鸡肉就是微波炉不能加热的食物之一，微波炉的加热方式是不会不均匀加热，只能部分区域加热。鸡肉的性质是蛋白质密度比其他红肉高。经过微波炉这种只能部分区域开始加热的加热方法，回事蛋白质分解不一致，会引起肠胃不适。
蘑菇也是不能使用微波炉加热的食物之一，蘑菇的蛋白质很容易被酶和其他微生物破坏，所以储存方式出错的话，再次加热会造成肠胃不适。但如果储存在冰箱里小于24小时，再次加热至70度以上来食用也是可以的。
土豆也一样要注意储存，否则容易造成细菌大量繁殖。如果把土豆储存在室温下，尤其是用锡纸中组个氧气时，容易滋生肉毒杆菌。即使二次加热也是无法杀菌的，所以需要冷藏储存。
由于生长环境的影响，菠菜和其他叶菜或含有较高的硝酸盐浓度。虽然硝酸盐并无害，但能转变成致癌物亚硝胺。亚硝胺会影响血液携带氧气的能力，影响幼童健康。所以，建议不要二次加热菠菜。
米饭的储存比二次加热更重要。如果只是在室温下储存，就很容易造成细菌繁殖导致毒素产生并令人呕吐或腹泻，即使是二次加热也无法消除毒素的。所以米饭最好也不要用微波炉加热。
