充分、稳定的经费是高校智库建设的前提和保障，经费制度是否合理很大程度上决定了高校智库的发展水平。“决策咨询制度与中国特色新型智库研究”课题组（以下简称“课题组”）对北京、上海、广州等地多家高校智库和部分高校财务处进行了深度访谈，发现当前高校智库的经费直接受现行高校财务制度管理。由于高校智库与传统高校科研机构在定位、功能、运作机制上存在较大的差异，现行高校财务制度在很大程度上制约了高校智库的发展。因此，推动中国特色新型高校智库的发展急需完善高校智库经费制度。
从来源上看，高校智库的经费以政府拨款为主，社会资金为补充。大多数高校智库属于学校二级或三级机构，其经费由学校拨付，主要来自财政拨款和项目经费；部分高校智库的经费直接来自于政府的高校智库专项资金，学校以场地或编制的方式提供配套，如上海市教委牵头成立的18家高校智库；少数高校智库的经费来自于企业捐赠，如中国人民大学重阳金融研究院和华南理工大学公共政策研究院；少数高校智库的经费来自于国外机构，如清华—卡耐基全球政策中心和清华—布鲁金斯公共政策研究中心。
从管理主体来看，高校智库的经费均由高校财务部门统一管理。由于高校智库不具备独立法人资格，各种来源的经费均统一划入高校财务系统进行管理。
从管理方式来看，主要采取项目制为基础的经费管理制度。高校智库的经费预算和决算按照现有项目经费管理制度进行。虽然每所学校对纵向项目资金和横向项目资金的具体管理办法略有差异，但总体参照国家基金的管理办法，按劳务费、会议费、资料费等逐项按比例管理经费支出。
二、现行经费制度存在的问题
第一，经费来源单一，影响高校智库研究的独立性。现行的经费制度对高校智库接受社会资金、境外资助等多有限制，致使高校智库的绝大部分经费直接或间接来自于政府，而企业、社会基金和个人捐赠等社会资金参与高校智库建设尚属少数。
第二，经费结构不合理导致经费使用效率低下。高校智库的主要投入是研究人员的智力，而现行高校科研经费管理设置了较低的劳务费比例，且有限的劳务费不能发放给有工资性收入的项目组成员。这一方面降低了高校智库对专职研究人员的吸引力，不利于高校智库的实体化建设；另一方面导致大量科研经费花不出去，经费使用效率极低。
第三，项目管理与经费管理分离，部门之间缺乏协同合作。在现行制度下，项目管理归高校社科处或科技处，经费管理归高校财务处。项目管理部门和经费管理部门之间存在信息不对称、业务周期不一致的情况，催生许多“突击花钱”的怪象。
第四，精细化的全过程管理导致研究人员疲于应对财务规范要求。现行经费制度对科研项目进行精细化的过程管理，财务专家在重大项目申报、验收时拥有一票否决权。复杂的票据要求、琐碎的报销程序导致研究人员，尤其是青年研究人员，很大精力浪费在财务报销上，不利于提高高校智库的成果质量。
基于目前高校智库的经费制度现状和存在的问题，立足新型高校智库的应有之义，充分借鉴国内外智库经费制度的成熟经验，进一步完善高校智库经费制度，是推进中国特色新型高校智库建设的要求。
第一，拓展高校智库经费来源渠道。各级政府可设立高校智库建设专项资金，支持高校智库的实体化、专业化建设；高校可视实际情况为高校智库配套场地、设备、编制或实际资金支持；通过管理费和税收优惠等政策吸引企业、社会和个人捐赠；优化横向项目管理，通过资源共享等方式吸引企业项目资金；高校智库发展到一定程度后，应注重培养智库自身的造血功能，可通过基金运营、出售刊物和报告、提供咨询和业务培训等方式实现经费保障。
第二，引入竞争机制，常规性和竞争性资金拨付相结合。高校智库的各出资方，尤其政府专项资金和高校配套资金，应采取常规性和竞争性经费相结合的拨付方式，一方面保证高校智库建设启动资金的充足稳定；另一方面充分发挥竞争机制的激励作用，鼓励高校智库往高水平方向建设，同时逐步淘汰竞争力弱的高校智库，集中有限资源促进高端高校智库的发展。
第三，加强科研主管部门、财务部门和高校智库在经费管理中的协同合作，或者设立高校智库经费特区。高校智库的经费制度应吸取现行高校科研经费制度的经验教训，加强科研主管部门和财务部门协同合作的同时，还应当把高校智库也纳入经费管理主体之中。可通过简化高校智库的项目和经费审批手续、部门之间信息实时共享等方式增加高校科研管理和财务管理的灵活性，使之适应高校智库的运作特点。也可以尝试为高校智库设立经费特区，通过包干的方式把具体的经费管理权下放到高校智库，由智库的专家根据预算规划自行决定相关经费的使用。如果经费特区的做法在实践中被证明可行，则可以进一步推广到整个高校的科研经费管理中。
第四，优化经费结构，提高经费使用效率。在执行现行制度基础上，应把劳务费的比例提高到50%以上或者直接不设限，并允许将劳务费发放给有工资性收入的项目成员，使科研人员做项目所付出的智力劳动能够得到应有的回报。财务管理部门可与项目负责人共同协商制定项目预算，同时留有足够的弹性空间进行预算调整，从而改变现行“一刀切”的预算制定方式，使经费预算符合不同项目的特点和需求。
第五，放弃精细化的全过程管理，加强对成果的评估验收。智库的研究包括政策研究、战略研究和理论研究，各类研究的时长、方法、成果都有所不同，过于精细的过程管理不利于这些研究的顺利开展。应着重管理研究成果，实行科学严谨的成果认定办法，经费的发放视研究成果的质量而定，从而提高高校智库的研究积极性，并以此推动高校科研经费管理从过程管理向成果管理转变。
第六，建立健全高校智库与研究人员信誉评级机制。一方面，政府、高校、企业、社会基金等高校智库出资方应制定相应的验收标准，引导高校智库合理合规使用经费。同时，高校智库应主动公开经费收支情况，接受社会公众的监督。另一方面，在现有高校层面的财务规范信誉机制基础上，应通过第三方评估机构，建立高校智库层面和智库研究人员层面的信誉评级机制，加强对智库经费使用规范者的奖励和对智库经费贪腐者的惩罚力度。
