基层治理法治化，就是要在党的领导下，按照法律来管理基层事务，即基层的政治、经济、文化等一切活动依照法律管理，公民的所有行为依照法律进行，使基层的一切需要和可以由法律来调控的活动和工作都纳入规范化、法治化的轨道。农村治理是基层治理中相对独立的治理领域，农村基础秩序处于巨变之中，农村治理的目标更为繁杂，使得农村治理法治化的实现更为艰巨。
农村治理法治化是农村巨变时代的一个重要方面，是农村社会转型的必然结果。我国农村基础秩序正处于巨变之中，传统的治理方式越来越难以发挥作用。这主要表现在三个方面。
农业税取消后，农村治理格局发生了改变。基层政权不再从农民手中汲取资源，国家也通过财政制度设计直接把资源转移支付给农民，干群关系变好的同时，带来了“脱离群众”的危险，基层政权“悬浮”于农村；村民自治开始了竞争性选举阶段，既解决了村干部成为基层政权“代理人”的问题，也造成了对村干部疏于监管、小官贪腐现象严重等问题。
农村社会结构发生根本性转变，村庄内生性力量趋于瓦解。随着工业化、城镇化的推进，村庄变得越来越开放、多元，农民也开始发生分化。与之相应的是，传统的宗族、村社组织趋于瓦解，礼治秩序、长老统治等也无法维系。
农民关于人生意义的定义开始发生改变，传宗接代等终极价值渐渐被个人主义、消费主义等取代，村庄不再是农民安身立命之所。农村出现了人情异化、赌博泛滥、老年人自杀等现象。
与农村巨变相应的是，农村治理法治化进程也呈现出转型社会的鲜明特征。第一，情、理、法多元规则并存。改革开放以后，我国在农村开启了大规模的普法进程，但农村依法治理观念并未完全深入人心，其原因是农民法律意识与乡村人情、伦理等存在一定冲突。当前，几乎所有农村治理中的热点、难点问题都与情、理、法的多元规则冲突有关，如外嫁女的土地权益问题、村民自治中的贿选问题、低保实施中的“人情保、关系保”等问题。第二，农民道义观念与法治精神并存。农村基础结构和农民价值观的变化集中表现为农村社会原子化。失去了传统村落共同体、集体主义的支撑，农民道义观念表现得更具趋利性，以至于侵蚀了法治精神。比如在征地拆迁、农民上访等社会治理领域，一些农民基于利益诉求，不惜违背法治精神，造成“信访不信法”的怪圈。第三，地方性规范与法律制度并存。传统乡村社会有较为完善的地方性规范体系，依托于宗族、村社组织，农村实现了自治。转型时期的农村社会治理，仍然保留了部分地方性规范，但已经难以发挥维护乡村社会秩序的基础性作用；而法律下乡遭遇了诸多障碍，法治还未发挥支撑作用。当前农村治理法治化需要解决的重要命题是，如何建立一套以法律为支撑的、地方性规范为重要内容的治理秩序。
农村治理法治化面临的是一个迅疾转型的农村社会，既要服务于维护农村社会秩序，又要服务于农村治理的规范化，以为农村社会的长治久安奠定基础。基于这两个目标，当前农村治理法治化存在诸多问题。
法治为形、人治为实。经过长期努力，我国已经建立了较为完善的社会主义法治体系，农村治理基本上做到了有法可依。与农村治理密切相关的法律，如《村民委员会组织法》，绝大部分地区都根据当地实际情况制定了实施办法。但在农村治理实践中，“法治为形、人治为实”现象较为普遍，具体表现在以下几个方面。
村民自治实施效果不尽如人意。村民自治的核心是实现村级民主治理，包括民主选举、民主决策、民主管理和民主监督等内容。1998年村组法正式颁布实施后，全国各地农村进入了竞争性选举阶段，但因为存在地方宗族、派系、灰黑势力等固有力量，村民选举不规范；再加上大部分中西部农村资源不多，农民参与选举积极性不高，一些村庄村民选举流于形式。由于税费改革后，基层政权“悬浮”于农村社会，村干部普遍缺乏监督，民主决策、民主管理和民主监督难以得到落实，村民自治沦为村干部自治。
涉农法律政策实施容易“变通”。我国农村法律人才紧缺，基层治理能力不足，而农村治理需求又复杂多变，刚性的法律政策很难执行，法律实施事实上演变为地方政策执行，行政意志一定程度上决定了法律实践状态。比如，农民为发展经济，毁坏农田、私自打井等现象比较普遍，一些地方政府熟视无睹，甚至持支持态度。
私人性治理方式兴起。农业税免除后，国家与农民关系发生了根本转变，表现在农村治理中就是基层政权缺乏调动村干部辅助行政工作的制度安排，村干部也缺乏开展群众工作的手段。因此，乡村干部不得不采用私人关系开展工作，在农村治理中讲人情、讲关系，很多情况下不得不拿法律原则做交易。
不讲原则、只讲策略。依法治理的核心是规则之治，在农村治理中坚守法律底线；在法律许可的范围内，对具体的社会治理事务进行自由裁量。因此，坚持原则是基础，讲究策略是手段。然而，一些地方的农村治理出于短期目标，喊出了“搞定就是稳定、摆平就是水平、无事就是本事、妥协就是和谐”的口号，背离了法治原则。具体表现在以下几个方面。
