减少恐怖主义之害，就必须消除原教旨主义。这不是哪个宗教哪种文化的事，更不是冲着某个宗教某种文化来的，而是人类各宗教的共同使命和跨文化的全球性任务。有人可能会说：在文化多元化的潮流中应当允许原教旨主义作为一元而存在。但实际上正如上文所说，文化多元化意味着信仰多元化即信仰自由，而各种信仰能够和睦共处的前提则是信仰自由、宗教宽容的原则能够战胜神权专制、异端审判，实际上也就是战胜原教旨主义。“原教旨”本身作为一种自愿信仰不可能也不应该被消灭，但文明社会应当清除任何以“原教旨”强加于人的“主义”。原教旨主义不是宗教，只是以宗教为借口的暴力；原教旨主义也不是“文化”，而恰恰是像毁灭巴米扬大佛那样毁灭文化的一种野蛮行为。文化多元化就是要消除这种野蛮，就像经济多元化应当消除抢劫一样。
“9·11”之后，人们已经认识到国际社会联合反对恐怖主义的必要性。而正如基地组织这样的恐怖主义国际联合是以原教旨主义为思想基础的一样，各主权国家联合反恐也是以对某种跨文化的人道原则的认同为基础的。这就是各宗教各文化联合反对任何形式的(以任何“信仰”为包装的)原教旨主义。当然，作为暴力思想的原教旨主义与作为暴力行为的恐怖主义虽有联系但并不是一回事，恐怖思想如果没有落实为恐怖行动，像在阿富汗那样的国际反恐行动就没有发动的理由，否则就有借反恐之名行国际强权之嫌。但对任何形式的原教旨主义至少应当在道义上进行跨文化的联合谴责，就像国际社会应该谴责任何形式的新纳粹主义和种族主义一样。
