我国的国家创新能力居发展中国家前列，但与发达国家差距较大。从形式上来看，我国的创新体系框架与大部分国家基本相同。与创新型国家相比，我国创新体系的主要差别表现在运行机制、管理体制和市场环境等方面。
重大科研基础设施缘何重复购置、闲置和短缺并存？
（一）各方面科技力量自成体系、分散重复，整体运行效率不高，社会公益领域科技创新能力尤其薄弱。
一是大学、科研院所与企业的合作不够，各自为战，创新链条上的各个环节不够衔接。二是科技资源不能共享，如重大科研基础设施重复购置、闲置和短缺并存。三是研究项目简单重复，浪费有限资源。
（二）科技资源宏观管理条块分割，资源配置方式、评价制度等不能适应创新发展新形势。
一是宏观管理条块分割严重。导致科技资源分散使用，机构重复设置和项目重复申请，资金的利用效率不够高；国家挂牌的各类研究机构种类繁多，例如，国家重点实验室、国家工程研究中心、国家工程技术研究中心、重点企业技术研究中心、高技术产业化基地、国家技术转移中心等，性质相近。
二是政府科技经费分配和管理按创新链条纵向分段管理，存在科技与经济脱节、研究开发与成果产业化脱节、自主研发与引进技术消化吸收脱节、引进技术与消化吸收脱节的现象。
三是政府综合部门直接审批和管理项目。项目管理重近期成果、轻长远目标，重立项、轻过程管理。项目立项后到项目验收之前，较少有监督检查；即使有检查，也往往流于形式。科技计划项目的评审和考察主要看发表论文、专利申请，或者短期的经济效益。有些项目申请单位往往是有了一定成果，才去申请项目。由于科技计划涉及的领域较多，技术进步较快，项目选择和审批的技术性强，加上政府综合管理部门人力有限，很难准确掌握技术和市场的发展趋势。特别是，一些工业管理部门撤销后，大部分行业的技术和产业发展趋势无人管，科技经费配置靠企业自己申请，缺少事先的战略规划。
四是我国的科技计划项目的筛选、立项和验收主要采取专家评审和决策制。一方面，由于没有责权利统一的机制，专家并不对评议结果负责。如，目前有些经过专家评审和鉴定的项目仍有假冒和学术腐败问题。另一方面，专家审查往往偏向于技术因素，缺乏市场信息和判断能力，因此，科技项目立项标准偏重于技术先进性，而市场因素考虑不多或考虑不准。这也是我国科技项目成果实施率低的原因之一。
政府采购政策为什么没能充分体现鼓励自主创新的原则？
（一）创新技术和产品的市场出口不畅。
现行政策大都是支持技术供应方，重点鼓励增加科技投入，对创新技术和产品的市场培育明显不足。企业和政府都不愿为创新承担风险，宁愿花高价购买外国技术和产品，甚至宁愿使用国外不成熟的技术，也不愿意使用国内企业开发的技术和产品，国内创新产品和技术缺乏市场出口。例如，进口高技术设备可以减免增值税，购买进口设备可用外国政府的优惠买方信贷，而买国内设备没有这些政策。在一定程度上，国产装备不能与进口装备公平竞争。政府采购政策没有充分体现鼓励自主创新的原则。
（二）培养和激励创新人才、鼓励创新创业的机制不完善，缺乏创新文化环境。
首先，缺乏有效的发现、使用和激励人才的机制，没有充分调动人的创新积极性。例如，职务发明人的激励政策不到位；企业家的激励和约束制度不健全。
其次，许多现行制度不允许失败，尚未建立保障创新文化的体制和机制。失败了缺少退路，如，社会保障制度不健全，科研人员创业失败以后没有保障；科技项目评价机制只许成功不许失败；高等学校考试大部分学校只录取第一志愿生；等等。
再次，教育体系和人才结构不能满足建设创新型国家的需要。中小学以应试教育为主，学生缺乏创新思维；大学教育缺少实践性教学课程和专业，设置不能根据需求及时调整，大学毕业生的就业适应性不强；在职培训针对性和质量不够，专业技术工人的供应缺口较大。海外留学人员回国参加建设的人数增加，但是高层领军人物不多。