在中心工作中唯目标是求，不惜违背法律原则。当前，农村治理中的两大中心工作是维稳和招商引资，两者都涉及调节利益分配、化解社会矛盾。为了实现经济赶超，一些地方政府在土地政策、征地拆迁等过程中违法违规操作，对一些污染企业消极执法；为了免于因维稳不力而问责，对一些重大事故瞒报、漏报，对无理上访者或给予利益补偿，或采取非法手段拦访、截访。
通过灰色利益链执行一些具体政策。我国涉农资金连年增长，国家财政向农村的转移支付不断增加，在涉农项目落地过程中逐渐产生了灰色利益链，乃至于形成了稳固的分利秩序。比如，在项目实施过程中，一些地方政府和村级组织采用市场化的方式，与相关方形成利益共同体。这种违法违规行为较为隐蔽，也难以督查，却是小官贪腐的温床。
趋利执法和消极执法这两个基层执法痼疾并未消除。由于基层执法力量不足，导致执法行为本身涉嫌违法。比如，在公安执法、环境执法领域，执法部门存在趋利执法行为，通过“创收”来维持部门运转；再如，在农业执法领域，农业部门基本上处于消极执法状态，导致一些农业资源遭到破坏，农村环境污染问题长期得不到重视。
农村治理法治化是一项系统、长期的工程，也是依法治国的基础性工作，需要在农村法律人才、乡村法规体系、乡村治理机制等方面着手解决相关问题。
农村法律人才队伍体系建设。当前，我国农村法律人才主要集中在乡镇派出所、司法所等机构，他们需要承担大量的行政工作，并不能提供良好的法律服务。而城市法律人才又因人员、资金、技术等原因，基本上不可能给农村提供法律服务。因此，农村法律人才极为紧缺。充实乡村法律人才队伍可以从几个方面着手。
法律专业人才库建设。可以考虑以司法所、派出所、综治办等机构为阵地，按照一定的人口比例配备一定数量的法律专业人士。
乡村干部法律培训。对乡镇政府工作人员、村干部进行有针对性的法律培训，比如，对计生专干进行计划生育、妇女儿童、婚姻家庭等方面的法律培训；对农业服务中心工作人员进行土地、水利、农技等方面的法律培训；对村干部进行村组法等方面的培训。使乡村干部在工作中既能遵守法律，也能运用法律，为农村依法治理奠定基础。
尝试实行“赤脚律师”计划。可以利用农村治保会、村民调解委员会等组织，对其骨干人员进行法律培训，构建既懂法律，又懂地方性规范，还有丰富实践经验的“赤脚律师”。
乡村法规体系整理。我国农村治理基本上实现了有法可依的目标。我国制定了各个领域的涉农法律，地方政府制定了多方面、多层次、多体系的地方性法规，一些乡村组织也根据当地的风俗习惯，形成了成文或不成文的乡规民约。要有效推进农村依法治理，亟须开展乡村法规体系整理工作。
清理乡村法规体系之间的关系。需要清理乡规民约、地方性法规与国家法律之间的关系，相关条文可以体系化，有冲突的条文需要修正。比如，《村民自治组织法》、各省《村组法》实施办法、各村乡规民约之间有密切联系的关于村庄治理的法规体系，地方政府应该将相关条文清理出来，对民主选举、民主决策、民主管理和民主监督等方面的规定分门别类地体系化。有条件的地方还可以进行条文解释，对模糊性的条文进行明确，对有冲突的条文可以修改。
完善“热法”，激活“冷法”。需要对乡村法规体系进行归类认识，尤其要注意“热法”和“冷法”的区别。一些法律法规在农村治理中经常运用，如村民自治法、土地管理法，这属于“热法”，地方政府需要掌握这些法律实践的真实逻辑，根据农村形势变化作适当调节。一些法律法规在农村治理中因各种原因很少使用，地方政府应该分析其原因，是农村治理没有这方面的法律需求，还是执法力量不足，抑或相关法律法规不适应形势，在此基础上对相关法律法规进行修正。
对乡村法规体系进行动态管理。应该建立一套机制，对乡村法规体系实行动态管理。一方面，根据农村治理形势变化，首先在乡规民约和地方性规范层面进行调整，时机合适建议修改法律；另一方面，对已经修改了的法律，相关地方性规范和乡规民约也应做出适当调整。
完善乡村治理机制。基层治理体系和治理能力现代化与农村治理法治化互为因果，着力完善乡村治理体制是农村依法治理的基础。
理顺乡村关系。妥善处理乡镇政府与村委会之间的关系，是完善乡村治理机制的前提。乡镇政府与村委会之间是指导与被指导之间的关系，这在实践中很难处理，必须有相关配套措施。首先是要对政务和村务进行划分，村庄治理中的政务由乡镇政府处理，村委会只处理村庄内的公共事务，村委会有责任配合乡镇政府工作；其次是要对两委关系进行准确定位，村党支部由乡镇党委直接领导，配合村委会工作，对村委会进行监督。理顺乡村关系的目的是，强化乡村治理的透明度，减少乡村治理的灰色空间。
重塑基层政府能力。基层政府必须在人员调配、财政资金、事权安排等方面有足够权力，才可能积极介入乡村公共事务，才可能杜绝私人性治理方式，避免消极执法和趋利执法。
加强村庄治理体系建设。建立对村庄公共事务，包括集体经济、公共工程、社会福利等事务的议事规则，加强建设老年人协会、妇女协会等社会组织，让村庄治理更具公共性，避免村民自治蜕化为村干部自治。
