土地征收的关键问题是补偿，补偿问题不解决，土地征收问题就不可能得到有效解决。新《土地管理法》在征收补偿标准上确立了一个总的法律原则，并规定了更加合理化的补偿标准，建立了更加完善的社会保障体系，从而减少了征收主体与被征收主体之间的由于补偿标准不合理而引发的社会矛盾，也进一步保障了被征地农民的合法权益。具体说来包含以下两个方面：
一、确立了征收补偿标准的基本法律原则
依据新《土地管理法》第四十八条第一款之规定，征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。这在土地征收补偿工作，确立了一个总的法律原则和指导思想。虽然在国务院出台的《国务院关于深化改革严格土地管理的决定》第（十二）、（十三）条中，也有过类似的规定，但这毕竟只是一个规范性的政府文件，这次《土地管理法》的修改，将“保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障”上升到了法律层面，作为征地拆迁补偿工作中的一项基本法律原则确立下来。
二、农用地补偿费用以区片综合地价来确定
新《土地管理法》第四十八条第二款、第三款规定，征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
征收农用地的土地补偿费、安置补助费标准由省、自治区、直辖市通过制定公布区片综合地价确定。制定区片综合地价应当综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素，并至少每三年调整或者重新公布一次。征收农用地以外的其他土地、地上附着物和青苗等的补偿标准，由省、自治区、直辖市制定。对其中的农村村民住宅，应当按照先补偿后搬迁、居住条件有改善的原则，尊重农村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者货币补偿等方式给予公平、合理的补偿，并对因征收造成的搬迁、临时安置等费用予以补偿，保障农村村民居住的权利和合法的住房财产权益。
而原《土地管理法》第四十七条则是以征收土地的原用途给予补偿，征收耕地的土地补偿费，为该耕地被征收前三年平均年产值的六至十倍。征收耕地的安置补助费，按照需要安置的农业人口数计算。需要安置的农业人口数，按照被征收的耕地数量除以征地前被征收单位平均每人占有耕地的数量计算。每一个需要安置的农业人口的安置补助费标准，为该耕地被征收前三年平均年产值的四至六倍。但是，每公顷被征收耕地的安置补助费，最高不得超过被征收前三年平均年产值的十五倍。征收其他土地的土地补偿费和安置补助费标准，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定。被征收土地上的附着物和青苗的补偿标准，由省、自治区、直辖市规定。征收城市郊区的菜地，用地单位应当按照国家有关规定缴纳新菜地开发建设基金。依照本条第二款的规定支付土地补偿费和安置补助费，尚不能使需要安置的农民保持原有生活水平的，经省、自治区、直辖市人民政府批准，可以增加安置补助费。但是，土地补偿费和安置补助费的总和不得超过土地被征收前三年平均年产值的三十倍。国务院根据社会、经济发展水平，在特殊情况下，可以提高征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准。
以农用地为例，综合考虑土地原用途、土地资源条件、土地产值、土地区位、土地供求关系、人口以及经济社会发展水平等因素的综合地价与按照原耕地产值倍数相较而言，即使按照耕地年产值的最高倍数三十倍计算，两者之间还是存在着较大的差距。举例来讲，同样的地块，按照耕种土地的产值进行补偿与按照房地产开发地价进行补偿，这两者之间的标准差距是显而易见的。
因此，新《土地管理法》从法律上为被征地农民构建了一个更加完善的保障体系，从而有助于进一步化解征拆行为所引发的社会矛盾，更加有利于保障被征地主体的合法权益。当然，新《土地管理法》还需要更加完善的配套法规、规章进行细化，以期增加其可操作性。
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