酸奶的酸度是有限度的，如果酸奶在储存、物流过程中脱离了冷链。如被搁置在室温或者户外环境下，乳酸菌会迅速繁殖而导致酸奶酸度增加，并且超出可接受范围，这样的酸奶口感会很酸，而且乳酸菌活力下降。乳蛋白变性程度增加，不利于人体吸收，也不利于肠胃健康。
酸奶的变质主要是大肠杆菌和霉菌引起的，大肠杆菌编制的现象是产酸产气，就是有明显的涨气和不正常的酸味产生。霉菌也是产气但是不产酸，有一种类似橡胶的臭味。通常变质的酸奶都有不同程度的乳清析出，作为一个普通消费者这也可以作为正常酸奶是否变质的一个判断手段。如果是活菌酸奶在正常的低温冷藏条件下最多可以保藏2周左右，如果超过这个时限建议不要就饮用了。
