治疗手足口病采用中药效果最好，一般用内服药和口腔涂药相结合，无并发症者一周左右即可治愈预后良好。也可采用抗病毒药物治疗。
要定时让患儿用温水冲漱口腔；禁食冰冷或辛辣有刺激的食物，不要给予咸食，以免引起疼痛而拒食；饮食要易消化，吃一些清淡、质软、温性的饭菜，多喝温开水；要让患儿有足够的休息；要保证患儿衣服清洁，避免皮疹感染。本人辨证治疗本病多例，效果不错。
不同时期具体治疗方案
急性发作期
手、足、口腔粘膜满布疱疹或溃疡，疼痛、发热烦燥，舌红、苔白或黄，指纹青紫或脉数。证因外感时邪病毒，脾胃蕴热泪盈眶郁蒸所致，治宜清热泻脾，解毒凉血，方用自拟清热泻脾饮。药物组成：金银花、蒲公英、黄芩各10克，连翘9克，野菊花、赤芍大青叶各12克，石膏15~30克。兼高热有动风之亦者加羚羊角、蝉蜕；兼心米之炽盛者，合导赤散；若大便秘结者加大黄、生地黄苡仁；兼阴虚者加麦冬、知母；兼风热犯肺者加桑叶、苦杏仁。每日1剂，水煎分2次服。
恢复期
热退或微热。疱疹逐渐消退，胃纳欠佳等，此乃余邪未尽，治宜理脾助运，兼以清化。外方：谷芽、生意苡仁各15克，蝉蜕6克，钩藤、淡竹叶各9克，甘草5克。每日1剂，水煎分2次服。
本病中药古籍未有专门记载，但根据本病症状和特征，似属于中医“温病”、“湿温”、“时疫”等范畴，系实证、热证，治疗方法有疏风清热、清心泻火、清暑化湿、滋阴降火等。
本人在临床观察本病除了手、足、口皮疹外，多兼发热、口臭、流涎、拒食、烦躁、大便秘结或不畅，舌红、苔黄、脉滑数或指纹紫滞等症状和体征。多为外感时邪病毒、内有脾胃蕴热所致治宜清热泻脾，解毒凉血。
在急性期间用自拟方清热泻脾饮。本方有清热解毒、凉血透疹、燥湿除烦之功。使用本方应注意病中即止，以防过用苦寒易伤脾胃，即在热渐退、皮疹缩小、其他兼症缓解时改用理脾助运兼以清化之药物，务使祛邪不伤正，邪去正安。
