首先，大学自治，即大学拥有办学自主权。这个目标在1985年中共中央关于教育体制改革的决定中就已明确提出，它的核心是划清或确立政府和高等院校的边界，保证高等院校独立自主，按照教育规律办学。1998年高等教育法里非常明确和详细地规定高等院校有八项自主权，可惜多数没有落实。我们现在所有的大学凭一部《高等教育法》办学，大学独立法人的地位成为一句空话。
第二，学术自由。学术自由既是大学精神和理念，也是大学制度。大学的学术自由，表现在很多方面，有人将其扩展为三个自由：研究自由、教学自由、学习自由。大学的学术自由对学生而言是学习自由，对教师而言则是研究自由和教学自由。
现在在大学和社会关系越来越密切的情况下，学者们提出了新的概念——学术责任，用学术责任与学术自由相平衡。有了更大的自由，就意味着有了更大的责任。
第三，教授治学。教师对学校事务的参与和管理权，是现代大学的基本管理制度。迄今为止，中国的大学管理模式是行政化的管理模式，学校里的行政官员对学校事务有最高的发言权。这是延续了非学术组织、政府组织的行政化科层化的管理模式，而这种管理与大学作为学术组织管理的要求是不适应的。大学是学术机构，必须实行学术内行的自我管理。
现代大学已经成为非常复杂的组织，教授不可能直接处理很多复杂的非学术的事务，在美国也是如此。美国的大学有一个副校长主管学校行政，校长是学术领袖，是学校的形象代言人，是公关的主要代表，这个制度在中国新一轮大学建设过程中会获得生命力。
第四，通才教育。大学教育的最高目标是培养承担社会责任，转移社会风气，具有很强的社会责任感和使命感，能够思考解决重大问题、复杂问题的知识分子，而不仅仅是培养各行各业的专家。知识分子和科学家、工程师、技术员的区别在哪里？有人说过这样一句话，能够研究原子弹的是科学家，能够在反核宣言上签字的是知识分子。二战时期大量的德国科学家沦为纳粹的帮凶，给全世界的知识分子敲响警钟：知识如果没有价值和伦理的制约，不一定能够造福社会。这就是通才教育。
第五，学生自治。学生自治是学校管理非常重要的准则，大学教育的基本功能是让学生自我学习和自我教育，培养学生的责任感，所以社团活动被称为第二课堂，西方称之为潜在的课程、隐蔽的课堂。除了上学以外，宿舍、校园、社团活动是学生最主要的生活空间，专业技能从课堂上培养，作为人的培养很大程度上来自课堂以外，来自隐蔽的课堂。香港一些大学里，一个星期举办的学术活动比内地大学一年举办的还要多，而且都由学生自主去办。内地的大学现在对大学生活的管理基本上只是管理，而不是让学生参与和自我教育。
