以曾国藩为代表的湘军统帅们，在战争的实践中所形成的以儒家学说作为建军、治军之本的军事思想，对晚清及以后的军事活动都产生了极大的影响。
1. 以忠君卫道作为建军宗旨
曾国藩继承了传统的儒家思想，特别是程、朱理学的说教。他推崇封建礼教至高至深，把忠君勤王和捍卫封建礼教作为他的建军宗旨。
曾国藩的整个治军方略，都贯穿着他所坚持的封建伦理纲常。他在组建湘军时，其捍卫封建礼教的建军宗旨，就在他出师衡州时发布的《讨粤匪檄》一文中表达得异常明确。曾国藩十分了解中国士大夫乃至一般民众的特殊文化心态，针对太平天国独尊上帝的宗教大做文章，提出了要维护名教，他说“自唐虞三代以来，上下尊卑，秩然如冠履之不可倒置”，而太平军之所为，“举中国数千年礼仪人伦诗书典则一旦扫地荡尽，此岂独吾大清之变，乃开辟以来名教之奇变”。他以此来号召那些受封建礼教熏染的士大夫们或从军，或参战，或出钱出力，支助湘军，“以卫吾道”。曾国藩的动员令，确实起到了显著的效果。一时间那些受封建传统观念熏陶的学人士子、农夫山民，自觉或不自觉地汇集在曾国藩的旗帜下，成为了镇压农民起义的马前卒。
他提倡忠君卫道、以儒家学说治军的这一宗旨还贯彻在选将、募兵、军队管理以及协调军内外关系等方面。
曾国藩治军把选将作为第一要务，他说，“行军之道，择将为先。”他的选将标准是德才兼备，智勇双全，而把德放在首位，并把德的内涵概括为“忠义血性”。他提出，“带勇之人，该求我党血性男子，有忠义之气而兼娴韬钤之秘者，与之共谋。”又说“带勇之人，第一要才堪治民，第二要不怕死，第三要不计名利，第四要耐受辛苦。”“大抵有忠义血性，则相从以俱至，无忠义血性，则貌似四者，终不可恃。”曾国藩认为，“忠义血性”的将领主要应从既受封建礼教熏陶又少官场恶习的儒生士子中去选择。罗尔纲在《湘军兵制》中统计，凡姓名、籍贯、出身、职务可查的湘军将领179人中，儒生出身的104人，占58%。以如此众多的儒生为将，这在历代军事史上都是罕见的。
将清朝的世兵制改革为募兵制，也是曾国藩建立湘军的首要一着。他说，“数年来痛恨军营习气，武弁自守备以上无一人不丧尽天良。故决计不用营兵，不用镇将。”因此，他组建湘军时，主张不在市民而在乡农中招募兵员。其用意就是乡农中招募的兵员朴实壮健，有利于灌输封建的忠义伦理思想和便于适应艰苦残酷的战争环境。曾国藩还规定，“招募兵勇，须取具保结，造具府县、里居、父母、兄弟、妻子名姓、箕斗清册。各结附册，以便清查。”凡无保者，概不招募。曾国藩的这一做法，完全是承袭了明末抗倭名将戚继光的募兵思想。
曾国藩对绿营的编制方面也进行了改弦更张。湘军的编制以营为基本作战单位，营以下设哨，哨以下陆师为队，水师为船，马队为棚。湘军之始，营以上不再设官，各营全辖于曾国藩一人。其后营数增多，才有统领和分统的称谓。曾国藩要求以将必亲选、兵必自找、层层节制的原则组建军队，自统领至兵勇都是逐级进行募选，改变了绿营中“兵与兵不相知，兵与将不相习”的弊病，但也明显暴露了建立私家军队的用心，并从此就开创了近代中国“兵为将有”的先例，军阀拥兵割据的局面也就初显端倪了。
2. 以仁礼忠信作为治军之本
曾国藩在治军方略上苦费心机，主张用儒家学说治军，即用封建伦理纲常去教育官兵，以仁礼忠信作为治军之本去陶冶官兵，他的目的就是要以此来维系军心，培植出一支完全绝对服从于自己的私家军队。所以他认为，“用兵者必先自治，而后制敌。”