60%以上的企业没有自己的商标意味着什么？
目前企业创新存在的主要问题：一是研究开发强度较低。大中型工业企业平均R&D投入占销售收入的0.7%，规模以上工业企业不到0.6%。有研究开发机构的企业数量下降。二是企业缺少拥有知识产权的核心技术。目前，将近99%的企业没有申请专利，60%以上的企业没有自己的商标。三是资金实力仍然很弱，现有融资体系难以满足高技术公司融资需求。特别是在一些低价竞争的行业，企业缺乏研究开发和创新的投入积累。竞争可以促进创新，但恶性低价竞争导致企业丧失创新能力。四是人才有一定基础，但仍有较大缺口。内资企业与事业单位、公务员和外企的工资和社会福利差距较大，导致高质量的科技人员不愿意进入内资企业。五是企业与大学和研究机构的合作相对薄弱。
（二）部分科研机构和大学的运行机制与功能不协调，难以发挥应有的作用。
一是一些共性技术研究开发机构转制为企业化经营，成为营利性机构，其科研成果倾向于内部产业化，而不是向外转移和扩散，难以发挥技术扩散的平台作用，其他企业也不会愿意与其联合研究开发。
二是一些独立科研院所实行企业化经营，缺乏研究资金来源，研究的自由度降低。结果是投入不足，研究能力下降。特别是基础研究薄弱，技术储备不足。
三是全社会的社会保障体系不健全，使大部分研究院所的人员进得来、出不去。大部分研究机构还是靠退休和课题组聘任等方式自我消化。应用技术研究机构进入企业的主要障碍是事业单位体制与企业体制在工资和“补保”方面的差别较大，事业单位的科研院所不愿意进入企业。特别是在一些欠发达地区，人员流动更为困难。
四是创新服务机构以公益性为主，社会化和市场化程度较低。各类高新技术园区的孵化器、各级生产力中心、中小企业创新服务中心、技术产权交易所等，大部分是根据各级政府文件精神成立的，具有官办和半官办色彩；有些则是从政府部门剥离出来的外设机构，代行部分政府的职能。
（一）市场竞争机制尚不完善，配套制度不健全。
一方面，各种所有制企业在资源获得和政策方面尚存在不同的待遇。如政府资源和社会资源倾向于国有企业，我国国有企业的数量不到5%，获得银行企业贷款的70%左右；外资企业在税收比例和土地获得方面通常比国内企业享有优惠政策；在部分领域还存在垄断经营权，缺乏竞争。
另一方面，过度采取投资激励措施，使得企业倾向于从优惠政策中获利，缺乏创新动力。目前各级政府掌控资源，如税收、土地、劳动力价格等，许多地方的政策以鼓励投资为主。创新有风险，如果不需要创新就能获得支持和超额利润，企业是不愿意费力搞创新的。
（二）资本市场欠发育，企业创新融资渠道比较单一，国内风险投资机构较弱。
目前，我国以银行贷款为主的间接融资体系，不能满足企业创新和创业的需求。虽然我国风险投资总量居世界第二，但以外国机构为主。外资风险投资机构投资规模是国内机构的3倍。外国风险投资机构投资的企业容易到海外上市，金融工具较多，具有融资、咨询和市场开拓能力。内资风险机构大都有政府和国有企业背景，不少是以各地区科技部门为主体出资成立的，具有准政府部门特征，缺少科学合理的激励机制、用人机制、监督机制，无法适应风险投资业高度市场化、高度竞争性、快速反应的特点。同时，缺乏风险投资的生成机制，融资渠道少，对风险投资业的税收优惠政策不到位，退出通道不畅。
深化科技体制改革，我们怎样与时间赛跑？
综上所述，我国创新政策面临的主要挑战是，第一，如何深化科技体制改革，落实配套政策，增加企业自主创新能力，提高创新效率；解决各类科研机构的功能与运行机制配套，共性技术研究的运行机制和制度安排；教育、培养创新人才。第二，如何完善创新的市场环境，解决创新产品和技术的市场通道，分担创新风险和支付成本；加强知识产权的创造、保护和利用；建立多层次的资本市场，为创新提供融资等。
