近年来，有关科研经费的审计披露问题和贪腐报道屡屡见诸报端，给公众造成一种“错觉”，似乎整个科研系统是“坏的”、所有科研机构是“完全没有效率的”。笔者以为这种“错觉”对广大科研人员极其不公，不利于创新型国家的建设。
自1996年“科教兴国”成为我们的基本国策以来，历届中央政府更加重视科研经费投入。尤其是“十一五”“十二五”期间，随着政府可支配财力的快速增长，科研经费也步入增长的快车道，从2006年的3003亿元猛增到2014年的13312亿元，增长了3.43倍，年均增长38.14%。科研经费投入与国内生产总值之比由2006年的1.39%增加到2014年的2.09％，超过世界平均水平1.6%，达到发达国家2%以上的水平。
截至2013年，我国科研经费投入占世界13.3%，世界排名第二，多项产出位居世界前列。发明专利授权量占世界19.9%，世界排名第二。SCI收录论文占世界13.5%、世界排名第二。EI收录论文占世界28.9%、世界排名第一。CPCI-S（原ISTP）收录论文占世界17.1%，世界排名第一。
科研经费快速增长，在为经济社会发展提供了有力支撑的同时，也客观存在不少问题。基于科研经费管理立项、实施、验收、成果全过程，梳理近年来对科研经费及有关单位的巡视、审计、纪检监察情况，科研经费管理存在以下九个方面的问题：一是，申请立项重复不实；二是，预算编制不科学；三是，审批论证不够，审查不严，监管同一甚至造假也能过审批，没条件也得资金；四是，拨款下达不及时，垫付归还困难，项目实施与拨款到位存在时间差；五是，支出虚假，利用劳务费、差旅费、会议费、实验费等套取现金，虚假票据，业务假包，特殊开支餐费、招待礼品费、出国费、会议费、交通费、燃油费、培训费、办公用品等，私设小金库等；六是，决算不真实、不完整、调账过多，审计不严；七是，验收不严格，不结题，结转结余过大，资产不入账，固定资产账实不符；八是，评价不清晰，绩效不突出，评价困境；九是，转化不顺畅，成果转化存在障碍，转化什么、谁转化、靠什么转化、谁收益存在障碍。此外，还存在规避政府采购、形成账外资产，重复购置设备，造成一定浪费，以及出租出借设备、私自收费留用等其他问题。
在快速发展过程中出现一些问题，从管理实践上讲具有一定的必然性。我们既不能回避矛盾与问题，也不能过分夸大其词，忽视甚至无视科研的主流，而是要客观分析存在问题的原因，以对症下药从根本上解决问题。当前科研经费存在问题有两大主要原因：
一是管理部门和科研人员对科研经费的用途存在根本的分歧，这是根本原因。
各方对科研部门存在和暴露出来的问题具有不同的反应：政府部门包括科研主管部门如科技部、教育部等强调加强管理。监管部门包括中纪委、审计署等强调严惩违规违纪甚至犯罪。新闻媒体追问真相、人人喊打。而在这种高压态势下，科研人员则不断叫屈，科研工作积极性某种程度上有所下降。
造成这一现象的根本原因在于对科研经费用途存在根本分歧。政府方，无论是主管还是监管部门均认为：科研人员有稳定的工资收入，科研经费是用于科研人员从事科学研究的条件保障，因此只能用于差旅、会议、设备购置、专家咨询等各项科研工作开展所必须的费用，不能转化为有稳定工资收入的在职科研人员的个人收入。而广大科研人员认为：工资收入只是基本的低水平保障，科研经费除了保障科研条件之外，有很大部分是弥补自身的劳动，或者说是对科研人员从事额外科研劳动的补偿。这也是在媒体刊登“报销噩梦”，吐槽高校科研经费体制之后能够迅速引起社会尤其是广大科研人员广泛共鸣的理念基础。
二是当前科研经费使用暴露的问题是过去制度不健全、监管不到位的集中反映。
科研经费在过去十年快速增长，然而在快速增长的过程中各方由于内外部种种原因，疏于科研经费制度建设，尤其是制度执行环节存在偏弱、偏软的问题。与此同时，监管不到位的问题也比较突出。一方面，制度本身不健全、不完善且执行不到位，另一方面，监管体系与监管覆盖范围、频次等不到位，未形成有力震慑，使得科研经费管理存在近年来纪检、审计发现并被媒体广泛传播的问题与现象，这是过去十年存量问题的集中反映。
但是，需要指出的是，当前科研经费管理问题多发高发已经基本得到有效控制。
十八大以来，在全面深化改革领导小组的统一部署下，国家将科研体制改革作为重要抓手多次专题研究部署，专门下发了《国务院关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》（国发〔2014〕11号），在党中央、国务院的高度重视下，科研主管部门如科技部、教育部等，监管部门中纪委、审计署等综合发力，一方面，健全完善了科研经费管理制度，形成全方位的制度体系，另一方面，纪检、审计等部门协调推进，对科研经费实施全覆盖、高频次的审计与检查。上述梳理的科研经费管理上的九大问题已经基本得到控制，科研经费管理高发多发的态势即将成为历史。
中共中央、国务院印发《关于深化科技体制改革加快国家创新体系建设的意见》（中发〔2012〕6号）提出要加快创新型国家建设。创新型国家建设，“大众创业、万众创新”，加大科技成果转移转化等一系列政策举措，核心是人，尤其是站在科研一线的广大科研人员。因此，如何完善科研经费管理，最大限度调动科研人员积极性是关键。
首先，从理念上明确科研经费究竟是100%科研条件保障，还是有多大比例能够用于科研人员劳动补偿。
科学研究，无论是自然科学研究还是社会科学研究，主体都是人，核心都是人的智慧性劳动。按照十八届三中全会的决议，要发挥市场在资源配置中的决定性作用。在科学研究中就必须让科研人员居于决定性地位，让科研人员智慧的价值能得到合理的承认与补偿。
因此，必须从国家战略层面明确：科研经费究竟是100％科研条件保障，还是有多大比例能够用于科研人员劳动补偿。这是既调动科研人员积极性，又规范科研经费管理的理念基础，否则就会继续维持当前政府与科研人员“各说各话”的局面。
其次，从制度上加强科研经费管理制度、强化经费监管，让违规违纪的人员和现象无处藏身。
在全面从严治党、进一步加强党风廉政建设的背景下，进一步强化科研经费管理坚决不能动摇。根据科研经费管理实践，不断动态调整完善科研经费管理制度，让制度更加“清晰化”，划好科研经费的“底线”和“红线”，既是科研事业健康、可持续发展的保障，也是对广大科研人员的保护。继续综合运用外部纪检、审计和内部财务检查、审计等手段，形成全覆盖、立体式的监管网络，让违法的科研经费使用行为和科研人员中的少数“害群之马”无处藏身。
再次，从关键措施上以科技成果转移转化为突破口，让科研人员分享创新的收益，共同推动创新型国家建设。
国务院常务会议在2014年11月讨论通过促进科技成果转化法修正案（草案），决定提请全国人大常委会审议。其政策指向非常清晰，就是要充分调动科研人员积极性，推动创新成果转化为现实生产力，促进大众创业、万众创新。2015年10月1日，修改后的促进科技成果转化法正式实施。2016年2月17日国务院常务会议再次讨论确定具体的支持措施，明确：鼓励国家设立的研究开发机构、高等院校通过转让、许可或作价投资等方式，向企业或其他组织转移科技成果，并享受相应政策。当前要继续以科技成果转化为突破口，让科研人员分享创新的收益，共同推动创新型国家建设。
