从村民自治研究开始，到讨论乡村治理，再到提出乡村治理社会基础研究，我们的研究走过三个阶段。要研究乡村治理的社会基础，就需要有两个着手处，一是对自上而下政策在农村实践机制的研究，这就是我们所说农村政策基础研究，二是对中国不同农村区域差异的研究，只有对不同农村的区域差异有了理解，我们能够说清楚不同地区农村的内在差异，能够理解中国农村非均衡的状况，我们才能够说清楚为什么同样的农村政策会在不同地区有着相当不同的实践后果。这样，我们的农村研究中引入了区域比较的视角。
在讨论乡村治理社会基础时，我们引入的最为重要的概念是“村庄社会关联”。所谓村庄社会关联，是指在村庄内村民与村民之间的联系及其一致行动力。不同地区的农民，农民相互联结的方式有差异，应对生产生活中公共事务的一致行动能力也就十分不同，因此，不同农村地区接应自上而下政策、法律和制度的方式与能力也各不相同，且村庄内生秩序的能力也不相同。我们按照经济社会分层和村庄社区记忆的二个准度，区分出四种不同的村庄类型，并讨论了四种类型村庄地区差异颇大的乡村治理逻辑。
提出村庄社会关联的概念，并由此来讨论乡村治理中自下而上的逻辑，有助于破除制度万能的迷信，有助于进入到对乡村治理机制的讨论。但存在两个问题，一是所建构的理想型有较多想象成分，与中国的历史及现实有颇大的差距，二是虽可以有效说明研究乡村治理社会基础的必要，却不足以正面展开对乡村治理社会基础的论说。或者说，虽然我们可以从否定的方式来证明对乡村社会性质本身研究的重要性，却难以找到进行乡村社会性质研究的着手处。
我们引入的第二个研究乡村治理社会基础的重要概念是“农民认同与行动单位”，所谓农民认同与行动单位，就是村庄社区内，农民超出家庭的“我们”认同单位及由此而来的行动能力。“我们”是自己人，因此，我们就有不同于外人的自己人行动逻辑和行为准则，就有不同于外人的行为要求，利益计算方式。“我们”的标准不只是个人感受，而是一个相当广泛地区的共识，是一个超出个人的文化无意识，是一种惯习，是一种地方性共识。因为农民认同与行动单位超出个人，而使我们可以借对个案村庄的调研来理解个案村庄所在广泛区域的地方性共识，并因此判明区域内的带有一般性的村治模式的特征。在农民认同与行动单位的概念之下，我们陆续发现了诸如“户族”、“小亲族”、“联合家庭”、“宗族”等血缘性的认同与行动单位，及如“村民组”、“庄”、“堡”、“村落”、“行政村”等地缘性的认同与行动单位，提出了中国农村农民双层认同与行动逻辑的特征。最终，我们从农民认同与行动单位的视角，对中国乡村治理的区域差异进行了更为深入和更有现实感的讨论。
有现实感的关于中国乡村治理区域差异的讨论，当然不能变成概念游戏和逻辑游戏，而需要到中国不同地区农村作深入的调查。在区域比较视野下，自下而上理解乡村治理的机制与结果的调查，其调查报告被我们称为“村治模式”。村治模式的核心是要写出调查个案村及所在区域乡村治理的特征及其特殊的内在机制。
农民认同与行动单位的关键是农民的认同，是农民的“我们感”。比如兄弟分家后，在很多地方虽然法律上兄弟已经分成两家，但感情上未分开，且经济上也未完全分开，比如长兄如父，长嫂如母，兄嫂有为弟弟娶回媳妇的责任，甚至叔伯有为侄子娶回媳妇的责任。不过，在当前中国农村，因为市场经济、现代传媒的有力渗透，因为农民的流动，村庄早已不再是封闭的，且村庄可能仍然是熟人社会，大家相互熟悉着、认识着，村庄却可能不再是乡土逻辑的了。乡村社会中的“我们感”也因此在快速地发生变化，（尽管如此，因为不同地区经济、社会和文化差异颇大，而使这种变化的速度乃至方向都可能有所不同，因此，关于农民认同与行动单位的研究仍然重要）。静态地研究农民认同与行动单位就显得不够，我们还需要引入动态的视角。
