无公害玉米不是转基因食品，无公害玉米是一种无公害农产品，生产过程中允许限量、限品种、限时间地使用人工合成的安全的化学农药、兽药、肥料、饲料添加剂等，它符合国家食品卫生标准。无公害农产品是保证人们对食品质量安全最基本的需要，是最基本的市场准入条件，普通食品都应达到这一要求。
无公害玉米产地环境符合无公害农产品的生态环境质量，生产过程必须符合规定的农产品质量标准和规范，有毒有害物质残留量控制在安全质量允许范围内，安全质量指标符合《无公害农产品(食品)标准》的农、牧、渔产品(食用类，不包括深加工的食品)经专门机构认定，许可使用无公害农产品标识的产品。
而转基因食品，就是通过基因工程技术将一种或几种外源性基因转移到某种特定的生物体中，并使其有效地表达出相应的产物(多肽或蛋白质)，此过程叫转基因。以转基因生物为原料加工生产的食品就是转基因食品。转基因食品转基因作为一种新兴的生物技术手段，它的不成熟和不确定性，不能证明转基因食品可以放心安全食用。现在在欧美等发达国家是明令禁止食用转基因食品的。
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