生物多样性是因为生物适应不同的生活环境产生出来的，其根本原因就是因为遗传物质(基因)的多样性，生物的性状是由基因控制的，有什么样的性状，是因为体内有控制这个性状的基因。生物多样性的直接原因是多变的环境对生物的各种性状进行选择的结果，自然选择学说讲‘适者生存’，生物对环境的适应直接影响生物的生存，适者生存，不适者被淘汰!
生物多样性的形成
从原有的物种中形成一个新的物种，称为物种形成。对于新的物种形成的机制有不同的假说，但基因突变、自然选择是两个基本的过程。在物种形成过程中，地理隔离和生殖隔离起了十分关键的作用。根据成种的区域，大致可以分为异域型、同域型和邻域型三种。
1.异域型
一个物种的多个种群生活在不同的空间范围内，由于地理隔绝使这些种群之间的基因交流出现障碍，导致特定的种群积累着不同的遗传变异并逐渐形成各自特有的基因库，最终与原种群产生生殖隔离，形成新的物种。
2.同域型
生活在同一区域内的物种，由于资源的限制和种群内部的激烈竞争，导致生态位出现分化。占据不同生态位的群体出现基因交流的障碍，通过生殖隔离而形成新的物种。
3.邻域型
有些物种的分布区很广但扩散能力较差，在其分布区的边缘地带的一些种群，由于栖息地环境的差别而形成基因交流的阻碍，逐渐建立起自己独特的基因库，并形成生殖隔离，最终形成了新的物种。
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