戚继光说过，练兵必从军礼训练入手，“军中名分，须从军礼为始”。曾国藩十分信服这一原则，他在日记中写道：“孟子曰：‘君子以仁存心，以礼存心’。守是二者，虽蛮貊之邦可行，又何兵勇之不治哉?”因此，他明确指出：“带勇之法，用恩莫如仁，用威莫如礼。”很明显，曾国藩治军的最终目的，就是要把孔孟的“仁”、“礼”思想贯穿于官兵的头脑之中，把封建伦理观念和尊卑等级观念融合在一起，将军法、军规与家法、家规结合起来，用父子、兄弟、师生的关系弥补军中上下尊卑等级关系的不足，来减少军中官兵之间的摩擦和抵触情绪。他说，军训之义有二：一曰训营规，二曰训家规。营规是指点名、演操、巡更、放哨，家规是指禁嫖赌、戒游惰、慎语言、敬尊长。若营官能“待兵勇如子弟，待人人学好，个个成名则众勇感之矣”。这样，士兵也就会像子弟对父兄那样忠义孝敬。对将帅的选拔和培养，曾国藩更是极力用仁礼忠信去进行训导，使之成为忠将和良将，以无负君父、国家之望。曾国藩还强调，军营主要是靠将帅的以身作则，做出榜样，以影响兵勇的言行。
曾国藩还提倡“独仗‘忠信’二字为行军之本”，他要求对军队进行教育，“第一教之忠君，忠君必先敬畏官长”。士兵不尊重长官，下级不服从上级，这便是不忠的表现。“信”是处理协调同级关系的准则，曾国藩说，“信以施于同列”，就是要求将帅之间、兵勇之间能够相互信赖，遵守信用，彼此团结，同舟共济。他把“诚”与“信”相联系，还说“诚便是忠信”，“驭将之道，最贵推诚，不贵权术”。
作为将帅的行为准则，曾国藩提出了“勤恕廉明”四字，即“勤以治事，恕以待人，廉以服众，明以应务”。鉴于湘军中普遍存在的骄矜之气，他对诸将帅还以“谨慎”二字相勉。他谆谆告诫部属，务必守个“谦”字“慎”字，戒骄戒惰，从而避免打败仗，招灾祸。另外，曾国藩又强调了传统的“爱民”说，要求将帅对兵勇以“仁礼”相待的同时，还要求军队对百姓以“仁礼”相待。他声称，“官不爱民，余所痛恨”，“爱民为治兵第一要义，须日日三令五申，视为性命根本之事”，“做官以不要钱为本，行军以不扰民为本”。从曾国藩治军的实际情况来看，这些准则在湘军中的实行，的确收到了预期的效果。
3. 以“致人而不致于人”作为战争指导原则
曾国藩所统帅的湘军在镇压太平天国运动的过程中，其指导战争的思想核心是“致人而不致于人”，“慎战”是其基本作战方针，“以主待客，以静制动”，在战略上取攻势，在战术上取守势，是其战略战术的表现方式。
从湘军和太平军当时双方力量的对比来看，湘军的数量长期不如太平军，双方所用武器基本处在同一水平上。出于消灭太平天国的目的，在战略上必须采取攻势，由此曾国藩确定了沿长江进军直下金陵的路线。又虑于太平军数量多，并占据了武汉、安庆、金陵等要地，其主力又长于运动战，所以曾国藩认为，湘军想攻取战略要地，在战术上必须深沟厚垒，以主待客，以静制动，以逸待劳，稳扎稳打。他要求湘军在包围坚城后，不应急攻，而应先筑起围城坚垒，一方面耗尽守城军队的粮食，另一方面又以此吸引援军解围攻坚，使其“如飞蛾之扑烛，多扑几次，受创愈甚”。待敌消耗殆尽、疲惫不堪之时，再与之战，如此就能“成功愈易”。这就被称作“结硬寨打呆战”的作战方法。
根据曾国藩“以主待客”、“致人而不致于人”的思想，湘军取得了一些列围城攻坚的胜利。1856年12月攻占武汉，随之占领鄂东各州、县，实现了保上游、争要地的首要一着。1854年末开始进攻九江，直至1858年春城中粮尽，守军饥饿不能力战而外援又不能至时，才以地道炸开城墙将其攻克。曾国荃于1860年率军围安庆，太平军多次施“围魏救赵”之计以解安庆围，曾国藩力主“不必分心攻城，专主坚守后壕”。湘军在安庆城外筑起了前后两道深壕厚垒，对太平军的守军和援军都不出战，围困安庆长达十多个月之久，于1861年9月攻下安庆。在攻克金陵的最后一战役中，湘军仍是采取“结硬寨打呆战”之法。1862年5月，曾国荃率湘军前锋2万人进抵金陵城下。曾国藩考虑到太平军下游的主力尚完整未损，遂指示曾国荃“以坚守坚扎为主，不必遽图进剿，不必寻贼开仗”。