无论计划还是市场，当这些本源于西方的外来制度面对发展中国家传统的经济基础时（如中国这种高度分散而且剩余太少的传统小农经济），都有交易费用过高导致的制度成本问题；因此，才需要有中国自主的制度创新。
由此引申出的另一个相关假设则是：无论集权或是民主，当这些政治制度面对发展中国家的传统社会基础时（如中国这种高度分散的小农村社制的社会），也都会由于交易费用过高而难以形成“有效治理（Good Governance）”的制度成本问题；因此才需要重建以社区自治为主的草根管理体制。
也许，正是这两个具有丰富内涵的与“三农”有关的最基本的经济基础与上层建筑的矛盾问题没有被讨论，也没有来得及形成解决办法，难以与全球化接轨的中国的三农问题才在一个较长的时期里面临“市场失灵”的困境。直到2004年中央政府开始了“三农新政”——免除农业税、增加对农村的转移支付，并出台了农村土地承包法和农村专业合作社法之后，这种最基本的矛盾才相对逐渐缓解。
当前第一个值得讨论的认识误区还是土地私有化。
1980年代我们搞土地制度研究的时候，那时，包括我自己在内的很多人都认同这种逻辑：只要土地私有化就能流转，就能成规模地集中土地；而只要实现规模经营，农业就能够参与国际竞争。
好在，我比别人更有条件多下农村。于是，带着这个逻辑我们去农村基层开展试验，经过10年试验之后，我这个认真搞基层操作的试验员才终于明白，这个道理看上去逻辑完整，实际上似是而非。可惜，今天的人们，尤其那些坐在书斋里的人们，无论是土是洋，大都还在继续唱着我们“昨天的歌谣”。
中国水土资源都严重缺乏，有600多个县人均耕地面积低于0.8亩，有三分之一的省人均耕地少于一亩。这些地方的农村土地已经基本上转化为农民的社会保障，世界上有哪个国家把社会保障私有化？那些人均耕地面积多于一亩的地方多在北方，然而北方缺水严重，旱魔肆虐，经常是数以千万亩的土地受旱，因此，尽管那些地方土地资源相对宽松，但水资源缺乏导致产出率低，耕地的社会保障功能仍然是第一位的，也没有条件以所谓的耕地私有化来形成规模经济。因此，中国农业事实上不可能依靠提高土地的规模来参与国际竞争。这些所谓照搬现代经济学理论来考量中国农业问题的思路，在目前我们这样的资源环境中都要碰壁。
其实，在我国现行的社区所有制的土地制度条件下，很多地方都有通过“反租倒包”、“承租返包”等租赁形式形成的土地规模经营；也有通过“土地股份合作制”搞的市场化土地流转。
但令人遗憾的却是那些学者们，他们对这些农村基层干部群众的伟大创造似乎兴趣不大，有的甚至批评为“非驴非马”；我实在想不明白的是，为什么非要农民按照洋人书本上的理论做他们才满意呢？
近年来尤其值得重视的趋势性问题是，在农业收益过低和农民负担过重的压力下，农村土地出现大面积弃耕，上亿农民流入城市，客观上造成企业以各种方式征占农民土地的历史机会。有些教授对此作简单判断，全面肯定土地大规模兼并集中的市场化意义，并且以此证明农地私有化的现实性。尽管在鼓励工商业资本介入农业这种“产业化”的政策导向下，这在某些地方可能是难以遏止的趋势；但从历史教训的对比看，我们之所以至今还没有出现循环往复的以土地为中心的农民革命，也主要在于中央反复强调并且落实了基本制度30年不变的政治承诺。据此，亿万农民仍然相信中央政府。否则，人们无论如何作不出乐观的前景分析。
第二个认识上的误区是把美国的现代化农场与我国做简单类比。
在很多学术场合，那些去过美国的官员和学者都喜欢举美国农业的经验来教育我们这些埋头在基层搞调研的人。可这种证明美国多么先进、中国多么落后的比较，真的就那么有比较意义吗？
只要愿意了解不同国家经济发展历程的人们，其实都可以先作个比较：从1500到2006年的500年里，中国人口增加约10倍；而英裔人口从区区400万增至2.15亿，增加53.5倍(含括美洲、大洋洲的移民)。表明西方靠殖民化向外转移制度成本来解决内部问题——移民到美国的英裔3000万，加上第一代欧洲白种人合计4800万。
当代的那6个大农场国家（美洲5个：加美墨巴阿，澳洲1个）几乎全部是在殖民化进程之中大规模杀戮当地土著来开疆拓土的产物。而老欧洲的小农场国家和日韩这些小农经济国家，则至今虽然市场化了几百年，却都没有实现美国式教科书才有的“农业规模经营”。
中国在工业化进程中没有可能像西方那样大规模对外殖民，基本上依靠内部积累推进工业化，特别是工业化加速的最近50年，更不可能像过去的欧洲国家那样，一旦人口膨胀了，在美洲、澳洲有大片的殖民地可以移民拓殖。由此，我们的农村人口和劳动力一直在增长，人均和劳均占有土地也就必然下降。现在，美国农业劳动力人均土地面积是我国的200多倍。人们应该知道，农业的收益主要来自于地租，美国农场土地面积广大，地租绝对量大。大农场的规模农业当然绝对收益高，这种条件，与中国的小农经济根本就没法比。因为我们这种以农民生存保障功能为主的土地，在大多数传统农区已经连绝对地租都产生不了，劳动力和资金的投入产出比因此就是负值。
综上所述，我提出“市场失灵”的问题，是希望人们能够反思以前约定俗成的看法。本来，社会关注三农是一件好事。但由于人们缺乏对国情的了解，多年不做农户调查，往往习惯于意识形态化地在两个极端上争论，可能会犯一些常识错误。中国的国情决定我们不可能完全照搬西方的制度，如果没有大量的实地调查资料的积累和政策经验的积累，把各种理论概念套到三农问题的解释上，的确有可能帮倒忙。其实我们现在遇到的复杂局面，在一定意义上也与长期照搬照套的做法有关。所有从国外引进的学问，在今天复杂的三农问题面前的确都需要重新思考。书斋里的学者尤应“慎言”三农。
还有，近年来，人们不仅习惯于“唯书、唯上”的气氛，而且对“改革是个筐，什么都能装”的现象也已经司空见惯，政策研究人员似乎有意回避如何深化农村改革的问题，尤其避讳如何深化涉农垄断部门的改革；也鲜见有结合基层实践阐述“组织创新、制度创新”的讨论。正是在这种条件下，我才一再恳请人们理解：我们农村形成的现在这种基本制度，的确是经过长期实践检验的、总体上符合中国国情的制度。倘若没条件在农业外部的宏观环境上作重大政策调整，就应该继续坚持农村基本经济制度，不要轻易改变.
