去年以来，大部制改革闹得沸沸扬扬，而且，通过08年的机构改革，也确实合并了一些部委，虽然离老百姓的期待还甚远，但毕竟迈出了一小步。但是，机构改革、机构合并并不是大部制的实质，真正是职能部门发挥职能作用，使责任和权力相结合，才是大部制度的方向。但是，要实现这一点，困难非常之大。那么，实行大部制度的最大障碍是什么呢？
笔者认为，大部制的最大障碍在于权力运转流程的条条化和职能部门实现行政职能的相互依赖性。所谓条条化，也就是职能部门只能对自身的业务范围有发言权，而对实现业务目标所需要的人、财、物等支撑条件毫无发言权，因此，要实现其职权范围所确定的目标，必须经过上一层次的领导与相关职能部门进行协调，从而使职能部门实现其职能成为一句空话，最终导致，只有市长（副市长）才是市政府、只有总理、副总理、秘书长才是中央人民政府，而其他政府组成部门只能承担开展具体业务的的尴尬局面。这不仅强化了集权执政模式，也在综合业务越来越多的今天，使各级政府负责人权利面临被架空的危险。举个例子说，一项涉及多个部门的业务，在政府决心要开展的时候，就只能通过政府副职牵头的方式才能有效推动。而其牵头则意味着多个政府部门参与，并给出最终态度，那么，这项业务最终提交政府的时候，多个部门已经进行了实质性表态，政府主要负责人在一般情况下，也无法推翻政府副职牵头确定的事务，使政府主要负责人的权利被实质上架空。
所谓政府职能部门的相互依赖性，就是说，政府职能部门根本不具备实现自己工作目标的保障条件，必须相互依赖，而这样的相互依赖往往是在其他职能部门的自由裁量权范围内，因此，要想获得工作保障条件，必须通过多次协调、联系、妥协，甚至要通过搞关系、托人情。举例说，一个部门要搞一个项目，必须通过发展改革委、财政部，想要人，必须通过人事部、中央编制委员会。等等。当然，虽然财政、发改委等是强势部门，也不意味着它在做事的时候就不依赖其他职能部门，只是因为其交易筹码多，因此，造成了它显得似乎不依赖其他部门而已。这又造成了高度的分权，使职能部门在无上一层级领导参与同级协调的情况下，要开展新的工作或者不合乎常规的工作的时候，都面临着极高的协调成本。
这种高度集权与高度分权相结合的体制虽然可以在一定程度上避免腐败，树立中央权威，实现政府的集中统一，但是，却使政府职能部门的职能极大的削弱，也使副职人数和秘书长的人数不可避免地膨胀起来，特别是在改革时代，传统工作、日常工作所占比例较少，开创性工作日增的情况下，更是如此。从政府权利运转的法制角度分析，其核心原因在于，政府部门尽管由人民代表大会常务委员选举产生，应该对人大负责，但却无提出议案的权利，从而使政府职能在很大程度上通过自由裁量权的方式实现，简单讲，可做也可以不做，其职能无法法治化。而政府正职虽然可以代表政府提出议案，但由于其精力有限，在现有体制下又无法律承认的幕僚，只能把业务转交副职和秘书长进行协调。而事实上，只要改变权力运转的流程，使职能部门的职能尽可能法制化，就可以较好地解决这个问题。
具体设计包括以下几点：
第一，调整、整合党委常委会与人大常委会，把常委会建成以党委常委为核心的民意代表机构，把现有的、一般以书记、副书记、省长（市长、县长）、组织部长、宣传部长、统战部长、政法委书记、纪检书记、工会主席、常务副省长等构成的党委常委领导与人大常委会领导进行调整、整合和扩大，在把政府领导排除在外的前提下，并增加常委会各专门机构负责人以及其他人大常委，使之成为真正的领导核心和真正的议事机构。
第二，赋予政府组成部门提交议案权，议案在部门确定后，由协助省、市长工作的副省、市、县长提出意见，经省、市政府常务会讨论后，由市长签署后提交人大常委会。省、市长签署的意见为同意提交或者不同意提交，省市政府常务会议对于部门拟提交的议案不作实质决策，只确定是否提交人大常委会讨论。议案需要注明审议议案需要参与的政府组成部门。同时，也要明确议案的范围，议案要限于重大的、需要跨部门协调的非日常事务。
第三，人大常委会讨论并确定议案的成立与否。人大常委会无权确定是否封驳该议案，必须将议案提交会议讨论。并通知议案确定的参与政府部门提出意见和建议。在进行听证和辩论后，采取无记名票决制，对议案进行批准、修改或者驳回。批准的议案是法律或者法规，相关政府部门必须执行。议决案并对社会公布，抄政府负责人和政治协商会议，供其监督执行。相关部门不能执行的，人大常委会可以根据主任会议的提议直接/而不是根据市长的提案/免去该部门负责人职务。
这种改革一方面可以使人大成为真正的权力机构，而政府部门成为真正的执行机构。另一方面，由于部门虽然可以提意见，但无票决权，使政府之间的协调重新回归公共事务性质，协调成本必然会有效降低。当然，配套的改革措施还包括，把政府首长非法定的秘书、秘书长改为幕僚，取消其协调职能，改为决策建议机构。要把人大两月一开的会改为周例会或者半月例会制度，人大常委职业化、日常化。其实质改变是，政府常务会议负责政府日常工作运作，而人大常委会负责政府开创性工作、重大工作的审批、决策工作。党的领导则融合在这两个日常运作之中。这一改革如果能够实现，还可以显著降低省市县的整体领导职数。
世界各国的政府运作表明，政府工作只有走法制化的道路，才能真正降低行政成本。也只有这样，才能真正解决副职多、秘书长多的问题。
