被毛泽东誉为“学界泰斗,人世楷模”的蔡元培，在中国教育思想发展史上是一位里程碑式的人物,是我国近、现代史具有重要地位和影响的大教育家。
近代最早的中国大学所承载的是救亡图存的使命。晚清积弱，强国思潮亦多，各种新式学堂纷纷涌现。但功利的实用主义从来都不是持久之路，在教育领域，这一点尤其明显。教育的本质是“立人”，知识是底蕴的来源，实用主义跟底蕴二字天然相悖，无法立人，亦无法强国。
当时，因为“强国”二字的诱惑，国人很容易将目光投射于近邻日本，晚清的“癸卯学制”就是效仿日本。甲午战争后，去日本留学更是成了潮流。但日本对西方的学习同样出于实用主义，而且，由于中国学生大量涌入，日本原有教育资源无法承载，于是产生了大量“野鸡学校”，学制大大缩短，教师良莠不齐，许多学生毕业时连日语都还没学会。加之当时日本国内的激进倾向，许多中国青年没学到什么知识，却学来了一身暴戾之气。所谓“留学美国者多大师，留学日本者多愤青”，实非虚言，也深刻影响了中国政治生态。在教育领域，留日出身者同样极少。
真正将西方现代大学制度与精神引入中国的是蔡元培，他执掌北京大学后，提出“大学为纯粹研究学问之机关，不可视为养成资格之所，亦不可视为贩卖知识之所”，以追求高深学问为取代了实用主义。不过蔡元培最初的参考对象并非他尚无了解的美国，而是在西方掀起教育革命的德国。
在蔡元培看来，德国大学也曾走过弯路，起初以神学、法学和医学为主，因为三者应用最广，这同样是一种实用主义。十八世纪后，德国学术界日渐兴旺，尤以哲学发展最快，德国大学也从此逐渐摆脱实用主义。蔡元培对德国大学制度的最大借鉴在于“教授治校”，以“诸教授为各种办事机关的中心点”，“将学校各种重要组织之职位让学有专长之教授担任”。
如今说起大学校长，言必称级别，不做校长了，摇身一变又成了官员。大学内部的行政化也十分严重，教授比不上处长，一个小小科长就能颐指气使。但在民国时代，大学教育法有明确规定，大学校长不能由官员兼任。校内也不崇尚行政化，教授地位崇高。
如今还有许多人认为管理学校需要专业人士，知识分子并非合适人选，因此更崇尚官员治校。这种思维实则大谬，大学乃自由之地，天生与政治格格不入。自有大学以来，无论中外，但凡建树良多之时，必是教授主导，一旦大学政治化，必然培养不出人才。
德国大学制度虽然掀起了一场教育革命，但还算不上真正的“现代大学制度”。有美国学者曾这样批评德国大学制度：“专以种种仪节制度限止之，使养成其服从心，信仰心，与夫惟帝命是听之恶根性”，这种强调服从的特质显然与大学应有的自由不符。在庚款留美生毕业回国后，中国经历了又一次大学制度的改变，这一次，中国的选择是更加自由开放的美国大学制度。
值得一提的是1922年的“壬戌学制”和1924年《国立大学校条例》的颁行，这意味着中国现代大学制度在法令上的确立。
客观来说，蔡元培治下的北大一度是中国大学的标杆，但他完全是靠个人魅力维系北大运作。刘军宁曾写道：“在自由主义制度上了轨道的西方大学里也许出不了像蔡元培那么伟大的教育家，其原因是那里的兼容并包的平台是建立在整个国家的自由主义制度上的，是靠自由主义的制度支撑的平台。无论谁做校长，这种制度平台的宽容性质也许会有摇摆，但不会有彻底的改变。可见，蔡元培先生的贡献既是北京大学和现代中国自由主义的骄傲，但其中也隐含着一种悲哀，即他所提供的平台仍然是人格的平台，而非制度的平台。”换言之，中国教育界对德国大学制度的学习，主要靠自由知识分子的个人推动。真正想让中国高等教育有飞跃式的进步，还需真正的制度化，这个使命留给了蒋梦麟和胡适等一代留美知识分子。
蔡元培在近代中国是一个难得的在多个领域都做出杰出贡献的历史人物，一方面蔡元培是革命元勋，革命党领袖（蔡元培曾经被誉为国民党四大元老）；另一方面蔡元培还是近代著名的教育家，曾经任民国首任教育总长，后来又出任过北京大学校长，蔡元培在长期的教育和管理实践中形成了一套独特的教育思想，而这些教育思想和实践至今仍然在影响中国的教育。
其具体影响体现在：首先蔡元培是最早主张军国民教育的教育家之一。在近代中国处于列强欺凌的大背景之下，以蔡元培为代表的一批教育家提出了教育救国的观念，而教育救国其中一个重要内容就是提倡“军国民教育”，“军国民教育”的实质就是将体育教育以及军事体育融合于普通教育之中，以期达到培养德智体完备之国民的目的。一直到今天，我们仍然在倡导培养“德智体美劳”五位一体的全能性学生。
其次，蔡元培在主政北大期间提出要“兼容并包、思想自由”，因而当时的北大我们既可以看到主张社会主义的李大钊、陈独秀，也可以看到留着辫子的主张君主立宪的辜鸿铭，在我们积极创办双一流大学（现在的北大则在积极创建伟大的大学）的时候，我们更需要采取“兼容并包、思想自由”的教育方针，蔡元培先生治理北大的经验一直到今天，在海峡两岸的大学中仍然被沿用着，可见其影响力之一斑。
除此之外，蔡元培还主张过“公民道德教育”、“实用主义教育“等等教育方针，在当时的中国教育尚未完全摆脱封建主义的影响。因此蔡元培的呼声还是振聋发聩的。