但是，当前农村发生变化最快的也是最根本的方面，还不在于认同与行动单位中的“我们感”，而是农民的价值观，是他们生活中的意义系统。近年到不同地区农村调查，均发现了诸如地下基督教快速传播（爆炸性地传播），丧事上表演欢快歌舞，子女虐待父母到了道德沦丧地步的现象，因其普遍，虽然不同地区也有差异，仅仅用区域差异来说明却是远远不够的。甚至农民都已经感受到了这个变化，他们说最近10年农村社会发生了根本性的变化。这个变化的根本在哪里？在于市场经济的逻辑，在于现代性的进入，在于彻底的理性化，在于传统价值被理性化的逻辑所解构，从而使人们的历史感丧失，使一直构成人们安身立命基础的家庭的传统功能（尤其是其传宗接代功能）。最终，农民行动的传统意义系统解体了。这是一个根本变化，这是中国历史上千年未有之大变局。正是因为行动意义系统的这种巨变，使得农村出现了光怪陆离让人难以理解的各种乱象，也就是出现了申端锋所说中国农村的伦理性危机。
行动意义系统的变化，首先在家庭关系及结构上表现出来。传统社会中，农民是生活在祖荫之下的，人生的根本目的是光宗耀祖和延续香火，有限的生命通过无限的子孙繁衍来获得永恒的意义。当前的农村，计划生育的标语是“要想富，少生孩子多养猪”，人们的目标仅仅变成了致富，变成了当下的好生活，变成了一时一地的相互攀比，而生活的根本意义没有了，安身立命的基础没有了。一旦没有了安身立命的基础，人生就显得荒谬，行为就没有原则和底线，伦理性的危机就自然出现。
我们将当前农村中农民行动意义系统分成两个层面，一个层面是构成人生安身立命基础的本体性价值，另一个层面是构成人们外显行为特征的社会性价值。本体性价值作为最根本也最深沉的价值，一般只停留在人们行为的最深处，很少会被人提及，但一旦出现本体性价值危机，人们就会被彻底地调动起来。本体性价值是当人们停下来思考关于死亡、关于有限生命、关于人生意义时才会想到也就会想到的价值。本体性价值存在在那里，人们就能忍受苦难，相信未来。一旦本体性价值发生危机，则人们就会调动所有能量去应对之。
当前中国农村，因为现代性因素的持续冲击，农民传统的本体性价值被动摇，又找不到可以填补的价值。因此，建筑在稳定的本体性价值基础上的社会性价值就变得怪异起来，社会性价值的竞争变得没有底线和原则，人们难以对未来再抱期待，源自内心深处的道德感变得不可靠，人们也难以再忍受现实中的苦难，人们的行为严重地依靠个人短期利益的算计，依赖个人欲望的短期满足。等等。
我们试图通过将农民行动的意义系统划分为本体性价值和社会性价值两个层面，来理解当前中国农村正在发生的前所未有的“伦理性危机”。当前中国农村家庭结构的变动、代际关系的变动，其中一个重要方面就是源自主体性价值的变动，而非一般人们从经济和社会方面所作理解。本体性价值的被动摇及变动，就使得中国农村中农民传统的基于血缘的“我们感”的基础发生了极大的变动。如果我们不能理解农民本体性价值的变化，我们就既不能理解农民一般性行动逻辑的变化，又不能理解农村中人与人之间联结方式及力度的变化。
如果人们都是考虑短期的个人经济利益最大化的理性人（理性的动物），则中国农村农民的行动逻辑，就不应存在区域性的差异，且这个时候，我们很难有办法来应对这类农村治理。
当然，即使如此，如前已述，因为中国农村区域差异巨大，不同地区农村应对现代性的方式有所差异，理性化对农民价值改造的深度与方式也略有差异，不同地区农村因此表现出有所差异行动意义系统的变化。且不同地区传统上农民行动意义的程度与方式就有所差异。因此，区域差异研究具有意义。
区域差异的另外一个重要意义是提供了我们进入农村经验现场的理由和路径。中国农村区域差异巨大，农村社会变化速度很快，而我们对农村的经验研究积累不多，厚重的农村经验很少，更少能在有共同的丰富农村经验基础上进行有语境的从而有效率和针对性的学术讨论。只有有了厚重的中国农村经验，我们才有能力把握住这个时代，才能够在真问题上展开富有意义的学术讨论，而不是玩概念游戏，才能建立中国社会科学的主体性，也才能真正理解中国农村并为中国农村政策研究提供理论基础，社会科学才为中国的现代化事业服务。
正是在不断地回到中国农村的田野中，我们推进了自己对中国农村的研究，我们一步一步从村民自治，到乡村治理，到乡村治理的社会基础，到农村政策基础研究和区域比较，再到农民家庭和价值观研究地走过来。这个过程中，我们是经验主义者，依靠田野经验的发现往前走，我们不停顿，因为经验不停顿。只有将理论联系到了经验，理论才有灵感的源泉和永久的生命。理论是灰色的，而生活之树常青。
