在中国现行体制下，一些部门的或者是地方的党政系统的研究机构不能站在整体的国家利益上，而为明显的部门、地方利益左右。而民间智库的专家则可有、并应有自己的独立立场
中共十七大召开之际，《南方周末》刊载了《中国官方智库调查》一文，展现了由中央政策研究室(其实还有国务院研究室)、中央党校、国家行政学院、国务院发展研究中心，及国家发改委宏观经济研究院、劳动保障科学研究院、财政科学研究所等各部委的研究机构，以及中国社会科学院(自己提出要做中央的“思想库和智囊团”)组成的“官方智库”，通过“写文件”、做课题、报“内参”，在决策中起的作用。
文章说：“按现有决策体制，中央关于某个领域的政策，往往由相关部委负责制定，其中部委下属研究机构由此往往发挥影响中央的作用”。
“由于部委研究机构和决策部门关系密切，有时候会造成这样一种印象，就是研究者发表的意见很可能是政策暗示，是放探测气球”。
文章还说，在这种决策体制下，“‘中央党校教授’成为有关话题的权威阐释者”。
党和国家的决策层在决策时“听取意见”，布置下属的研究机构做一些调查研究，吸纳下属研究机构中专家的意见，当然是好的。但我们所希望的是应在此基础上再向前走一步。
早在五年前，中共十六大报告中即说：“正确决策是各项工作成功的重要前提。要完善深入了解民情、充分反映民意、广泛集中民智、切实珍惜民力的决策机制，推进决策科学化民主化。各级决策机关都要完善重大决策的规则和程序，建立社情民意反映制度，建立与群众利益密切相关的重大事项社会公示制度和社会听证制度，完善专家咨询制度，实行决策的论证制和责任制，防止决策的随意性”。
依靠党政系统的专家，依靠“官方智库”，只走出了一半，而且这一半也还缺乏制度化，如《南方周末》文章所说：“国家的一些方案要落实到部委，而任何一个部委，具体提方案对策大都是落实到某个司，然后是这个司的某个处，最后就是几个人来想办法，所以他们需要专家支持”，但谁是专家？这“几个人”具体请哪几个“专家”？按照什么样的程序来和他们一起“想办法”？就缺乏制度性的安排了。
更重要的是另一半，“充分反映民意”“广泛集中民智”，要求不只依靠“官方智库”的专家，听取请来座谈和参与写文件的几个专家的意见，还包括制度化的决策的广泛公众参与，以及对民间智库专家意见的广泛听取和有选择地吸纳。
关于民间智库，有两个性质非常重要：
第一，民间智库与官方智库的不同，在于其独立性。同样是一篇曾经刊载在《南方周末》上的文章，曾介绍“印度政策研究中心”这一并非政府的政策研究机构。文章指出：“独立的政策研究机构是国家决策科学化的保障。”党政系统的研究机构必须取“国家立场”，并不可能无所顾忌——在中国现行体制下，一些部门的或者是地方的党政系统的研究机构不能站在整体的国家利益上，而为明显的部门、地方利益左右(这就是决策和立法中所谓的“屁股指挥脑袋”)。而民间智库的专家则可有，并应有自己独立的立场。
各种不同的民间智库专家的不同意见，正可使决策者全面地听取各种不同的意见，而全面地听取各种不同的意见而后的决策比只听取一种意见，或者是只听取相近的几种意见要好。民间智库专家基于独立的研究提出的政策建议的水准和品性，是其公信力取得的依据。
第二，民间智库专家的研究和基于研究的政策建议，应有畅通的发表渠道。民间智库专家的研究和基于研究的政策建议的公开发表，是使公众和决策层都能听取和知晓的最好的方式，这与现代社会的信息公开的规则和理念是一致的。公众的了解，可以参与；决策层的知晓，虽不必然采纳，总有利于在决策时做更全面的考虑。
《南方周末》文章称：国家发改委宏观经济研究院的领导在谈到政策建议上达渠道时说：“如果是上面布置下来的研究，当时就会说清楚如何上报”。言外之意，“上面布置下来的研究”也须一个个具体“说清楚如何上报”，如果不是“上面布置下来的研究”，就更没有制度性的保障使意见或建议上达了。
中国正在变化，发展中面临许多难题，不同的诉求能较为畅通地表达，更多的公众参与，更多的专家意见使人知晓，对决策的正当是十分必要的。
