一般根据虫体寄生的部位,将原虫病分为： 肠道原虫感染;肝脏及胆道原虫感染;血液及淋巴系统原虫感染;神经系统原虫病染;皮肤和肌肉原虫感染;肺部原虫感染;眼部原虫感染;泌尿生殖系原虫感染。
原虫的主要检查方法
1. 活滋养体检查：涂片应较薄，方法同查蠕虫卵。气温愈接近体温，滋养体的活动愈明显。必要时可用保温台保持温度。
2.包囊的碘液染色检查：直接涂片方法同上，以一滴碘液代替生理盐水，粪便涂抹方法同上。若同时需检查活滋养体，可在玻片另一侧滴一滴生理盐水。同上法涂抹粪便标本，再盖上盖片。片中滴碘液的一侧查包囊;另一侧查活滋养体。
3.隐孢子虫卵囊染色检查：目前最佳的方法为金安-酚改良抗酸染色法。其次为金胺酚染色法和改良抗酸染色法。
4.汞碘醛离心沉淀法：本法既可浓集，又可固定和染色，适用于原虫包囊
5.醛醚沉淀法：不仅浓集效果好，而且不损伤包囊和虫卵的形态，易于观察和鉴定。对于含脂肪较多的粪便，本法效果优于硫酸锌漂浮法。
6.硫酸锌离心浮聚法：此法适用于检查原虫包囊、球虫卵囊、线虫卵和微小膜壳绦虫卵。
7.蔗糖离心浮聚法：此法适用于检查粪便中隐孢子虫的卵囊。
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