有些转基因食品已经在市场上销售多年，消费者食用之后，也没有明显的身体伤害。可是，有些科学家担心，经过基因改造的农作物，可能产生新的毒素，日后我们吃下这样的转基因食物，也可能传播有抵抗抗生素的病毒基因，会使我们在得病时，抗生素治疗功效将起不到作用。
根据目前的科学研究表明，长期食用转基因食物可能引发过敏反应;还可能影响肝肾功能。国际消费者联会(包括全球115个国家的250个消费者组织)也强调，“目前没有一个政府或联合国组织会声称转基因食品是完全安全的”。
世界知名生物学家巴加瓦(Pushpa M. Bhargava)在参考了600多篇研究报告后，认为转基因食物是美国人身体显著恶化的主要原因。自1996年，转基因食物大量问世后的前9年内，人们患三种或以上的慢性病增加了近一倍，从7%上升到13%。
在英国推广转基因大豆后，大豆过敏者猛涨到50%。俄亥俄州过敏科医师帕艾雷斯(Dr. John Boyles)说：“我一直在做大豆过敏的测试，但大豆现在居然被基因改造，这是很危险的，我告诉人们绝不要去吃它(转基因大豆)。”
美国国家科学院的报告列举了世界各地转基因出现异常的试验报告：在英国推广转基因大豆后，大豆过敏者猛涨到50%;食用了转基因玉米的猪，在美国中西部农场出现假孕或不育;食用了转基因玉米饲料的母牛，在德国实验农场非正常死亡;食用转基因饲料的鸡的死亡率比使用自然遍d料的死亡率高出两倍......
奥地利政府2008年11月11日发布的科学研究，首次证实转基因玉米会导致小白鼠繁殖能力下降。
2005年，俄罗斯科学院的生物学家伊丽娜‧叶尔马科娃(Irina Ermakova)博士研究发现怀孕小白鼠在食用转基因食品后，新生鼠的夭折率是正常的6倍，且有些母鼠不再有母性本能。