并要求在整体上实行攻防结合，防中有攻的原则，在兵力部署上分出攻防两支力量，“半活半呆，半剿半守，更番互换，乃能保常新之气”。所谓“活兵”，是指轻兵进剿的游击之师，以对付太平军的援军并扫清金陵外围;所谓“呆兵”，则指重兵坚守合围金陵的围城之师，专以围困金陵。为防止懈怠，攻防各营经常相互轮换，使部队士气能得以维持。金陵围困长达两年之久，直到李鸿章、左宗棠所部在苏南、浙江战场节节胜利之后，曾国荃所部的兵力日渐增多实现了全面合围，金陵城内已粮绝力尽，终于在1864年7月19日攻占金陵，镇压太平天国起义的战略方针得以全部实现。
4. 曾国藩治军方略的历史影响
曾国藩作为晚清统治集团的重心人物，他所组建的湘军历经十余载的南征北战，终将曾占据大半个中国的太平天国革命血腥镇压下去，为延长清王朝半个多世纪的寿命立下了汗马功劳，并赢得了“中兴名臣”的显赫名声，其在近代中国军事史上的地位和影响是不可低估的。
纵观曾国藩的治军思想，其内容主要围绕着维护封建礼教和镇压农民起义，以儒家学说作为建军和治军之本，选将用人提倡“忠义血性”，治军倡导“仁礼忠信”和“以诚为本”，对将领要求“勤恕廉明”，以及创造出了“致人而不致于人”的一套战争指导原则。作为地主阶级的改革派和洋务派，他的有关军事改革思想及实践，是有清一代所未有的，打破了清王朝在军事制度上的僵死局面，使腐朽的八旗、绿营制度寿终正寝，并开启了洋务运动之先河，使传统军事思想达到了一个新的顶峰。毫无疑问，这对近代中国军事思想的进步发展是起了积极地推动作用的。
曾国藩实行的一系列军制改革，如兵员自募，权归主将，军饷自筹，官职私相授受，军队自树一帜，不受朝廷控制等。这种历史影响，其一方面的表现是：新组建的湘、淮军战斗力大大提高，不仅强于八旗、绿营，也强于各地的农民武装，这就使得湘、淮军顺理成章地成为了镇压农民起义的得力工具。以此为契机，清朝进行了全面的军制改革，湘军之后清王朝的主要军队——“防军”和“练军”便是受湘军制度的影响而兴建起来的。所谓“防军”，就是在太平天国时期各省募集的勇营，也包括裁撤之余的湘军、李鸿章的淮军以及其他各省所募练的武装。这些武装大都驻扎在各省险要地区，防守要隘，故称“防军”。其制度完全一袭湘军旧制。“练军”实际上是借鉴湘军制度对绿营兵进行改造而产生的一种军队，也是湘军制度的衍生物。如直隶练军，本身就是刘长佑和曾国藩所编练的。自湘军兴起至甲午战后新式陆军的编练，湘军军制影响了清代军事制度整整40年，可见其影响之深远。但这种影响的另一方面也同时表现在：湘、淮军虽暂时挽救了清王朝行将灭亡的命运，却也由此动摇了清王朝中央集权的军事基础，使军权和政治实权从满清皇室贵族手中逐渐转移到汉族的督抚大员手中，从而导致了近代军阀制度的产生和加速了清王朝的灭亡。人们把曾国藩和湘军视为近代军阀的渊源，也是不无道理的。如果说，此前者是曾国藩本着“勤王卫道”的目的和维护封建统治的愿望出发，收到了预想的效果的话;那么，此后者则是清王朝所始料未及，也是与曾国藩本人的愿望大相径庭的。
曾国藩的军事思想好影响了几代人，且不说其同时代的湘、淮将领以曾国藩为楷模，就是其后的黄兴、蔡锷等资产阶级军事家对曾国藩治军方略也推崇备至，张之洞、袁世凯等在甲午战后采用西法编练新军时，还采纳了曾国藩治军的许多做法。民国军事家蒋方震在他的《国防论》中赞赏曾国藩是近代史上“一个军事天才家”，还说凡领军者都应该效法曾国藩。蒋介石则明确表示要师承曾国藩，要求国民党军队中的将领必须“认清历史，效法曾胡”。连毛泽东这样的无产阶级军事家，早年时也曾有“近人之中，独服曾文正”的话语，可见对其影响不小。
