我国秸秆资源丰富，平均年可利用量为7亿吨左右，占全世界秸秆总量的30％左右，居世界之首。总体上看，秸秆资源主要分布在东部和中西部产粮区，70％以上的秸秆集中在四川、河南、山东、河北、江苏、湖南、湖北等13个粮食主产区，西北地区和其他省份秸秆资源量较少。就种类而言，稻草主要在长江以南的省份，麦秸和玉米秸秆则分布在黄河与长江流域之间，以及黑龙江和吉林等地区。
长期以来，由于受到落后的消费观念和生活方式的影响，加上缺乏技术支持和环境保护意识，我国对秸秆资源并没有进行合理、高效的利用，而以传统利用方式为主。当前我国秸秆主要有肥料化、饲料化、基料化、燃料化和原料化等5种利用方式，其中，肥料化、饲料化、基料化3种方式属于农业化利用方式，燃料化及原料化利用属于工业化利用方式。大量的农作物秸秆被弃置或者焚烧，导致大量的资源浪费和严重的环境污染。
第一，秸秆的资源价值未被充分认识。秸秆焚烧年年禁，秸秆问题却始终未得到解决。地方对秸秆禁烧重要性存在认识不到位，具有畏难、厌战情绪。而只堵不疏或多堵少疏的做法，不利于秸秆问题的解决。市场未能充分发现秸秆作为资源应有的经济价值。秸秆作为一种生物质资源，其用途广泛，转化形式丰富，经济价值很高，所含有的丰富纤维质可以转化为全系列生化产品，但现有秸秆利用技术水平不高、附加值低、收储运渠道不畅导致秸秆收购价格偏低。在大部分农民的意识中，秸秆是粮食收割的废弃物，并无多少经济价值，而且占用耕地，对焚烧秸秆的危害性认识不足。
第二，秸秆利用方式重点不突出。秸秆利用目前主要为“五料”，但不同的利用方式在秸秆的吸纳量、产生的附加值等方面存在很大差别，若对秸秆利用方式重点缺乏认识，则秸秆利用的效率难以得到大幅提高。
（二）政策不系统，难以形成合力
第一，政策缺少细化措施的保障。国家出台的关于秸秆综合利用的文件有5个，大多是宏观层面的政策，其落实有待进一步细化深化。地方层面缺乏关于秸秆综合利用的总体规划。而且，秸秆综合利用缺乏国家专项资金的支持，单靠其他资金的零散支持或者地方资金难以使秸秆禁烧及综合利用工作有效开展。
第二，部门职责分散，难以形成合力。环保部门管理秸秆禁烧，农业部门主要是针对秸秆沼气制定补贴政策，能源局主要负责秸秆发电、供热等能源化利用方式，财政部门则是从财政资金支持及税收优惠层面对秸秆综合利用工作予以支持。由于各地对秸秆禁烧及综合利用重视程度不同，专门工作机构的设置、执行力度、落实效果也不尽相同。
第三，工业化利用方式的支持力度有待加强。目前各种利用方式的政策支持情况有所不同，其中，推动能源化利用的政策虽然最多，但并不完善。例如，财政部颁布的《秸秆能源化利用补助资金管理暂行办法》只是对秸秆能源化利用项目中属于并网发电的部分进行扶持，对非发电部分的补贴并未提及。此外，《暂行办法》对给予补助的企业有“注册资本金在1000万元以上，年消耗秸秆量在1万吨以上”的要求，固然能够鼓励秸秆发电的规模化发展，但这一规定的门槛过高，中小型企业难以得到补贴，阻碍了民间资本对秸秆能源化产业的投资。秸秆原料化利用方式的支持政策不多，税收优惠力度不足，缺少明确的财政补贴规定。
第四，仅注重项目前期投入，缺乏持续稳定的支持。目前出台的政策主要是项目制，并非每年都有。而且，对项目的关注又集中在前期，延续性差。同时，对秸秆收储运、终端产品应用等方面支持不足，不利于形成完整的产业链。新建秸秆发电项目的建设成本达8000—10000元／千瓦，比同等规模的火电高出一倍还多。国家虽然规定生物质上网电价为0．75元／千瓦时，高于火电上网电价约0．3元／千瓦时，但补贴所能够支撑的盈利空间极小，连技术较为成熟的秸秆发电厂都处于亏损运营状态。
（三）秸秆收集成本高、运输时间长、储存难度大，收储运体系不畅
第一，收集成本高。秸秆的收获季节性强，收获期较短，秋收时节，农民都在抢收，分不出精力收集秸秆。加上农民收集秸秆所得的收入还不够支付雇工费，而且国家对农民收集秸秆未予以补贴，所以农民收集秸秆的积极性不高。
第二，运输时间长。“百里不运草，千里不运粮”，运费高是秸秆规模化利用的瓶颈。我国秸秆资源分布不平衡，秸秆收集半径越大，运输时间越长，费用就越高。秸秆发电厂最理想的辐射区域是30—50公里，但为了收集到足够的秸秆，一般需要辐射到50—100公里，造成企业成本增加。
第三，储存难度大。秸秆本身不易防火、防水，难以长期储存。企业收购辐射地域有限，与农地之间距离远，运输路程长，加之秸秆收集后缺乏初加工，容易出现腐烂，进而影响利用效果。
（四）核心技术不成熟，已有技术有待推广
