地方政府承担着大量的政策再规划和政策执行职能，同样需要智库参与决策咨询，以此提升政府的科学决策水平。同时，地方政府处理的主要是地方性、区域性的公共事务，由此决定智库参与地方政府决策必然带有自己的特殊性。
决策主体的多元化
地方公共决策的参与者包括政府、智库、媒体、社会组织、利益集团以及公民等行动主体，这些行动主体与中央政府决策层面的同类型主体相比有着自己的不同特点。在地方政府层面，公共决策参与的智库主体以地方性智库为主，例如地方社会科学院、地方高校或者研究中心等，尤其是地方的常规性与事务性决策，地方智库参与的可能性更大。
但是，地方政府有时也会进行一些具有地方特色的战略性决策，或者因势利导把地方性决策上升为国家层面决策，这时地方政府更倾向于向高级别智库甚至国家级智库寻求决策咨询。之所以这样做，可能是因为地方智库不具备相关决策所需要的专业知识与技能，但更有可能是因为地方政府希望借此在更大范围内提升决策事项的影响力，尤其是该事项亟需上级政府财政或政策支持的时候。对于地方政府而言，这样做也无可厚非，但若一味信奉“外来和尚好念经”也会带来一些问题。例如，高级别智库虽具有一定战略视野，但也存在对地方实际缺乏了解和对决策实践感知不够等问题。在这种情况下，高级别智库对地方政府的决策咨询就有可能失真，甚至会带来误导。必须指出，有少数专家抛却专业操守，为了自我私利，去迎合地方政府的“政绩决策”需求，导致地方政府决策失误不断。近年来全国各地兴起了开发园区建设热潮，有的园区建设运转得很成功，但也有不少园区脱离地方经济发展实际，浪费了大量公共资源却留下了难以收拾的“烂摊子”，这其中不乏经过知名智库专家论证的“科学决策”。此外，高级别智库决策咨询下移，在一定程度上也挤占了地方智库的发展空间，既不利于地方智库的健康可持续发展，也不符合地方政府决策的长远利益。
决策事务的复杂化
党的十六大第一次把我国政府职能归结为经济调节、市场监管、社会管理与公共服务四个方面，但具体到不同政府层级侧重点并不相同，例如经济调节是中央政府的一项重要任务，但地方政府却较少涉及此项职能。党的十八届三中全会则对中央与地方政府职能的界定作出了进一步要求，明确提出要“加强中央政府宏观调控职责和能力，加强地方政府公共服务、市场监管、社会管理、环境保护等职责”，这为中央与地方政府事权界定提供了基本指导。
一般来说，中央政府负责提供全国性的公共物品，地方性公共物品则由地方政府负责提供；具有溢出效应的交叉性公共物品或准公共物品，可根据其具体特点决定是由中央政府提供，还是由中央与地方政府共同提供。中央与地方政府的职能划分也大致勾勒出中央与地方政府决策事务的界限。通常而言，中央政府决策的主要事务更加强调全局性、战略性，这对智库宏观层面的决策咨询能力提出了更高要求，而地方政府则更关注区域性、事务性公共事务，智库参与政府决策较多集中于中观或微观层面。此外，相比中央政府，地方政府需要应对的公共事务更加具体，同时因其更加接近服务对象（有时直接面对基层群众），政府决策需要回应的公共问题更加繁多，需要协调的利益要求更加复杂，决策带来的影响尤其是决策失误带来的负面影响会更加突出。近年来，我国群体性事件数量不断攀升，成为影响社会稳定与社会发展的突出问题，不可否认，其中很大一部分是因为地方政府决策不当或决策失误导致基层矛盾激化引发的。地方政府决策事务的特殊性对智库的决策参与同样提出了很高要求：它们不仅需要具备专业化的决策知识与技能，对决策事项进行分析、反思与评判，还要积极深入地方治理实践，认真倾听民众呼声，及时整合和回应民众诉求，并将其带入到地方决策的具体议程中来。
决策环境的劣势化
决策环境是智库参与地方政府决策的重要外部条件。地方公共决策环境的劣势化表现为：首先，资金支持力度不够，政策研究投入严重不足；其次，决策体制机制不够健全且缺乏必要的法制保障。在地方层面，官方或半官方智库相对活跃，民间智库因缺少政策与资金支持发展乏力，智库作为政府“外脑”的职能难以真正体现。此外，由于缺乏明确的法律政策支持，智库的法人主体地位不够清晰，智库的有效运行难以得到法律保障。再次，在决策信息的收集与使用层面，地方政府在基础数据与信息收集上投入严重不足，给相关理论研究与实践开展带来极大不便，加之一些地方政府开放性不够（往往以涉及机密为由拒绝公开相关信息），限制了已有信息资源的共享利用。
