在经济利益的驱动下，不少地区无序、无度甚至无偿盲目发展养殖业，大规模的围垦造成海域面积减少，纳潮量降低，削弱了海洋的自净能力，加剧了水域环境的恶化。养殖业主在海面上盲目建造网箱、架设吊养筏架而造成养殖密度过大，远远超过海洋生态系统的承受能力，造成海水养殖生态系统物流和能流循环受阻或紊乱，引发病害。大量残饵、碎屑、鱼虾粪便，以及养殖工人生活垃圾的分解，产生大量的氮磷营养物质，导致养殖水域富营养化，为赤潮生物提供了适宜的生态环境，是诱发赤潮的根源。无规划的海水养殖正成为近岸海域重要的污染源，甚至有超越陆源污染的趋势，如在挪威的一些养殖区，其对该海域造成的污染危害程度，和对生态系统直接破坏的严重性远远超过陆源污染。应该如何开展海水生态养殖呢?
2014年6月24日，为了解决水产养殖业造成的的环境污染问题，加拿大开发了一种新的水产养殖模式——海洋生态混养系统。截至2014年，该模式已在全球多个地区进行了试验并取得了成功。据悉，该海洋生态混养系统利用海水的自然过滤功能来保持养殖场的清洁，同时，鱼类所排出的废弃物可由日本大扇贝吸收，而其他排泄物则可通过糖海带转化为硝酸盐和磷等有机物，从而有助于减轻水产养殖造成的水体污染，保持生态平衡。
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