高等教育综合改革是对我国现阶段高等教育改革特征的概括，而非改革内容的描述；是指改革方式的综合性、系统性，而非改革内容的面面俱到。
高等教育综合改革的性质是由高等教育形势任务的变化所决定的。我国高等教育改革与发展已由规模扩张、数量供给为主步入以提高质量和发展水平为主的新阶段，是由“以量谋大”战略到“以质图强”战略的转变。改革面临的形势和任务与上世纪80、90年代的改革大不相同，由解决“有学上”的问题转变为解决“上好学”的问题，也就是说，提高人才培养质量、提供优质高等教育资源供给能力与水平成为当前高等教育改革的核心任务。我国高等教育是“大而不强”，高等教育质量特别是人才培养的质量与经济社会发展的不相适应性日益突出，制约高等教育发展和人才培养的深层次矛盾逐渐显露。因此，如何解决提高高等教育质量的深层次矛盾和问题，成为高等教育改革的主题。
过去的改革主要是服务于数量增长和规模扩张。当时改革的主要任务是促进数量增长、规模扩张，可以通过单项改革去完成某项任务。但是，现在的发展阶段已经由以规模增长为中心转变到以质量提升为核心，提高质量涉及各个方面，涉及多方利益，不可能依靠某项改革单方面推进与完成。人才培养体制改革、管理体制改革、投入体制改革、科研体制改革、人事制度改革，都是复杂而全面的，涉及多个方面，需要系统持续地推进。发展任务的转变带来了改革特征的变化、改革任务的转型。综合改革是指改革方式的变化、改革内容的深化，并不是指改革要全面开花，面面俱到，各个方面都要深化改革。应该有重点地持续推进，以核心改革带动其他方面的改革。
从理论上讲，我国教育行政体制实行的是中央统一领导下的分级管理体制，是以中央集权为基础，中央教育行政与地方教育行政相结合的体制。1986年3月12日国务院发布的《高等教育管理职责暂行规定》明确指出：“国家教育委员会在国务院的领导下，主管全国高等教育工作”，“省、自治区、直辖市人民政府管理本地区内的高等教育”。至此，在政策层面上提出了一个由中央与省级人民政府共同承担高等教育责任，在改革中逐步形成了“中央和省级人民政府两级管理、以省级人民政府管理为主的新体制”，并在实践中逐步完善为“举办者、管理者和办学者职责分明，以财政拨款为主，多渠道经费投入，中央和省、自治区、直辖市人民政府两级管理，分工负责，以省、自治区、直辖市人民政府统筹为主，条块有机结合的体制框架”。这是中央政策文件中首次在教育领域提出“两级管理，分工负责，省级统筹为主”的管理体制。从教育行政体制看，中央与地方合理分工的基本原则是宏观管理和调控权集中于中央，执法监管权责相对集中。地方政府则强化教育执行机构和各项具体职能管理机构建设，有侧重地加强、弱化和精简各自机构，实现中央与地方的合理分权。中央拥有最后的决定权和支配权，而地方各级政府只有实施过程中的执行权和授权范围内的治理权。我国的政治体制和行政管理体制决定了在完善省级教育统筹中，要进一步完善中央政府对地方政府的纵向权力约束机制。中央教育管理部门的下放权力和转变职能，并不意味着能简单地理解为削弱政府职能、政府要少管或不管为好。转变政府职能，不适应、不符合当前我国教育改革与发展的管理职能当然要弱化、淡化、转移、下放。相反，适应和符合高等教育改革发展要求的某些管理职能不仅不能弱化，而且要加强，比如教育投入、教育监督、教育评价。
从改革实践看，20世纪90年代以来，我国高等教育领域开展了很多探索，但是，由于“下改上不改”，使得一些改革探索被迫调整改革方向或者恢复原状而陷入停滞，根本原因就是这些改革探索没有作为经验在全国推广，没有从地方、高校的经验与做法上升到国家意志，制度层面巩固不下来，或者说这些探索缺乏一定的合法性而造成夭折。例如，人事制度改革历来是高等教育改革的难点和重点，多年来高校做了很多探索，取得了一些成效，但是并没有根本性突破，原因是多方面的，其中的重要原因就是高校自身的探索没有上升为国家政策，缺乏权威性而导致停滞不前。如高校的编制问题。国家对高校实行编制管理制度，目前高校编制是上世纪80年代后期或90年代初期核定的，一直没有调整，随着我国高等教育的快速发展，以及经济体制的转轨和开放的劳动力市场的建立，现行编制管理模式已很难适应高校发展的需要。编制捉襟见肘已经成为制约高校发展的重要因素。近年来，高校普遍开展了聘用制度改革，在实施岗位设置和聘用工作后，初步解决了传统体制下人员身份和岗位固化的问题，但是当前国家人事管理体系中，岗位聘任与身份定位并未彻底脱钩，岗位管理改革不够彻底。有的虽然名义上实行聘用制度，但实质上仍然是过去的“身份管理”。高校职员制度虽已实行多年，但外部政策环境难以容纳，与社会保障、人才流动等方面的政策目前尚未有效接轨。
从改革任务看，高等教育改革从各利益相关方普遍得到实惠的阶段，进入对既有利益格局进行调整的攻坚阶段，从增量改革进入到存量改革阶段。解决长期束缚高等教育事业科学发展的体制性障碍，不能只做加法，用增加资源、增加编制和扩大规模的办法来解决矛盾和问题。改革还要做减法，调整利益格局，转变资源分配方式，真正用改革的办法解决前进中的问题。要在增量的基础上改革存量，在体制机制上有重大突破，提高教育资源的利用效用。体制改革的目的是解放高等教育生产力、调动各方积极性，但是这种积极性要在统一的制度框架与体制机制下运转，而不是各显神通、各自为政、各自为战。所以，高等教育综合改革的重大突破是在尊重高等教育规律、适应经济社会需求和人民群众期盼的基础上，逐步地建立起中国特色的高等教育宏观体制和现代大学制度，让各高校在有序中竞争，在规范中运行，在制度下发展。
无论从理论上看、从改革探索的经验看，还是从改革的任务看，都需要顶层设计。不能简单把“顶层设计”理解成为中央集权。在综合改革的背景下，顶层设计的重要性是不言而喻的。改革什么？什么能改，什么不能改？如何实施改革？这些问题都需要通过“顶层设计”过程来回答。或者说，从改革的思想、方案的设计，到改革政策的落实，再到新制度的形成，都离不开自上而下的权力。
高等教育综合改革的突破口是建立科学的评价机制，促进资源配置方式的转变。《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》提出“深入推进管办评分离”为导向，构建政府、学校、社会之间新型关系。明确各级政府责任，规范学校办学行为，发挥社会参与作用。如何引导高等学校实现发展战略的转变，真正实现内涵式发展，我们认为可以以“大学评价机制”的建立和完善为抓手和切入点，通过科学合理的评价来引导高校准确定位、适应需求、特色立校、科学发展；引导社会正确看待高等学校办学行为和发展现状；促进政府由管理高校到评价高校的转变，促进政府资源配置方式的科学化和合理化。把握发展的主要问题，抓住矛盾的主要方面，“评价”是推动高等教育领域综合改革的“牛鼻子”，是高等教育综合改革“牵一发而动全身”的重要环节。
