黄慕兰一生波折，甚至经历了多次牢狱之灾。这其中两次是被国民党关押，而最长的那次则是解放后，受潘汉年案牵连，两度入秦城监狱被监禁的十七年。
“一缕幽香，万般情意，沁入柔肠千结。回忆北伐扬鞭，年少风光卓绝。壮志豪情报国心，如荼火热。抛家出走忘朝夕，挥剑誓除荆棘。 世间事，自多曲折。肝胆照，同仇巾帼。救死抚伤，神驰先烈。强敌崩溃，人民欢悦。又谁料风波再涉。感明镜，鉴我无私，还我本来清白。”这是黄慕兰老人在其出版自传时写的一首诗，“又谁风波再涉”即指潘汉年牵连案。
对于秦城监狱的十七年，黄“刚开始想不通，不知罪出何因”。这个忠贞善良的共产党人一再冷静反思检查，认为是自己“长期忙于营救等实际工作，疏于理论学习，以致难免犯错”。
“列宁说：坐过敌人的牢是革命战士意志锻炼的学校。我坐过两次国民党的牢，没有泄密投降，自今仍感到自豪。秦城的十七年是党给了我上马列主义课的机会。我能活到中兴之世，得到平反，是幸福的，这样一想不就心平气和了吗?”黄慕兰后来对其晚年友人李士璜说。
1980年，黄慕兰冤案昭雪，还了黄慕兰“本来清白”，后任上海市政府参事并离休。
