作为首个由中央政府主导推动的区域经济一体化的国家战略，京津冀协同发展将会对当地产生重大影响。在推进京津冀协同发展过程中，合理的税收制度和执行应该为区域经济一体化保驾护航，但在实践中，就目前京津冀三地所执行的税收特别是一些地方税来看，税收制度设计和执行上都存在很多不统一、不协调的地方。这既影响了产业转移，也阻碍了城市功能群的整合。
税收优惠政策不统一。在京津冀这个区域内，目前京津两地所享受的国家税收优惠政策较多，而相对较为落后、也需要更多政策优惠的河北所能享受的优惠政策却最少。优惠政策的表现首先是自主创新示范区所得税优惠政策的差异。北京中关村自助创新示范区的高新技术产业享有先行先试的政策，所发生的职工教育经费支出按8%在税前扣除，并且五年以上非独占许可使用权转让可以减免企业所得税，这在相当大程度上减轻了入驻园区企业的负担。然而，河北的园区没有此优惠政策。优惠政策的差异还体现在所得税后续管理方面，在现行的制度框架下，三个地方在税收优惠备案和损失税前扣除管理流程、高新技术企业和非营利组织认定及管理、核定征收企业管理等方面都不协调一致。
三地政府在各自拥有税收自主权的税种上不统一。以出口退税政策为例，华北最大的港口城市天津可以享受到融资租赁船舶出口退税政策和融资租赁货物出口退税政策。根据2012年财政部、海关总署、国家税务总局三部门的通知，天津市东疆保税港区自2012年7月1日起，执行对融资租赁出口货物和对融资租赁海洋工程结构物试行出口退税政策。但对于另外一个拥有港口城市和出海口的河北，国家暂时还没有相应的出口退税政策。再以城镇土地使用税为例，该税种是三地三标准。2014年河北省调整了城镇土地使用税，其税负已经超过京津两地。而仅一路之隔的同等土地，仅仅是因为行政隶属关系不同，税负相差就达三四倍。显然，这对三地的生产要素的自由流动是不利的。
税收分享和利益协调机制不统一。这表现在三地对企业的税收返还标准的差异上，也体现在对于总部经济的税收分配方面缺乏共识。三地如果继续为了保护自身利益各不相让，这种博弈只能阻碍产业转移和升级的步伐。总部企业的汇总缴纳不协调统一也是税收利益协调政策的一个关键问题。目前，河北省参与分配税款的二级分支机构中，总机构属于北京和天津管辖的二级分支机构占比高达60%。总部机构可以通过资产重组、改变分支机构数量、改变工资、收入和资产总额等方式减少向分支机构所在地分配税款，形成事实上的税款分配不公，抵消了税收的分配作用和政策工具效应。
京津冀一体化，不应仅仅是名称上的一体化，需要实实在在的一体化。税收作为推动经济发展的重要手段，理应一体化。
