菠萝中含的蛋白酶，对人的皮肤、血管等有一定的副作用。菠萝食用时应注意不要空腹暴食，要削净果皮、鳞目须毛及果丁，果肉切片后，一定要用食盐浸泡若干分钟后才能食用。患有牙周炎、胃溃疡、口腔黏膜溃疡的消费者要慎食菠萝。
因为菠萝是酸性水果，刺激牙龈、黏膜，胃病患者还会出现胃内返酸现象，多吃还会发生过敏反应。过敏反应一般是在食用菠萝后15分钟到1小时左右急骤发病，出现腹痛，腹泻、呕吐或者头痛、头昏、皮肤潮红、全身发痒、四肢及口舌发麻，甚至还会出现呼吸困难、休克等一系列过敏症状反应，人们习惯称这种过敏反映为“菠萝中毒”或“菠萝病”。特症是孩子发育迟缓，光长胖不长个儿，而且走路也迟，说话反应迟钝。