第一，我国秸秆综合利用技术有待加强。2012年，我国秸秆综合利用率达到74．1％，各种利用方式占可利用总量的比例分别为：肥料化利用量占26．4％，饲料化利用量占27．8％，基料化利用量占2．9％，能源化利用量占13．6％，原料化利用量占4．2％。可见，我国秸秆利用还停留在肥料化、饲料化、基料化等技术含量低、附加值小的农业化利用方式上，而发电、造纸、沼气等技术含量高、附加值大的工业化利用方式所占比例很小。我国秸秆沼气利用工程仍处于发展阶段，规模化生产和利用程度不高，主要用于生活供能，普遍存在规模小、运行状况不佳的情况；传统秸秆造纸污染严重、需水量大、能耗高，秸秆造纸有待清洁化、高效化。
第二，现有秸秆工业化利用的成熟技术有待推广。但是由于这些技术的初期投入普遍较大，而目前政策所给予的支持力度不足，市场认知度不高，稳定的消费市场尚未形成，使得现有技术推广缓慢。
第一，充分认识秸秆的资源价值。秸秆利用的关键在于提高其经济价值，政府应坚持“疏堵结合、以疏为主”的方针，提倡秸秆综合利用，寻找高效利用秸秆的科技出路，使得企业及农民“有利可图”，实现秸秆从“垃圾、废弃物”到“宝贵资源”的转变。
第二，确定秸秆综合利用的重点方向，优化产业链。秸秆利用由传统化、低附加值向现代化、工业化、规模化转变，形成高效、清洁的利用方式是未来秸秆利用的方向和重点，是解决秸秆焚烧问题的治本之策。整合不同的秸秆利用方式以发挥秸秆资源所能带来的最大效益，诸如热电联产、秸秆生产乙醇的废渣再生产沼气等。
（二）统筹规划，构建长效机制，加大秸秆工业化利用政策支持力度
第一，设立专项资金，加强信息发布和技术指导，统筹中长期规划，合理布局秸秆利用项目。资金来源可以是多方筹集，可以由国家专项拨款设立，也可从大气污染防治专项资金中抽出一部分用于控制秸秆焚烧，支持秸秆综合利用。各级政府应制定秸秆综合利用中长期规划，为秸秆利用提供工业化、规模化、标准化、现代化的体系、模式平台及技术指南。各地应做好秸秆资源调查和评估工作，根据秸秆的分布特点，合理规划秸秆利用项目和产业发展的地址和规模，延长秸秆梯级利用的产业链，逐步形成秸秆综合利用区域化、专业化和产业化的格局。
第二，加强部门协作，形成政策合力。环保、农业、财政、能源、交通等各部门在各司其职的同时，要合力推进秸秆综合利用的工作，不仅只是在禁烧上联动，在综合利用政策的制定、推行、落实上更需进行沟通和协作。
第三，构建秸秆综合利用长效机制。对秸秆利用政策支持不应局限在项目前期，同时应延伸至中后期运行及监督阶段。大力扶持秸秆利用的龙头企业，以点带面，发挥辐射作用。积极发展秸秆利用小型企业，鼓励就地消化秸秆。吸引社会资本进入秸秆综合利用企业。构建包括资金扶持、财税优惠、交通运输保障等措施的秸秆综合利用政策体系。
第四，强化秸秆工业化、规模化利用方式的政策支持体系。因地制宜优化秸秆能源化利用的政策。对于大型秸秆发电、工业沼气等规模化项目，可整合资源，鼓励大型企业参与；其他能源化的利用方式则可根据企业处理能力、效果等，科学制定补偿标准，发挥中小企业灵活优势，充分利用民间资本。增加秸秆原料化利用的政策支持力度，尤其需进一步推进财政补贴政策及引导产业发展的具体措施。出台针对秸秆原料化利用的更广泛的税收优惠政策，将这些企业定位为资源综合利用类企业，对此类企业的增值税给予与秸秆能源化利用一致的即征即退增值税优惠。对秸秆工业化利用的生产设备建议纳入农机补贴政策范围，予以一次性补贴。
（三）健全秸秆收储运体系
第一，落实秸秆农区普惠性扶持政策。补贴要能够弥补农民的人工成本及企业的运输成本，以调动双方的积极性。根据不同的利用方式实行不同的补贴和奖励标准，用梯级补贴制度使农民得到激励，引导秸秆资源向工业化、规模化、高附加值利用方式转移。通过发展秸秆综合利用项目，改善农村环境，优化农村能源结构，增加农民收入，使当地农户真正得到实惠。
第二，针对收储运环节分别予以政策支持。研究推广高效秸秆田间处理、收集、打捆及储运的装备和技术。建立秸秆运输的“绿色通道”，以降低收购成本。根据各地秸秆总量、分布情况及覆盖范围，布局秸秆造纸厂、发电厂、大型沼气等项目。
第一，对秸秆综合利用中的共性问题和技术难题进行科技攻关。对现有的秸秆利用技术进行评估，寻找秸秆高效利用的技术突破口，科学定位各种技术方案的作用和适用范围。从功能、用途、产品升级上加强秸秆利用的新方法、新工艺的研发，扩大应用领域，降低劳动强度。加强秸秆利用加工设备的研发，最大限度地节约成本，挖掘秸秆资源的利用潜力。
第二，建立秸秆综合利用的技术创新和推广示范体系。各级政府应结合《秸秆综合利用技术目录（2014）》，针对当地实际情况，确定秸秆综合利用的最优技术路径，有组织地进行技术培训和普及，推广成熟实用技术，重视技术交流、信息传播和宣传引导。
