厄尔尼诺现象虽发生在距离我国比较遥远的东太平洋，并不对我国的天气气候产生强烈的直接影响，但它仍然会通过大气环流的变化来影响中国，所以不少气象学家认为，厄尔尼诺的出现与否是影响中国天气气候异常的一个强信号。不过，我国的天气气候变化还要受其因素的影响，不应简单地把任何气候异常都归结为受厄尔尼诺的影响，也不能说厄尔尼诺发生后必然对中国气候产生某种特定的影响。
首先，厄尔尼诺现象可能导致我国暖冬现象的出现。
冬季，亚洲大陆受强大的西伯利亚冷高压控制，而海洋上相对暖和得多，气压相对较低，空气从高压部分流到低压部分，从大陆流向海洋，因而我国大部盛行来自高纬度的西北气流，常有寒潮和冷空气天气过境，气候寒冷而干燥。冬季风的强弱是导致我国冬季冷暖的直接原因。研究表明，厄尔尼诺发生年的冬季，东亚极锋锋区位置往往较常年偏北，冷空气活动也偏北、偏弱，而南方暖气团势力相对较强。
据统计，近50年80%的厄尔尼诺年中国出现了暖冬，1990年代厄尔尼诺频繁发生，中国连续出现暖冬。因此，在厄尔尼诺发生时我国出现暖冬的机率较大。
其次，厄尔尼诺现象给中国带来干旱和洪涝灾害
我国是典型的大陆性季风气候国家，降水主要集中在西南和东南季风盛行的夏季。来自海洋的暖湿气流可以深入到内陆地区，产生丰沛的降水。我国东部的雨带具有明显的季节性和向北推移的特点。一般情况下，5月，副高的位置偏南，我国雨带维持在华南地区;6月中旬到7月，副高向北推移，跳到长江流域，长江中下游地区出现大范围持续多雨天气，这就是著名的江淮梅雨;7月中旬，副高再次北跳，雨带移到黄河流域，长江中下游处于副高控制下，进入伏旱期;8月中旬，副高达到最北的位置，东北、华北、河套进入雨季。8月下旬副热带高压开始向南撤退，东部地区的雨季相继结束。由此可见，副热带高压对我国气候起着举足轻重的作用。如果副高在一个地方停留的时间过长或者过短，比常年偏强或者偏弱，都会造成我国东部地区旱涝异常。厄尔尼诺年的夏季，由于赤道东太平洋海温升高、哈得来环流加强，导至太平洋副热带高压强度增强;但西太平洋海温降低，大气对流活动减弱，却使副高位置偏南。研究表明，西太平洋副高对厄尔尼诺的响应要落后几个月，因而往往厄尔尼诺发生第二年这种相关关系更加显著一些。另外，受环流形势的影响，冷空气活动比较偏南，加之夏季风偏弱，暖湿气流北上势力不强，因此冷暖空气交汇产生的季风雨带也随之偏南，从而使长江中下游地区多雨以至发生洪涝，黄河及华北一带少雨并形成干旱。
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