豆腐营养丰富，含有铁、钙、磷、镁和其他人体必需的多种微量元素，还含有糖类、植物油和丰富的优质蛋白，素有“植物肉”之美称。豆腐的消化吸收率达95%以上。两小块豆腐，即可满足一个人一天钙的需要量。
豆腐和肉一样，都是富含蛋白质的食材，所以容易在通风不良和温度较高的情况下滋生细菌，而使豆腐变得黏黏的。若菌种是纯的，则不必担心其安全性。如豆腐乳加工厂用的菌种，它们在一定的条件下，会水解蛋白质，析出氨基酸，得到更有利于人体吸收的营养素，如钙、必需氨基酸等，同时提升豆腐的鲜味，这些成分均对人体无害。
但是居家环境里杂菌多，会混有有害菌，有些会产生毒素，用热水冲洗也不能保证完全洗掉。因此，豆腐变质出现粘滞，多是由于细菌的污染引起的，不建议食用。这些细菌多是可以产生毒素，所以易出现肠毒素性腹泻，腹痛的情况。应使用泻药及时的将毒素排除体外，再有就是对症治疗补充水分，严重的细菌感染，会有生命的危险。
一般而言，在没有冰箱的情况下，新鲜的豆腐在室温下最多存放6、7个小时，建议随买随吃。
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